慧沼的著作现存有十种，共四十卷：一、《金光明最胜王经疏》十卷，经文是武周长安二年（７０２）义净译。疏文也同时写出，发挥了三乘五性的宗义，并订正以真如为三身正因的旧说。二、《十一面神咒心经义疏》一卷，经文玄奘译。三、《法华玄赞义决》一卷，释窥基著《法华玄赞》中难义。四、《成唯识论了义灯》十四卷，与窥基的《成唯识论枢要》、智周的《成唯识论演秘》总称唯识三疏，多分祖述窥基学说加以阐明补充；对圆测、道证等诸家异说一一批判。五、《因明入正理论义纂要》一卷。六、《因明入正理论义断》二卷。七、《因明入正理论续疏》，慧沼自跋云：‘于师曾获半珠，缘阙未蒙全宝’，这是因窥基著《因明入正理论疏》到了喻过部分就绝笔了，慧沼接著做了下文的注解，所以称为《续疏》。八、《大乘法苑义林章补阙》八卷，现存卷四、卷七、卷八。九、《能显中边慧日论》四卷，略名《慧日论》。十、《劝发菩提心集》三卷，第二卷中有受菩萨戒仪轨。
此外，慧沼的著作佚失了的还有《能断金刚般若经疏》、《发菩提心论疏》等十种二十九卷。
玄奘所传的瑜伽唯识学，由窥基的传述，建立了以三乘五性说为主的慈恩宗，又由日沙门道昭、智通、智凤、玄昉等传衍至日本而建立了日本的法相宗。慈恩宗窥基是奠定者，智周为传播者，而作为他们中间枢纽的就是慧沼。玄奘的学说虽然通过窥基等诸大弟子记录下来，但有许多微言奥义未见得尽能一一笔之于书。同时玄奘在世时，门下对于教理的见解本来就不一致，作为继承慈恩嫡传的慧沼，就担当了力排异说的任务。