㈠根——大中观（如来藏思想）
从整体来说，密乘各部都建立于同一的根道果意趣。根是修持所依的基础，道是修持的方便，果是依修持所得的证量。
密乘修持以本觉为根。所谓本觉，即是既无解脱亦无束缚的原始觉性。他是六道有情的内在光明，离一切语言文字思维。
这种本觉，原与佛身、佛性、佛界和谐；亦为大乐的本体。他既不中断，且为真实的自性。
然而我们却不能把这种本觉，看成跟外道的“神我”、“梵我”一样，是永恒自我的建立，因为本觉只建立于经验界，他只是一种证悟的境界。这种境界可以用大乐、光明、无念来形容，然而亦只是形容而已，真实的境界须由修行的人自己去体验。
轮回和涅槃就是这么的一回事，能够证知此本觉的人，便可断轮回而入涅槃，若不能证知，则落生死流转。
这种本觉称为“如来藏”。由他的空性，可证如来法身的真实；由他的作用，可证如来色身的真实——如来的“色身”，即是报身与化身。
因此“如来藏”的建立，与中观应成派的说法并不相违。轮回涅槃都建立在如来藏的功能作用之上，而且是直接体验轮涅，并不视之为“自证分”所生的外境。这种观点，即同应成派的观点。
所以，如来藏的二谛可以这样建立——
涅槃的境界真实，是胜义谛；轮回的现象真实，是世俗谛。
这里所说的只是境界与现象，若以本体而言，则轮回涅槃都无自性，由是说无区别。
可以比较一下应成派的二谛——以究竟量寻求而有所得，即是胜义谛。涅槃的境界，即符合此点；以名言量寻求而有所得，即是世俗谛。轮回的现象，亦符合此点。
这种如来藏思想，便即是“大中观”，跟应成派不同之处，在于离一切边见。例如建立寻求的量，便即是有区别，是故亦落边见。
㈡道——瑜伽行
密乘修持的道，从世俗来说，可以看成是对覆盖于如来藏上的污染作清洗，怎样清洗，那便是道次第的分别。由事续到无上瑜伽续，每一次第都有各别的方便。
然而任何清洗污染的方法，都无自性，因为只是人为的造作，一有作意便不真实。而且修持时所缘的客体（如本尊、坛城等；又如气、脉、明点等），他们亦无自性，所以修道便是这么一回事：以无自性的心识，来清洗心识上无自性的污垢。
正因为这样，所以才称为修道上的“方便”——方便即是权宜的措施。一切密法，无非只是方便，包括灌顶、坛城观、本尊观、细身（脉气点）观、献曼达、持咒、手印等等都是。
从胜义来说，所谓修道，只是对涅槃境界的证验，对如来藏根本无须清洗，只去证验心识不受污染的状态。真正的证验，无能所，无生灭，无净无垢，无整无治，亦离取舍。
当行方便道时，也须要知道胜义。任何境界的生起都无自性，因此对一切境界都不应执著，尤应离取舍而修。
㈢果——成佛
密乘修持的果，即是修行道上的解脱状态。解脱状态的获得，是基于修行道上“止观”的力量。“止”是将心念集中于一境界（无念也是一个境界，因此当修无念时，也可以勉强这样说：将心念集中于无念）。“观”则是对境界中所呈现的种种相作观察，了知其空性。
但却并不是先生起一个境界，然后才加以观察，而是于生起的同时，即了知其不真实。这样做，称为“止观双运”，由是即得圆满成就。至于止观的实际修习，各师自有口诀。
外内密各部修持有各自的道果，那是由于修行道上的方便各有不同，是故解脱状态即有不同。然而无论何部，其究竟果唯是解脱。但却须了知，唯修“大圆满”始能证极果，此即成佛。