莲池大师爱云栖之环境，此地既离杭州不远，又是个山幽境胜之地，大师结茅驻锡，终使云栖寺成为历数百年而不衰的专修净土道场。
山径纡徐日，溪声到处闻。
竹深阴戛日，木古势干云。
倚槛听啼鸟，攀崖采异芬。
韶华春已半，万物各欣欣。
此诗为清康熙皇帝巡幸云栖寺时所留下的五言诗，短短四十字，道出了云栖幽静深奥的特色。
上世纪三十年代，临海项氏士元编纂《云栖志》十卷，其《自序》有：“杭为浙省首区，西南一带，湖山秀美，选佛之场，栖真之宅，环列错峙，五云在诸山中尤为秀耸，江湖映带，南北两峰，均落腕中，山之西麓，云栖寺在焉。境则变喧而幽，土则去秽而净，盖五云檀有杭州山水之美，云栖尤占五云之胜也。溯兹寺自宋乾德间伏虎禅师开山以来，中经吴越王钱氏暨释裯宏发扬演播，慧光日启，逮至有清，圣祖世宗高宗辈迭次巡幸，加以褒崇，香火益盛。嘉道以还，虽火患频遭，故物多化灰烬，而寺僧凤翔、瑞真等咸克发抒愿力，锐志重兴，承钵之徒，亦能笃守老实念佛之戒，以故宗风广扇，迄今未衰，祇园绀宇，先后增辟，以视畴昔，更远驾而上之”。此文言简意周，不仅叙述了寺之环境与历史沿革，并说明距今七十年前之寺貌。从而我们可知此寺自莲池大师之后，一直是“笃守老实念佛之戒，宗风广扇，迄今未衰”的净土道场。
该寺自莲池大师住持之后
截至《寺志》成书之上世纪三十年代，净土宗风历三百六十余年而不变，首应归功于大师之德化风靡远近，故道俗之来受教与乞受戒者甚多。据《往生集》、《净土圣贤录》、《居士传》等所载，就有数十人之众；《云栖志·卷五禅德》所示者即有如荣、如清、广槐、大贤、广如、大冥、智瑛、圆信、广印、广彰、大抡、广承、本金、鹤林、大善、方宜、成法、成杰、等圆、与明、与楷、交熙、维章、中庸、天寿等二十五人，诸师皆秉莲池大师之教，虔信净土法门，以莲池大师手订之制度为规则，导住众皆笃修净业使然。
其二，则由莲池大师手订云栖寺之规制，使后人有法可依。大师所制之规约周而备，计有：1.大堂规约；2.西堂规约；3.律堂规约；4.法堂规约；5.老堂规约；6.病堂规约；7.各房规约；8.下院规约；9.直院事宜；10.定额人数；11.节省财费；12.出应期会；13.暂到客众；14.外住法眷；15.十方云水；16.众事杂式；17.僧约；18.修身十事；19.各执事约；20.僧值凡例；21.赴请三约；22.善罚例；23.免例；24.摈例；25.求住式；26.学经号次；27.受戒式；28.过犯忏悔式；29.津送式；30.上方善会约；31.流通藏本法宝约；32.藏经堂事宜；33.水陆道场规约；34.诵经礼忏不诚敬罚例。可谓堂堂有规约，事事有所依，执事明其职，修学各有式，误事罚银钱，赏罚甚分明。
明代中后期的佛教寺院，多飞檐翘角宏伟壮丽，云栖寺虽是当时的佛教中心，住僧千余，但大师无意宽宏寺宇。僧舍欠缺，即于房外支阁以居，寺院却依制管理得整整有条。寺僧礼佛诵经或静坐修持设有专房；僧职分明，执事僧有办公处所，每间房舍都安锁钥，定时启闭；院内老堂、病堂、浴室、客房一应俱全；一日夜中由直板僧鸣板巡行，闻板随声念佛者举善，晚间有直夜僧巡视察单，并由直院总管此事；戒为三学之本，严格执行半月一次的“诵戒”和“羯磨”，按规定对寺僧赏功罚过，如有严重犯戒者，立即迁单。规制中尚有《直院诫言》、《库铭》、《堂铭》、《厨房铭》、《浴堂铭》、《斋堂条示》、《受食偈》、《定香铭并式》等，张贴当处以警示众僧。
大师为寺院住众和谐清净，以精进于道业，更订《僧约》十条，如有违犯，立即出院。所订僧约计有：1.敦尚戒德约；2.安贫乐道约；3.省缘务本约；4.奉公守正约；5.柔和忍辱约；6.威仪整肃约；7.勤修行业约；8.直心处众约；9.安分小心约；10.随顺规制约。
为保僧众个人的如法修持，大师订立了《修身十事》：1.不欺心；2.不贪财；3.不使奸；4.不用谋；5.不惹祸；6.不侈费；7.不近女；8.不外骛；9.不避懒；10.不失时。
