如果經過第一階段的行法，亡者已經證見法身，證入明光，就不需要行以下的法了。否則還要繼續為亡者實施第二階段的行法（經文中的‘無實義空性’‘本源’‘無生法身’都是指我們的佛性）。
第二階段的行法，要在外氣已斷，但內息尚存時進行。這就是我們通常說的死位中有時期，又稱‘識悶絕位’，在西醫又稱為假死。這個時候人的識神並未完全出竅。識神從什麼地方出去，什麼地方就要流黃水，所以第二階段的行法要在黃水流出之前反復實施。從外氣斷到識神完全離體這段時間的長短因人而異。如果是罪大惡極，或者定力很差，身體又很弱（即‘色力定功劣弱者’或‘脈道劣弱者’）的人，外氣一斷，識神很快就出去了，有的還能停留一、二十分鐘。如果有定力的人，識神可以停留七天才完全離體。所以功夫越好的人，識神走得越慢。普通人一般需要三天半或四天，識神才能完全離體。
在亡者外氣剛斷的時候，諸氣息集中于人體中脈，本性光明（即風智之光）豁然起現，這就是第一次光明顯現。大約一頓飯的時間，約三十分鐘。而未能證入者就見為妄光（即戲光明，就是平時執著在光明相上，追求來的光明，此光明與本性光明無關）。所以這時應極當體認。一旦認取，即可證入明光，而證得法身。此後，亡者氣息由中脈溢入左右二脈，第一次光明消失，中有境界就現前了。
因此要把握第一次光明顯現的機會，行法者一定要在氣息溢入左右二脈之前，反復念誦以下各文三十分鐘︰
‘[1]指示明光尋求大道文’
‘[2]四大融入指示文’
‘[3]發心證認死位明光文’
‘[4]明光直接教授’
這些經文在前面已經講過，這里就不再復述。第一次明光消失後，中有境界現前，其間還會有第二次、第三次明光顯現的機會。所以第二階段的行法，又分兩部分︰第一部分就是在亡者外氣剛斷三十分鐘內抓緊時間多次念誦[1]至[4]文，為亡者指示第一明光。這就是原書中講的‘初期中有’。第二部分就是在亡者外氣斷了三十分鐘以後，除繼續念誦[1]至[4]文，同時對生起次第行者還要加誦[5]文，為亡者指示第二明光。這就是原書中講的‘二期中有’。在第二部分的行法中還要加誦[6]、[7]文為法性中有時期的行法做準備。
乙、二期中有第二明光指授
若亡者于最初明光（即以上所示初期明光）能認取者，當下即可解脫。設若不能認取，驚疑恐怖者，所謂第二明光，即現其前。其光來時，為外氣斷後一餐飯之頃。隨其生前或善或惡之業力，風智之光，由中脈逸入左右兩脈，自諸根孔穴外出，心識豁然開朗，約為一餐飯頃，亦視脈道勝劣及修持有無而定。爾時，其識離體外出，自己已死，尚未認知，或見親屬，一如生前，亦聞哭聲，斯時業力幻惑，凶猛境相，尚未顯現，閻羅怖畏，尚未來臨，行法之人，亟當指示如次。
此中又分‘圓滿次第行者’及‘生起次第行者’（已授密法之瑜伽士，初步入觀本尊壇城修習者，謂之生起次第行者；次修自己身中氣脈明點者，謂之圓滿次第行者。）。若為圓滿次第行者，當三呼其名，依照前節[4]‘明光直指教授’以導示之；若為生起次第行者，則當為其朗誦彼平時熟修嫻習之本尊道場觀，即呼亡者之名，念誦下文而告之曰︰
如果亡者在第一次死光顯現時，能夠認取，並與光明合上去，當下即可證成法身佛而得到解脫。如果不能認取，或驚疑恐怖者，就錯過了第一次成就的機會。在外氣斷了大約一頓飯的時間以後，又會有第二次明光顯現。這時亡者的氣息（即‘風智之光’）由中脈溢入左右二脈，其間識神偶然外出。亡者同生前一樣，也可以看見親屬，也能听到哭聲，但還不知道自己已死。這時業力所幻現的各種境相還沒有顯現，可怖可畏的閻羅還沒有來臨，所以行法者應抓緊時間為亡者指示。
根據亡者生前所修的密法不同，指示也有所不同。如果亡者生前修習圓滿次第的法（即能夠將觀想成功的一切境相全部化空，歸無所得），在這時就要繼續念誦[1]至[4]文，為其指示明光。如果亡者生前只修過生起次第的法（即修觀想、本尊、壇城、三脈七輪、九節佛風等）還未曾修圓滿次第的法。這時除為亡者念誦[1]至[4]文外，還要加誦經文‘[5]本尊道場觀’。
[5]本尊道場觀（此文在亡者氣斷之後約半小時起，為之多次念誦。）
嗟！善男子（某某）︰汝當入觀于汝自奉本尊（此指亡者生前所修奉之本尊。如修觀音法，則觀世音菩薩即其本尊；如修文殊法或彌陀法，則文殊菩薩、阿彌陀佛，即其本尊也。）心勿散亂，勵力渴仰，專注本尊。當觀一切境相，皆無自性，如水中月，切勿觀為實質。
以上明告，如為常人（即未受過顯密各法之普通人。）則告之曰︰
汝當觀修大悲觀自在菩薩（藏密所傳觀自在菩薩，二頭四臂，見本經卷首之圖像。）
