【種子六義】唯識宗所立理論，謂阿賴耶識儲藏諸法種子，種子有二類，一為本有種子一為新燻種子。而種子須具備六項條件，稱為種子六義。據《成唯識論》卷二等載，即︰一、剎那滅，謂眼、耳、鼻、舌、身、意等諸識種一念才生，生則隨滅，念念不停，剎那變異。二、果俱有，果即識與根，謂識與根同時俱起，以成力用。如眼根照色境時，眼識隨即同緣，于諸實境分明顯了，耳、鼻、舌、身、意亦同。三、恆隨轉義，謂眼耳等諸識起時，種子隨轉。如眼根照境時，眼識種子隨即相續，無有間隔。四、性決定義，謂諸識各各所緣善、惡、無記等三性，無有間雜。如眼識緣惡境，則成惡法，不能成善法；緣善境，則成善法，不能成惡法；若緣無記，則不能成善惡二法。五、待眾緣義，謂諸識之種子非緣一因而生，必假眾緣而後成就。如眼識之種子須得空間、光明、根、境等眾緣，方得顯發。六、引自果義，謂諸識各引自體果用，非是色、心交互而成。如眼根照境時，眼識即緣所對之實境，而不混于聲、香等別體。見六義別釋。
【種子生現行】阿賴耶識有生一切法之功能，此能生之因，稱為種子，自此種子生起的色、心諸法，稱為現行。能生的種子是因，所生的現行是果，當種子生起現行之際，現行有強盛的勢用，剎那間燻習起現行的種成為新種子，這就稱為‘種子起現行，現行燻種子。’在種子起現行的時候，種子是因，現行是果；而現行燻種子的時候，現行是因，受燻的新種子是果。這三者是‘剎那生滅，與果俱有。’與此種生現的因果之同時，也就是現生種的因果。有如燭的柱生焰（種生現）之時，同時也正是焰燒柱（現燻種）之時。
【種子來源】此是指種子的來源或原因而說的。種子有二類，一者本有種子，二者新燻種子。本有種子，謂阿賴耶識中，本來含藏有有漏無漏一切有為法的種子；新燻種子，謂阿賴耶識中所藏的種非為本來所固有，而是由現行的前七識、隨所應而色、心萬差之種種燻習，而成為有生果功能的新種子。于此，有護月、難陀、護法三師不同的主張。一、護月論師主張，他以為一切種子，是阿賴耶識的功能作用，本來俱有，並不是由新燻發生；燻習不過能增長養成本來固有的種子，他引以下經論證明︰《無盡意經》謂︰‘一切有情，無始時來，有種種界，如惡叉聚，法爾而有。’（界是因義，就是種子差別的異名。）《阿毗達磨經》謂 ‘無始時來界，一切法等依。’二、難陀論師主張新燻說，他以為一切種子，都是由現行的燻習而發生的。因為能燻與所燻，都是無始以來具有，所以從無始來就有燻生的種子。他以為，所謂種子者，必藉燻習而發生。再者種子是習氣的異名，所謂習氣，就是現行所燻習的氣分，由之可知種子是由新燻而來。他也引經論來證明 《多界經》載 ‘諸有情心，染淨諸法，所燻習故，無量種子之所積集。’《攝大乘論》載 ‘內種定有燻習，外種或有或無。’三、護法論師主張折衷之說，他以為諸法種子，本有兩類，即本有種子和新燻種子。這兩類種子，都是無始以來就有的。阿賴耶識中，具有法爾生起一切諸法的差別功能，這就是本有種子，此又名本性住種；同時在無始以來，由現行的勢力，留貯在阿賴耶識中而有生果的作用，這就是新燻種子，此又名習所成種。此本新二種，相待而能生起諸法的現行。