大乘止觀述記科判(略科)注︰原‘遺集’中無此，為方便學習故，將原科文摘要作表，以供參考。
泛標正法１自性清淨心直明心非不覺
甲一２真如約不覺辨雙顯二佛性義
略標大綱標宗大乘出眾名３佛性智慧佛性迷真起妄成不覺
序分４法身約覺辨報應佛性反妄歸真具二覺
標示止觀釋名義５如來藏出障佛性
６法界釋余疑平等佛性
７法性舉離相以明淨心正明空
何所依止辨體狀舉不一不異以論法性空義問答遣疑
丁一舉二種如來藏以辨真如不空義(見頁３４５)
止觀何故依止正明修必依本
依止釋疑全性起修
以何依止以何依止體狀止行體狀
破小乘人執觀行體狀破自證
破大乘人執破名言約證破破他證
破暗證約修破破證他
總明三性︰１真實性。２依他性。３分別性。
真實性︰１有垢淨心。２無垢淨心。
丁二淨分依他約性染義對簡正明性染有用
止觀別明三性依他性染分依他約真實性料簡釋其名清淨分
境界清淨分別性釋其名分別性
分別性染濁分別性
合辨︰１約一心辨。２約依他辨。３釋六識疑。
依分別性︰１從觀入止。２從止復觀。
約染濁約依他性︰１從觀入止。２從止復觀
三性對真實性︰１從觀入止明無性性。２從觀入止明無真性。
丁三３止觀明根本真如三昧。４止觀雙現前。
止觀通簡︰１正簡示。２約幻喻。３約夢喻。
體狀約分別性
約清淨約依他性
三性約真實性
通簡︰１寂用之相。２生佛之名。３同異之義。
４自他修益。５佛德實虛。６常住生滅。
丁四約分別性︰１觀行斷得。２止行斷得。
止觀約依他性︰１觀行斷得。２止行斷得。
斷得約真實性︰１觀行斷得。２止行斷得。
總辨︰１除障之義。２燻心之由。３地位之相。４結略總明。
備顯作用全體大用
丁五正明重明所依雙遮雙照
止觀再示方便離過具德
作用偈頌頌理諦融即離微
結頌觀法直明非妄
頌勸修遠勝二乘
觀門實事觀佛身觀直示假想非妄徑齊菩薩
禮佛時止觀止門假想觀供具觀釋疑感應俱成重明同體心性
雙行依想得見真佛
食時止觀觀門普供觀轉粗作妙觀生佛互論燻心
止門除貪觀轉少為多觀結成感應不二
便利時止觀正明觀門
釋疑止門
(續頁３４２)
淨法具足無漏性功德法果性唯心所具
具染淨法具足出障淨法能燻亦唯心所具
染法具足染性∣釋疑１性不可轉２兩性相違３兩業起滅４性不
具足染事相除５互論相違６本末同滅７相違不燻。
不空義圓融無礙法界法門直明法界體一性染性淨具時具有
因果法身名別之義具明染淨性事事染事淨有二差別
藏體一異真體在障出障之理正明圓融無礙法說(喻)無差而差之理
事用相攝之相喻說(喻)全理成事
治惑受報不同之義引證(喻)全事攝理
共相不共相識(喻)全事攝事
結成差即無差