到了鐮倉時代，正當中國的南宋時期，日本佛教的新興教派，舉如︰淨土宗、真宗、時宗、禪宗、日蓮宗等，都應運而起，而且名僧迭出，振興佛教，大暢宗風。淨土法門，由法然上人開始，獨創一宗，他本受學于比睿山，後來因仰慕中國善導大師的法系，大倡淨土念佛一門。他的門弟子，英才眾多，所以後來傳下的流派也不少。親鸞上人，便是他的得意高足，他秉承法然大師的意旨，特別主張出家人可以娶妻食肉，認為唯仗發揮信仰的願力，但可絕對得到佛力的加庇，往生西方極樂世界。因為他的教義通俗易行，所以能夠深攬人心，獨成一格，因此便名為淨土真宗。它的勢力廣被，直到現在還盛行不衰。此外，如一遍上人的游行念佛，創立時宗，也是法然大師門的流派。
禪宗的法門，本來早已流傳日本，但至榮西、道元兩家，才開始建立專宗。他們兩人都曾入宋求法，分傳臨濟、曹洞兩派的禪宗，以直指人心，見性成佛的宗旨相號召，極適合于當時人們的需要，便普遍流傳。因禪宗以了生脫死為話頭，後來便影響到日本人不畏死的武士道精神，並且對于他們生活藝術的栽花種竹，詩情畫意，都大有裨益，處處以禪意相號召了。
此外，有名的日蓮宗，原由日本本土的天台宗蛻變而興，為日蓮上人所開創，乃是主張以唱念《妙法蓮華經》的經題，便可見性成佛的法門。上人生性豪邁，為人剛正，以英雄的氣質，行佛慈的教化，且具精力充沛，畢生以“自度度他”為職事，所以教法大行，確為日本僧史中的特殊人物。弟子人才輩出，益使法門大張。此時新興宗派，相繼興起，古宗、平宗兩地原有的名宗，也受到激發而振興起來，便形成日本佛教最為興盛的時代。
再後至吉野、室町時代，正當中國明朝時期，日本佛教，以禪宗的臨濟宗最為盛行，京師、關東之間，有五山十剎，二十四流之繁衍。曹洞宗則在東北邊隅僅自苟延而已。日蓮宗因有日蓮上人的倡導，起初傳教于京都，後來又盛行于東西各地，流派更多。其他如淨土宗，有白旗、名越兩派的興盛。真宗有蓮如上人的中興運動。但從此便逢“戰國”之亂，佛教各宗命運，也隨政治的沒落，以致瀕于衰敗。
過此以往，到了德川時代，正當中國明清時期，德川家康統一日本之後，他想憑藉宗教的力量，以收攬劫余的人心，所以極力提倡佛教，因此佛教勢力，聲威重振，便有各家“學舍”和“談林”等的創設，但此一時期，佛教學術思想的轉變，可比之如中國兩晉的玄談，漢唐的疏釋。舉例說來，如華嚴，有風潭上人的新說；如臨濟，有白隱禪師的宗風；天台宗，大興其安樂律；真言宗，行施其正法律。另外，如真宗有東西本願寺的分立；日蓮宗，有教系的爭議。同時中國隱元禪師東渡，開立黃蘗一宗；而曹洞宗，也于此時再度必起。因此佛教學術思想大盛，並且都以俱舍、唯識為其共通的修學基礎，這便是日本人所稱“佛教的注解時代”。