【正文】既能于道上除妄，继之则为清净妄心成本觉。此中有二次第，即加行与正行。
首述加行。当于道上修持之际，能熟习甚深法义，则行者自能当妄念生起时，于境中令之清净。能令本觉显现者，厥为心意之自性光明，即所谓于本觉境界清除妄念。
【释义】甚深法义者，即指外密与内密。尤特指大瑜伽、无比瑜伽、无上瑜伽之生起次第及圆满次第。行者可藉此体验本觉。实相本觉智有五，即大圆镜智等。若于此五者迷而不觉，则生妄念，此际之妄心即是五毒。故五毒实为相对于五智之迷误而已。若行者能觉，则五毒即自然清净为五本觉智。而为妄念听障之心识本体光明，亦自能显现。
上来为加行法之简述。下文分述进一步之道上法要。
【注释】小乘修习，重点在除烦恼，如对治观；大乘显宗修习，于对治外，重点在知烦恼之空性；密乘修习，重点在转烦恼为菩提心，或迳即烦恼即菩提，此则为大圆满修习。
此述密乘之加行，即于犹未能即烦恼即菩提时，已能藉所修法，于境中自行体验清净五毒烦恼之自性光明。然此际尚有法执，尚有能所及取舍，故非究竟，仅为加行耳。
【正文】更进则可依其所修，分为共道、不共道、无上道。分别为以对治法门清净迷误妄心；或使之转化，于本觉界中转为清净；或不舍妄念，而妄念自能融回本位而成觉。
无论行者作何种修持，用何法门清净，妄念之止灭及还净，究无二致。
【释义】显教为共道，分小乘大乘。小乘又有声闻及缘觉二道。大乘则为菩萨道。小乘之消除妄心，视之如毒，舍弃唯恐不及。大乘则用对治，如修慈以对治嗔心，修白骨观及脓血观以对治贪欲，修缘起以对治无明。
不共道即外内密乘。用不共修法使妄念转化及净化，且以此种修习为道。例如，生起次第于生起之清净境中，五蕴成五部佛顶，五毒成本尊之五智等。于圆满次第中，行者以相应之正念化解五毒，使之转化，于是五毒即消融于修所成身之脉气点中。如修拙火生起大乐以化解贪欲，修幻化身知其非实以化解嗔心，修梦光明以化解无明愚痴等。
无上道即大圆满，行者由修习上述诸法，逐步体认，终能驾御妄心。即能悟知妄念，当其生起时，彼即自然消融于本位，一如水面之画。是故妄念不必舍弃，能知诸法空相，证入本觉，妄念即自行消除而得清净。
由于妄心究竟无自性，不能寻觅，故无论用何法消除，究无二致。其于本觉中或止灭、或还净，毕竟相同。水面之画本随生随灭，故不必理会用何法门将之磨灭也。
【正文】若能悟知生起贪嗔痴慢妒五毒之自性，彼即自然平息，且自然还灭，清净为五根本智。
【释义】所悟生起妄心之自性，或谓之曰本来面目，即能悟其真实空性。依胜义言，妄心了不可得。因其自行生灭，如水面之画，故实无生无住无灭。迷而不知其本体，则宛然真实，若知其所以，则不须整治，妄心自行平息。一如水波自行平息于水中。既不能实知能平息波浪者为何，亦不能实知所平息者究竟为何。于此喻中，波喻妄念妄心，水喻自心本体。是故知妄心之本体，即知与其相应之本觉智，彼等即于本觉中还净而灭。
举例而言，若知贪欲之本体，此贪欲为对事物生喜悦而思占有，即应知此妄念实为妙观察智之本体。换言之，由知贪欲自性，即知所执非为实有。如是作，即令此曾观察事物，且曾追逐事物之本觉智显露。贪欲由是即于此妙观察智中还净。
然此却非妄念先行生起，本觉智随后生起以平息之。妄心妄念实起灭同时，悟其本体则觉，迷即成妄。迷其本体则染，悟即清净。
复次，亦非先知妄心本体，妄心随后始于本觉中消融。譬如，并非黑夜之暗先行消失，然后白昼之光随后而至。若谓其如是者，则白昼便无须红日，盖黑暗已于红日升起前消失。故光现则暗消，觉显则妄除，二者实同时者也。迷与觉之分别，仅视其能否于一切法空性中清净而已。执为实有，觉即为此执所暗，此即妄心所生之妄念，能清净此执者，即本觉智耳。
【注释】本节所述，仅为不共道法门，即转烦恼为菩提。外密及内密初二瑜伽属之。下文言净五毒成五智，即其详述。唯仍未言及大圆满道。大圆满则视此仅为加行。
【正文】于加行中，五毒妄心清净成五智。其名为妙观察智、大圆镜智、法界体性智、平等性智、成所作智。
【释义】贪欲者，为接触一法，对此法即能生悦乐，故贪欲实涵盖其余妄心。举例而言，如对嗔心之贪，其嗔恨心之回应，无非为求离诸憎恶而已。对痴欲之贪，则为对事物之迷恋起执著。能净此种对一法一境之固执者，盖唯妙观察智。此智能料简一法而不涉其余，且能悟其空性知非实有。
