大乘起信论，共五分：一、因缘分，同本经阿难之取舍。二、立义分，同本经世尊之标酬：见佛发心，即众生心。常住真心，即心真如示大乘体。妄想轮转，即心生灭因缘相、能显大乘体相用。十方如来同一道故，出离生死皆以真心；即一切诸佛本所乘故，一切菩萨皆乘此入佛地也。三、解释分，更成三品：甲、显示实义：其释心真如门，同本经破想相遮显如来藏。次释心生灭门，同本经历万法泯显如来藏。次释生灭因缘及显示自体相用，大同本经约四谛显如来藏。乙、对治邪执，同本经说七趣生报及行、识阴魔境。丙、修行正道，同本经示菩提路章。四、修行信心分，同本经三渐次。其止观，同本经首楞严性三昧。其真如三昧，同本经耳根圆通。所辨魔事，同本经说色、受、想阴魔境。结收止观利益，对治凡夫乐者生死不修善根，二乘怖畏生死不起大悲，则亦总遣五阴魔矣。其明念佛治障，往生极乐，同本经持咒，亦同本经第二渐次也。五、劝修利益分，同本经结归心得开通，传示将来及经益可知。故彼论较本经，除念佛及持咒，真如三昧及耳根圆照三昧外，实无丝毫异相。等是最初方便，令不定聚众生入菩萨正定聚者也。
成唯识论，共三十颂，略作三门会勘：一、前二十五颂，同本经历万法显如来藏。后十六颂，同本经约四谛显如来藏。用彼全论前后相互，方成本经显如来藏章耳。二、初一颂半兼第二十五颂，同本经破相想遮显如来藏。十六颂至二十五颂，同本经说七趣生报。二十五颂至三十颂，同本经明圆通门示菩提路章，兼含超越阴浊，脱离魔邪。三、彼之全论，唯是本经示菩提路章。因彼论文义之前后互相关摄，可反显本经文义章章含融已！然非见彼论之条分缕析，不易明本经一体全具也。
摩诃止观：虽复广明诸法，部意所归，唯在发明修进证成不可思议圆顿止观法门。正同本经，只在大佛顶首楞严王三昧也。彼有十章，亦作三门会校：甲、就彼全部十章：论大意、释名、体相三章，同本经历万法显如来藏。摄法、偏圆二章，同本经约四谛显如来藏。方便、正观二章，同本经明圆通门章。亦兼修三渐次，舍七趣报，超五阴浊，断诸魔事。果报、起教、旨归三章，同本经示菩提路章。亦即圆发耳门妙用，亦即广显神咒功德，亦即圆满菩提归无所得。乙、专就大意一章论：一、发大心，即是悟如来藏。二、修大行，即是入圆通门。三、感大果，即是履菩提路。四、裂大网，即是示七趣报，断疑邪见，成决定信。五、归大处，即是越五阴区，秉金刚慧入庄严海。丙、专就正观一章论：初观阴、入、界中专观心门：一、观不可思议境，二、发真正菩提心，同本经阿难开圆悟（此即所谓从闻圆解，更观开圆解也）。若上根智得自在慧，更不须下列诸门矣。三、巧安止观，四、破法遍（若文殊择去诸圆通），五、识通塞，同本经阿难得修门。六、修道品，七、对治助开，八、知次位，九、能安忍，十、无法爱，同本经阿难悟禅那修进胜位。增进圣位依三渐次：二渐次摄持戒、诵咒、离七趣妄，三渐次摄诵咒、远魔、离五阴妄。其余观烦恼、病患、业相、魔事、禅定、诸见、增上慢、二乘、菩萨九门，要皆是此保绥菩萨初心之悲教耳。故曰发则成观，不发无所观也。又彼第六方便一章，当亦通用建立道场持咒（昔法智大师常修之）。故彼部与本部，除一选意识为专观境，一选耳根为专观境外，更无他异。本经未度震旦，梵僧见彼部先记与本经相似，诚得法眼清净者也。