告已，指示亡者如何觀想。如是縱于‘先期中有’未認取者，此時亦能認取勿疑。又在生前，雖有師授，然未能熟修，于‘中有位’不能自證‘明光’者，當必由上師或同門道侶，導令解釋。又自己雖能熟修，然以死時重病所纏，不能記憶而認取者，則此‘中有教授’，在所必需。又在生前，修道雖熟，然以曾壞律儀，退失三昧耶（誓語），遂入惡趣者，則此囑告，萬不可少！總之，‘初期中有’，若得證認，是為最上。若不能證，則于‘二期中有’，明白導示，證智開朗，仍得解脫。又在‘中有’時，所具一種‘幻身’，對于自死與未死，尚未認知。迨其心識豁然開朗，爾時，體會所說教授，則法爾母子兩光（詳附注五）會遇，炳然照耀，無能為染。譬如日光破除冥，光明照耀，摧破業力，即得解脫。次則所謂‘二期中有’乃漸起現為‘意生身’，亡者能見境相，猶如生前所見。爾時若能證認此教授，自能獲益。因在此時，業力迷境，尚未現前，任何一切，易于轉變也。
‘[5]本尊道場觀’內容如下︰
‘某某人，你現在應當觀想生前所修持供奉的本尊。要專心致志，不要散亂，要竭力渴望瞻仰、專注本尊。同時你要明白現在所顯現的一切境相，皆無自性、無自體，如水中之月，空中之花，都是因緣所生，決不可認為實有，不可執著，要一切放下。’
如果亡者是沒有修過顯密各法的普通人，就告訴他︰
‘你現在應當專心致志的觀想觀世音菩薩（見本經卷首二頭四臂觀音像），不要散亂。’
並且指示他應該如何觀想。這樣，亡者即使于第一次明光未能證入，于第二次明光也能認取。需要注意的是，對于以下幾種情況，一定要加強中有時期的行法，不能放松。
第一，雖然生前拜過師父，受過密法灌頂，但未能精進用功修持的人。
第二，雖然生前修法很用功、很精進，但由于業力緣故，到死的時候為重病所纏，非常痛苦，對生前所修之法，不能記憶認取的人。
第三，生前修法很用功，很精進，但不守戒律。退失戒心，即乘急戒緩之人，死後很容易墮入惡趣（即三惡道）。
總而言之，經過導示，亡者能在死後第一次明光顯現時，認取光明，證得法身，最為殊勝。如果第一次明光顯現的機會喪失，在第二次明光顯現時，我們再為他反復念誦經文，提醒、教導他，讓他明白，證入自內證智，亡者仍然可以得到解脫。因為此時，業力迷境還未現前，各種境界（即‘任何一切’）均容易轉變。好比千年暗室，一燈即明，因業障本來空。只要我們一切放下，心空無住，與光明合上去，就可以從一切罪障中解脫出來。
第二節法性中有指授
丙、三期中有指授（三期中有、即法性中有。）
以上導示，雖未體認本體明光（即初期中有明光。），而能認證二期中有明光者，當得解脫。若亡者為業所縛，經過以上多次導示，不能感其心識，未獲解脫，次即所謂‘三期中有’，亦即‘法性中有’，立即起現。此三期中有，系從死位中有三日半或四日後計算，有業力所現之幻惑迷亂境相、現臨于前，爾時亟當誦此法性中有指授密法，是為至要！此法威力，勝利極大。此時亡者靈識，如從睡夢初醒，較為清朗，凡其親屬哭泣哀號，以及撤除食器、脫換衣服、掃除床具、清潔臥室，自雖能見，而彼諸人，無能見己；他人所言，自雖能聞，而呼諸人，竟無應者。心遂懊喪，並知已死，將求重生，逡巡欲去。爾時，‘聲’、‘光’、‘輝’三種境相，俱現于前，遂疲勞于‘怖’、‘畏’、‘懼’三種情況之下，莫知所適。爾時亟當施此‘法性中有指授密法’，高呼其名，念誦下偈，朗聲明告︰
如果亡者為業力所纏，雖然經過行法之人的多次指示教導，仍不能認取明光，這樣，亡者就失去了在死位中有時期得到救度的機會，而降入‘三期中有’。即我們前面述及的‘法性中有’時期。這是在亡者死後三日半或四日之後，即第五天開始。由于業力的緣故，亡者一經降入法性中有時期，識神所幻現的各種迷亂境界，接踵而來，像演電影一樣，一幕一幕的出現在眼前。此時急需為亡者念誦法性中有時期的密法指授，這一點非常重要。因為此密法經文，威力極大，可加持亡者不被業力困擾，從而得到解脫。
在法性中有時期，亡者的識神已漸漸清醒，不再迷悶。這時亡者能听見親屬悲痛至極的哭泣、哀號，能看見大家為他脫換衣物，撤掉食器，打掃床鋪，清潔房屋等境相。亡者雖然能看見這一切，但周圍為他忙碌的人卻看不見他；亡者雖然能清清楚楚听見每一個人所說的話，也急于和大家說話，但大家卻听不見他的聲音，所以亡者感到非常懊喪。當他看到自己的尸體橫在床上，大家為他哭泣，他終于明白自己已經死了，所以非常痛苦。想求重生，于是到處竄逡。這時強烈的‘聲’‘光’‘輝’三種境相，同時在亡者面前出現，亡者感到萬分恐怖和畏懼，不知道該如何是好。所以這時應當抓緊時間，為亡者實施法性中有時期的救度法。