17歲舉諸生，以學行見稱。鄰有一老嫗，日日稱念佛號，彼問其所以，嫗對曰︰“先夫持佛名，臨終無病而逝，故知念佛功德不可思議。師為其語所感，爾後即寄心淨土，書“生死事大”四字于案頭以自策。
27歲喪父。
32歲母亦永訣。
嘉靖四十五年（1566）遂決意出家，投西山性天大師落發，就昭慶無塵受具。旋即北游，謁遍融大師，諭以勿貪名利，唯一心辦道，老實持戒念佛。後參笑岩德寶于柳庵，辭別向東昌之歸途上，聞樵樓之鼓聲忽大悟。乃作偈曰︰“三十年前事可疑，三千里外遇何奇，焚香擲戟渾閑事，魔佛空爭是與非。”
隆慶五年（1571），乞食雲棲，見山水幽絕而愛之，居焉。山故多虎，環山40里，歲傷不下數十人，居民苦之，師發悲願，為誦經施食，虎患遂寧。歲亢旱，居民乞禱雨。師曰︰“吾但知念佛，無他術也。”眾固請，乃持木魚出，循田塍行，唱佛名。如足所及，時雨如注。眾悅，相與庀材造屋。師居山修念佛三昧，教化遠近，衲子雲集，遂成一大叢林。
萬歷十二年（1584），編《往生集》，記傳古今往生者之事跡。二十年，開法于杭州淨慈寺，又興戒壇之制，行自誓受戒之法。于山中及城內外造放生池，作《戒殺放生文》，誡害物命。弘揚淨土，著《阿彌陀經疏鈔》等，融會事理，統攝三根，至于淵奧。四十三年六月杪，忽入城別諸弟子及故舊，曰︰“吾將他往。”還山，設茶別眾，眾莫測。至七月朔晚，入堂曰︰“明日吾行矣。”次夕，入丈室，示微疾，睽目坐，城中諸弟子畢至，復開目雲︰“大眾老實念佛，毋捏怪，毋壞我規矩。”眾留之，師作《三可惜》、《十可嘆》以警眾，面西念佛端然而逝。
世壽81歲，僧臘50夏，塔全身于寺左嶺下，留世著作有《阿彌陀經疏鈔》4卷、《往生集》3卷、《淨土疑辯》1卷、《禪關策進》1卷、《梵網戒疏發隱》5卷、《沙彌要略》、《具戒便蒙》各1卷、《緇門崇行錄》1卷、《水陸法會儀軌》6卷、《楞嚴摸象記》10卷、《竹窗隨筆》3卷、《雲棲遺稿》3卷、《山房雜錄》2卷等。後由其弟子搜集師之著作30余種編成《雲棲法匯》流通。參閱《雲棲志•釋德清撰蓮池大師塔銘》、《淨土聖賢錄》卷5等。