雲何別明當部要意？譬遇一本希有殊勝果樹，多人圍觀︰在名學家，則起當何詮表，當何類別，當何說明等想。在農學家，則起當何種植，當何培滋，當何收成等想。在質學家，則起具有若干原行，如何如何化合則作如何如何現象等想。在工學家，則起可為若干原料，如何如何制造則得如何如何器用等想。在教育家，則起應如何著書繪圖，導兒童易解等想。在政治家，則起應如何闢土播殖，富國家出產等想。在醫學家，則起當驗其氣味，如何泡煉，去雜毒而提精汁，和誰藥品，可治病而益身等想。在美學家，則起當築以園苑，如何修護免侵損而成繁榮，與誰游賞可忘憂而得樂等想。在生學家，則起此樹由宇宙常化中，萬物展轉拒攝消長、淘汰蕃變而緣起成就，無始無終而非無一期生存之命限，無繼無域而非無一形果色之性分等想。在心學家，則起此樹由意識潛念中，萬物展轉異同離合、分別計度而安立施設，無內無外而非無一體並現之心境，無作無得而非無一類相燻之業用等想。雖皆如理，而各殊想；雖各殊想，而皆充分。何者？唯是此果樹非余故；等觀此果樹非謬故；同能具此果樹之全體圓用，非得一則失余故。若執一想而排余想，局一是此而余非此，諍論妄興而誠義斯晦矣。本經當部各別之要意亦如是。不起性計，不局定見，正無妨隨喜隨宜而觀察悟入。就四悉檀論之，亦各一一具足，順路還家，奚用枉道從人也哉！即開十意，略明其例。若具說者，此之十門，一一門各有十佛剎微塵數句。故曰︰“吾從鹿宛以至鶴林，于其中間不說一字”。
甲本經始終唯令了達如來藏圓理
圓理者何？本如來藏心，一空一切空，一不空一切不空，一空不空一切空不空，所謂不可思議圓三諦理是也。此義前文論之詳矣。經文燦然，不勞煩引。今更出其大意︰名相皆唯妄，常遍空寂故；專用皆如幻，常遍緣起故；體性皆自真，常遍成實故。不獨萬法唯如來藏，而如來藏亦唯一法故。如來藏非色非空、乃至非我非淨，即心即空、乃至即我即淨，離即離非、是即非即。亦可心識、非如來藏乃至非我（我訓自在）非淨，即如來藏、乃至即我即淨，離即離非、是即非即。如是展轉，至于我淨，亦復如是（詳細說之，可成四百卷般若經）。亦可心在身內，非如來藏乃至非我、非淨，即如來藏乃至即我即淨，離即離非，是即非即。如是展轉，至于心無所著，亦復如是。亦可想相非如來藏、乃至非我非淨，即如來藏、乃至即我即淨，離即離非、是即非即。如是展轉，至于見精、眚影、五陰、六入、十二處、十八界、七大、四諦、三相續、二轉依、水火傾奪、真妄因依、二決定義、六結根元、二十五圓通門、五十五菩提路、五重渾濁、五會章句、四清淨律儀、三增進漸次、十二虛妄生類、五十微細魔事、二十五有雜染業報、三十二應淨妙功德，極于一名一言、一塵一毛，無不各各亦復如是。是故唯是六根，更非他物。亦可唯是六識、六塵、五陰、五濁、七大、七趣，乃至唯是五無間業、三有為相、二顛倒因、五魔邪境，空華幻翳，草葉縷結，更無他物。是故各各皆成第一三昧，各各皆是第一圓通。寄方阿鼻地獄三昧、乃至非想非非想天三昧，無非首楞嚴王三昧。妙音密圓圓通、乃至淨念相繼圓通，一一皆可獲二殊勝、四不思議，成三十二應，施十四無畏。一一皆可贊曰︰“此方真教體，清淨在□□，欲取三摩地，實以□中入；離苦得解脫，良哉□□□︰是則圓真實，是則通真實，是則常真實，淺深同所入。此是微塵佛，一路涅��門”。但以此門修圓通超余者，亦可如是重重單復十二，方盡干慧。如是皆以妙覺地故，善能成就。亦可當知汝心生虛空內，猶如太清點片雲里；乃至亦可令識真實深樂自生，知有三界不戀涅��。何者？如舉心識，心識為法界，一切法趣心識，是趣不過；尚無心識非心識，何有趣過不趣過！如是展轉，乃至隨舉涅��，涅��為法界，一切法趣涅��，是趣不過；尚無涅��非涅��，何有趣過不趣過！此之謂旋陀羅尼，百千萬億旋陀羅尼，法音方便陀羅尼。所以圓妙、圓融、圓足、圓頓、圓伏、圓信、圓斷、圓行、圓位、圓自在莊嚴、圓建立眾生、圓超二種生死、圓證三德涅��；究竟如來，即究竟蜣螂也。悟此理者，善得教眼，常超客觀而隨主觀；不被法轉而能轉法。法法通備，不得一法，是以本經，一名大佛頂悉怛多般怛羅無上寶印十方如來清淨海眼也。曷謂無上寶印？大乘唯一實相法印是也。必須通達實相，方入大乘。故曰︰“亦令當來修大乘者，通達實相”。又曰︰“阿難及諸大眾聞佛示誨，疑惑銷除，心悟實相”。此實相印不共二乘，故曰︰“汝輩聲聞狹劣無識，不能通達清淨實相”。通達清淨實相，是之謂清淨海眼也。靈峰佛頂文句，最多發明斯意。然從主觀觀之，本經雖可唯明此門要意，依客觀論本經，則復不應專意于此。譬天台三大部，法雖一味圓足，而當部之宗主不同︰故法華之玄部、文部，偏重開通諦理，雖亦帶明觀心，但就隨文事相而說︰而摩訶止觀之一部，偏重修行止觀，雖亦泛明萬法，確指專觀識陰而入。本經正同摩訶止觀，重在修三昧也。通達實相，令悟三昧之如理也。選擇耳根，令獲三昧之要門也。開示聖位，令知三昧之直道也。守護淨戒，持誦神咒，詳明妄業，辨析魔事，令離三昧之迂障也。今判攝本經文義分，庶幾不戾本經全部之綱骨耳。