嗔心乃对觉其厌恶者而发，此种反应，唯用大圆镜智清净，知所厌者亦本自清净明彻。此智之义，为能澄清而非障碍，换言之，此智能无碍清楚反映诸法，故其本质为澄明。
痴欲者，实一暗境，于境中视物不清，亦复无知。一如贪欲，痴亦能涵盖余妄。唯用法界体性智加以清净。此智不落见地，对空性赤裸裸证悟。
有等上师释嗔痴二法之对应智，恰恰相反，即以法界体性智清净嗔心，以大圆镜智清净痴欲。此实无须争论，盖五智实相互周普者。如妙观察智、大圆镜智、法界体性智、平等性智、成所作智五者，皆法界体性智之支分，余亦同之。因知五智互摄，而非互斥。
慢心者，自视较人为胜，若地位、家境、财富、智慧等。平等性中无高下分别之妄心，无好丑，无内外，故此智即能无对待差别，由是慢心即无由生起。此智即如是清净妄心。
成所作智者，于所作能随意成办而无碍，可清净妒念，盖于此妄念中，唯求他人不能成办事业，而己则能之。
此即于解脱道上本觉中清净妄心之加行法门。下来说胜义清净，亦即佛道。
【注释】五方佛为五智之体性，密乘修习，转五蕴为五方佛，复转五毒为佛之五智。兹分述如下。
色蕴转成不动佛，佛为大圆镜智体性，能转痴心。一说能转嗔心。
识蕴转成毗卢遮那佛，佛为法界体性智体性，能转嗔心，一说能转痴心。
受蕴转成宝生佛，佛为平等性智体性，能转慢心。
想蕴转成无量光佛，佛为妙观察智体性，能转贪心。
行蕴转成不空成就佛，佛为成所作智体性，能转妒心。
【正文】若胜义，当自广大佛性中清除污染，则自能得平静无染之圆满境界。此境界本体法尔呈现。佛之三身、法身，一味、本觉，皆具无比清净之空性身耳。此境唯佛能知。
【释义】佛性空广，自然清净，且遍一切诸佛及有情，虽有情因污染而生障，亦具佛性。行者见空性自行生起，而妨碍解脱之妄念则消融其中，此际即悟佛性。此性又复能生清净，如是即能清净无染。此二清净，有如经磨光之金块，本已清净，因磨去暗晦而更清净。
此种对佛性完全认知之境界，即所谓空界体。双重清净，亦即佛之证悟境。由不同观点视之，佛则有三身。法身佛即唯一味，得本觉智。大圆满者，即三种佛身之圆满境界，能自然圆满。法身佛能满足行者之目的，其余两种身则满足其他方面，彼此不但互不妨扰，且唯一味，彼等于本觉智境界中，唯一法尔，不可分割，且成圆满。
【注释】《入中论》云：“如器有异空无别，诸法虽别性无差，是故正智同一味，妙智刹那达所知。”此言诸法无我性唯是一味，故佛位之一切种智，于一刹那即能通达法界万有之理。谓三身一味者，其理如是。
【正文】佛之三身，即法身、报身、化身。三身皆具本觉，且契合自性法身。此身过去现在未来三世常恒，周徧圆满，无整无治，亦无有变易。法界身所住者，即如意宝珠，即本觉功德，能作报身及化身示现。此二身又能示现为诸地菩萨及诸有情。然此唯诸佛感应力，及所教化有情之善业，二者并具，然后始能作示现。轮回未空，诸佛功德即同如意树如意珠，以满一切有情之愿。此即为于本觉中令妄心得胜义清净。
【释义】自性法身为诸佛常恒实相，周徧一切佛身，且契合一切佛身而不离异。此即本觉智身。其随宜示现，即为诸佛功德，化身以满一切有情愿，实如大日发射光华。此身有二，即报身与化身。报身佛仅向菩萨作示现，菩萨者，已赤裸裸证入空性，然尚住菩萨一地至十地。化身佛则向凡界有情示现，具悲心净意。一如宝石为月光所照，所显光芒，实为月光与宝石光，故佛身于法身空相中示现，实为佛之感应力，及有情善业二者，功德之成就，即于本觉中令妄心胜义清净。
【注释】菩萨十地，即第一欢喜地，第二离垢地，第三发光地，第四焰慧地，第五极难胜地，第六现前地，第七远行地，第八不动地，第九善慧地，第十法云地。详见《入中论》阐明。
大圆满所修明体，即内证智体，本自光明，即是法身。然亦由法身示现种种身。本节即释其理。
大圆满法唯重内证，若能证见内证智境，妄心即刹那法尔还净，故无思量计度。视其余诸道，皆执妄相以求不妄之佛果，故胜。
【正文】愿驾七骑之大日，即上来所说甚深义，以千光明，即上来所说句义，普照诸弟子国土，于其心意晴空，为一切有情照破无明暗。