初序分二初引四句明大纲
诸恶莫作。众善奉行。自净其意。是诸佛教。
自此已下，是此书之别文。初段，为本部之总纲，叙全书之起要，即序分也；下十章，为正宗分；末后数行为流通分。初：诸恶莫作等四句，包括此一部止观，并且赅罗一代之佛法；三藏十二部经，无不于此包括殆尽。此四句，文浅义深；诸恶莫作，即是止；众善奉行，即是观；自净其意，即是止观不二，止观不二，即是诸佛之圣教，于佛法中，最为切要。无论学何宗、学何法，倘能依此而行，即名学佛。否则诸恶仍要作，众善不奉行，纵有聪智明达，精研三藏，亦是入海算沙，于佛法上，毫不相应，终成佛法中之外道耳！
然诸恶二字，须分眉目，恶法虽多，约有十种：所谓身三、口四、意三；身则杀、盗、淫，口则两舌、恶口、妄言、绮语，意则贪、嗔、痴，如是行者，则名为诸恶。若身不造杀、盗、淫，意不起贪、嗔、痴，口不绮语、两舌、妄言、恶口，此之谓：诸恶莫作；再言之，将已生之恶令灭，未生之恶令不生，然后称之谓诸恶莫作，方可以谓之学佛。所谓守口摄意身莫犯，即此义也。此为消极方面言，乃佛法之初步。由此进言之，不特诸恶莫作，而且众善奉行；不但不杀生，而且放生；不但不偷盗，而且进行布施；不但不邪淫，而且修梵行；不但不恶口、两舌、妄言、绮语，而且言柔软、和合、真实等语；不但不起贪、嗔、痴心，而且起布施、慈悲、智慧之心。诸恶莫作，止十善，即是消极；同时众善奉行，行十善，即是积极。即消极成积极，然后自利利他，救己救世，方可谓真学佛者之初步。故此二句言之最易，行之极难，所谓三岁孩童都识得，八十老翁行不得。能诸恶莫作，则意地安靖，不颠倒、不妄狂；能众善奉行，则心地光明磊落，心平气和，柔软善顺，而不粗暴，是谓自净其意。
然诸恶莫作、众善奉行之二句，义理幽深，自净其意一句，彻性彻相，义赅一切，理通大小。何谓自净其意？吾等众生，凡一举一动，所做所为，念念起于执著，如一布施，即谓我为能施，彼为所施，中为所施之物，三轮之体未空，憎爱之心难忘，思量分别，是非憎爱，即见思烦恼。六道凡夫，迷于真空之理，妄起分别，即见烦恼；对一切逆顺境界，起贪嗔憎爱，即思烦恼；由此起惑造业，以有漏因，感有漏果，故知纵行世间十善，心念著有，未净其意，皆有漏法也！若修观练薰修之无漏止，将见思烦恼消除，即可谓诸恶莫作，进修生灭四谛慧、无漏戒定慧、能成生空智，真空慧现前，是可谓之众善奉行。是知有漏之善，若心生染著，报尽还坠，终不能逃脱生死之樊笼，故亦是恶。如是世间十恶，有漏十善，皆是见思二惑之恶所摄，皆摒弃而不作。能不著相，则世间十善，当然须奉行，乃至无漏戒定慧，一切诸善，更须精进奉行。自净其意者，将心中之有漏见思妄想扫尽，观一切法，当体即空；凡所有相，皆是虚妄，不复执滞于有，即是诸佛之无漏教。