丑一、示六结根功德圆缺，令选一深入，一净全净（至彼六知根一时清净是）：结即缠缚，指织所妄成之和合虚伪相，死生生死者。尘吸六识，识取六尘，乃成烦恼。由此烦恼，劫宝觉心，缠缚生死，故喻为贼。根居识尘之间，外入妄尘，内发妄识，故喻为媒。两性婚姻，非媒不合，识尘为咎，非根不成。故贵旋根归元，则妄识无由发，妄虚无由入，烦恼本根可拔，生死缠缚可脱矣。今六根功用，有离合、浅深、圆缺，离深圆则循之易得通达，合浅缺则循之难得通达，不可不为发明之也。然六结根，徒根不结，结必根、尘、识三和合。故欲显此六根功德（功德即是染分功用）圆缺，且依器界三世、四方，相涉叠成千二百数而较量之。依此较量，则六根功德谁离深圆，谁合浅缺，大致可见矣。若能自审宜入何根，择一最圆通根循之深入，逆尽无始织妄业流，则六根同净矣。此意正同天台止观，灸病须得穴喻。必所灸穴深通病根，灸之乃能有效。然彼灸意识，此则已密示根门及耳门矣。
丑二、明六结根体用融隔，令知一随拔，一脱圆脱（从阿难白佛言、至云何觉明不成圆妙是）：阿难此中且置六根圆缺不择，先问一净全净之义。盖此义未明，不能立志专修一门也。汝须陀洹虽断见惑，不复贪取六尘，而结根中积生思惑，尚须数数修习伏断，何况根本无明！故不能知妙圆湛性，非一非六，皆由湛精黏妄发光，揽色成根，流根奔尘。见不超色，听不出声，用中相隔，暂说为六；口来问义，身起承敬，体中相融，暂说为一。一且非一，何况定六？若不流逸奔尘，名谁见闻觉知？随拔一根，脱所黏妄，伏归元真，发本明耀。本明耀非黏妄而发，故余五黏妄而发者亦不得不脱矣。从妙圆本，寄根明发，则用中亦不一向相背矣。一根清净故六根清净，六根清净故六尘清净。方且根尘，器界无不如汤销冰，化成圆妙觉明，何疑乎一拔不能圆脱哉？
丑三、验闻根不生灭性，密令选耳门圆通（直接上章至四卷尽是也）：此章是蹑第一决定义、因地心要与果地觉相应而问者。实则第一定义已领，但承上章离闇离明无有见体，乃至无灭无生了知安寄，而疑六根断灭，依六根修与第一定义不符耳。不知佛于上章，是明六根对六尘说，离尘则六无自相耳，岂谓根性亦断灭耶？根性断灭，谁发明耀？谁成互用：盖阿难局和合相为六根，唯是父母生身若一沤者，故谓六根非如来藏。不知佛言六根，乃兼六精一体而谈，一精觉体即如来藏心也。一沤不离巨海，一沤之水与巨海何间哉？故重以钟声、杵音，验明闻根有不生灭性。梦中不忆静摇、开闭、通塞而有闻性，正释其离尘毕竟断灭之疑者，所谓是则常真实也。织妄成形，则是想相为身，分别贪著，则是识情为垢：是所当先除之结缚，非所当依归之圆湛，是所当弃，非所当守。弃此虚妄和合生灭，守于性净真明常光，是谓逆流。常光现前，此虚妄和合之根、尘、识心，应念销成无上知觉，是谓一时清净。故此明圆通门一章，但信得彻，信即成行，节节皆入圆通门也。然非阿难展转疑问，案有此重重开显哉！