大师对出家之要求极严，凡愿于云栖寺出家者：1.必须由父母或极亲之人亲送至寺；2.经审核非是忤逆不孝、非犯罪脱逃、非势逼贫穷、非心图放逸、非曾为恶事、非身属大家、非负债不还、非家缘未了者方可；3.读诵经典方面应已粗知晨昏功课之经，如《心经》、《弥陀经》之类；4.颇通书字：书不必博学，但亦曾少分读习，字不必工好，但能随分书写。另据《云栖法汇》所载，有勿纳沈氏子孙出家，当是取古人“易子而教”之义。
进寺之道友，须于剃头前依号顺序学毕规定经典，否则不能剃头。学经之号次分：
法字号：晨昏课经全堂，《佛祖遗教三经》、《沙弥要略》、《四分戒本》、《梵网戒经》、《十六观经》、《大弥陀经》、《金刚经》、《圆觉经》、《维摩经》、《楞严经》、《法华经》、《华严经起信论》。
报字号：晨昏课经，《沙弥要略》、《遗教经》、《四分戒本》、《梵网戒本》、《十六观经》、《大弥陀经》、《金刚经》、《圆觉经》、《普门品》、《行愿品》。
化字号：晨昏课经，《弥陀经》、《梵网经》、《观经上品上生章》、《四分戒本》。
以上三号，俱依经次学完一经，再进一经，跳越学者罚银一钱。课经不完不得剃头，《要略》不知不得进具戒，《具戒》不知不得受菩萨戒，年满六十量处，晨昏课经未熟剃头者，缺一事罚银一钱。
云栖寺由于“严净毗尼，尊崇讲诵，明因果，识罪福，整饬清规，真修实行”，故能历数百年而不衰，大师所订之各项规制，今人当引以为鉴。
初住云栖之因缘
莲池大师受具不久，即带着瓢钵锡杖云游四方，以遍访名师，请求教益。《云栖志·卷五禅德》中之大师传云：“师遍参诸方，得念佛三昧。师依净土一门乞食次，见云栖山水幽寂，乃结茅三楹，倚壁危坐，常粮至七日念佛不辍。环山多虎，裯住后虎为远徙。值岁大旱，循田念佛，雨随足迹而注，居民德之，遂成兰若，道风大扇。四众歙集，严净毗尼，杰出诸寺，专勤念佛，远追莲社，人称云栖菩萨。”《新续高僧传四集》卷四十三所记，则较此为详，其大意谓：
大师受具足戒之后，即携一瓢一杖遍游诸方，曾北诣五台，夜礼文殊菩萨感见异光。又入京师参访遍融、笑岩，过东昌闻鼓声而开悟。隆庆辛未（1571），乞食梵村，见云栖山水幽寂，遂生终焉之志，有护法杨国柱、陈如玉为结茅屋三楹，供师安居。大师吊影寒岩，绝粒七日，倚壁危坐，精进修习。五云山多虎，环山四十里，每年死于虎口者，达数十名，当地居民为此伤透脑筋。大师即发悲心，为诵经千卷，并设瑜伽施食津济之，虎患遂止。不久，当地又发生了旱灾，土地干涸，庄稼大片枯死。村民们又来山请大师祷雨。师笑对村民说：“我只会念佛，别无其他法术”。在村民们的再三恳求下，大师只得答应。遂下山至田间，师手击木鱼，沿着田埂边走边念佛，村民随后跟念佛号，时雨随足迹而注，居民大悦。为报大师之恩，村民们即相与庀材木鼎新寺宇，以永一境之香火。众檀信遵大师之意，不日兰若成，外无崇门，中无大殿，惟禅堂安僧，法堂奉经像，僧众所居不求舒适，以可蔽风雨为足，自此法道大振。
万历戊子岁（1588），一场特大瘟疫在杭州蔓延，每日死于病者达千余人。太守余良枢想起了曾以佛法驯服猛虎和求得大雨的莲池大师，即请师至灵芝寺祈祷消灾，疫病遂止。
梵村旧有朱桥，常因钱塘江大水倒灌而冲塌，给人们的行走带来极大的不便，大师见此即提议重建，师要求当地居民，不论贫富贵贱，每人捐银八分。有人认为造桥工程量大，怕事难成，劝师多征银两，但大师拒绝加重人们的负担。为时不久，修桥必需的资金齐集。于是大师鸠工筑基，每下一椿师为持咒百遍，潮汐不至者数日，桥也就顺利地造成了。
除虎患、祷雨、禳疫、造桥等等都体现了大师慈悲为怀、利济民众的精神。除此之外，大师更著《放生文》，造放生池，组织专事放生的会社，提倡戒杀放生。大师还说明对于放生的人，可增福禄，或延寿命，或免危急，，或愈重病，或升天堂，或证道果，随施获报。行善不应以得福报为目的，然因善行所召，福报自至，欲拒不能。在师之感召下，戒杀放生之风在各地兴起。
大师以佛教慈悲济世精神，为民办了一系列的好事，也为他久居云栖打下了一个良好的群众基础，故使云栖道场受到上至达官贵人，下至庶民百姓的爱戴与支持。