宋初有永明延寿禅师者，住杭州永明寺，系法眼宗之高德，以禅师而兼修净业，著有宗镜录百卷。高丽国王览其言教，遣僧三十六人从师受法，归国后各化一方，于是法眼一宗盛行海外，而中国遂绝。
宋代禅宗，以云门，临济二支最盛，云门法系有雪窦重显者，住明州雪宝山大兴法化，称为云门中兴。其门下有天衣义怀，住越州天衣寺，光大云门宗风。临济门下，宋景祐年间，黄龙慧南在南昌黄龙山弘化，法席颇盛，其后有黄龙祖心，东林常总，宝峰克文，一脉相传，门叶繁茂，遂成黄龙一派。另有杨歧方会住袁州杨岐山大树法幢，门下有白云守端，保宁仁勇等，与黄龙对峙，成杨岐一派，之后此派法系不坠，宗风颇盛。
有宋一代，除徽宗稍为排佛外，累代皆保护佛教。然辽金兴起于满蒙，西夏建国河西，徽钦被虏，高宗南渡，终于偏安一隅，以至为元所灭。
宋未灭前，北方契丹诸主，亦多崇佛。辽史道宗本纪称道宗‘一岁而饭僧三十六万，一日而祝发三千。’如今者辽宁辽义县奉国寺，山西大同之华严寺，皆为辽代旧刹。
成吉思汉兴起于蒙古，四传至忽必烈，灭宋而统一华夏，是为元世祖。元世祖设宣政院，专掌释教僧徒。然元代所崇信者，实为西藏之喇嘛教，与汉魏六朝唐宋相传之佛教迥异。且喇嘛教因受特殊之保护，其徒众病国殃民，无所不至其极。中土僧徒，唯有‘抠衣接足，丐其按颅摩顶’而已。故元代实为我国佛教最黯淡之时期。
明太祖朱元璋，少孤贫，入皇觉寺为僧。元纲不振，群豪蜂起，元璋起兵濠州，十五载而成帝业。故即位后，对佛教颇尽力保护。帝于京师设憎录司，掌天下僧教事。府置僧纲司，州置僧正司，县置僧会司，分掌其事。帝鉴于元代佛教之流弊，故凡欲为僧者，须经考试经典，给与度牒，不许任意出家。出家者亦应避俗修禅山中，洪武二十七年敕礼部榜示中有云‘凡僧之处于市者，务要三十人以上，聚成一寺。’又曰‘僧有妻者，许诸人捶辱之’。并榜示天下各寺，凡轻慢佛教，骂詈僧侣者处罚。
太祖曾集大德于蒋山校刻藏经，世称为南藏。成祖永乐十八年，复重刻于北平，世称北藏。其后明武宗好佛，学经典，遍达梵语，自号大庆法王。然明世宗即位，溺于道教，嫌弃佛教，毁宫中佛像凡一百九十六座。后以服道士王金守所献丹药，毒发而崩。
有明一代，隋唐诸宗多半佚传，禅宗亦唯曹洞，临济二宗尚存，然明末云栖株宏，憨山德清，灵峰智旭诸大师继出，或倡禅净一致，或说性相融会，或论佛儒合一，乃使冷落佛门，复有一番气象。