有一天，大師把他的門下弟子法海、志誠、法達、神會、智常、智通、志徹、志道、法珍、法如等人叫來，對他們說︰「你們和其它的徒眾不同，我滅度以後，你們都是住持一方弘法教化的禪師。我現在教你們如何說法，才能不失本宗頓教法門的宗旨。
說法時，應先舉述三科法門，運用三十六相對法，如有出沒就會落于兩邊，說一切法不要背離了自性。如果忽然有人向你問法，說話都要雙句相對，彼此來去相互為因，最後兩邊的對待全部去除，更沒有其它可著之處。
所謂三科法門，就是陰、入、界。陰是五陰，就是色、受、想、行、識，入是十二入，也就是外面的色、聲、香、味、觸、法六塵，和自己的眼、耳、鼻、舌、身、意六門。界是十八界，也就是六塵、六門、六識，自性能含容萬法，所以叫作含藏識；如果起了分別思量，就是轉識。
由轉識生起六識，出于六根門頭，對外接觸六塵，就這樣，十八界都是從真如自性而起用。自性如果邪，就產生十八邪；自性如果正，就產生十八正。如果表現出惡用，就是眾生用；如果表現出善用，就是佛用。用自那里來呢？由自性而來。
相互對待的諸法，外境無情方面有五對法︰天和地相對，日和月相對，明和暗相對，陰和陽相對，水和火相對。這是五對相對法。
法相、語言方面有十二對法︰語和法相對，有和無相對，有色和無色相對，有相和無相相對，有漏和無漏相對，色和空相對，動和靜相對，清和濁相對，凡和聖相對，僧和俗相對，老和少相對，大和小相對；這是法相和語言的十二對相對法。
自性起用方面有十九對法︰長和短相對，邪和正相對，痴和慧相對，愚和智相對，亂和定相對，慈悲和狠毒相對，持守淨戒和為非作歹相對，直和曲相對，實和虛相，險和平相對，煩惱和菩提相對，常和無常相對，悲和害相對，喜和 相對，舍和慳相對，進和退相對，生和滅相對，法身和色身相對，化身和報身相對；這是十九對相對法。」
六祖說︰「三十六對法如果懂得如何運用，就能使道貫穿于一切經法，而且出入不落于兩邊。真如自性隨緣起用，和人言談時，對外要能即于一切相而不執著一切相，在內要能即空而不執著空。如果完全著相，就會助長邪見；如果完全著空，就會增長無明。執著空見的人，有的誹謗佛經，肯定地說『不用文字』。既然說不用文字，那麼人也不應該有語言，因為這語言本身就是文字的相。又說『直指之道不立文字』，就是這『不立』兩個字，也是文字。又見到別人在說法，就誹謗別人所說著在文字。你們應該知道！自己執迷還罷了，又誹謗佛經。千萬不可誹謗經法，否則將造下無量無邊的罪業！如果外著于相，而造作有為法來尋求真道；或者到處建立道場，而辯論有無的過患，像這樣的人，即使歷經多劫也不可能明心見性。
只許依照正法修行，又不可甚麼都不想，這樣反將造成佛道上的障礙。如果只是听人說法而不實地修行，反而會使人生起邪念。因此要依照正法修行，說法不要住相。你們如果能夠悟解，並且依照這樣去說、去用、去行、去作，就不會失卻本宗的宗旨了。
如果有人問你法義，問『有』，就用『無』來答；問『無』，就用『有』來答；問『凡』，就用『聖』來答；問『聖』，就用『凡』來答。就這樣，二邊對待法的相互為因而離卻二邊，就顯出了中道義理。像這樣一問一答，其余的問題也完全依照這樣作答，就不會失卻中道的理體了。
假如有人問︰『甚麼叫做暗？』就回答他說︰『明就是因，暗就是緣，光明消失了就黑暗。以光明來顯現黑暗，以黑暗來顯現光明，一來一回相互為因，而成中道義理。』其余的問題都可以這樣回答。你們今後傳法，要依照這種方法轉相教導傳授，不要失卻頓門宗旨！」
惠能大師在唐睿宗太極元年（七一二），也就是後來改元的延和七月時，命門下弟子到新州的國恩寺建塔，又派人催促早日完工。到了第二年夏末，終于落成。七月一日，六祖集合徒眾，對他們說︰「我到八月就要離開這個世間了，你們如果有甚麼疑問，須趁早發問，我當為你們解答，消除你們心中的疑惑。一旦我去世以後，就沒有人教導你們了。」
法等人听了這話，都傷心的流淚悲泣，只有神會神情如常不動，也沒有流淚哭泣。
大師說︰「神會小師卻能懂得善與不善平等，不為毀謗或贊譽所動搖，不生悲哀或快樂的情緒。其它的人都作不到這一點，你們這幾年在山中都修的甚麼道？你們現在悲傷涕泣，是為誰擔憂呢？如果是憂慮不知道我的去處，我自己是知道要去那里的；如果我不知道自己的去處，也就不會預先告訴你們了。你們悲傷涕泣，是因為不知道我的去處；如果知道我要去那里，就不應該悲傷涕泣了。法性本來就沒有生滅去來，你們都坐下來，我為你們說一首偈，叫作真假動靜偈。你們誦得此偈，就能與我的心意相同；依照此偈去修行，就不會失卻宗門的宗旨。」
所有的徒眾都一齊向六祖作禮，請大師說偈。偈語是這樣說的︰
一切萬法皆非真，不要顛倒看作真。
若是當作真實看，此見完全不是真。
若能自心識得真，離了假相即心真。
自心不能離假相，既已無真何處真。
有情本來就解動，木石無情才不動。
若是偏修不動行，則同木石頑不動。
如尋自心真不動，不動自存于動中。
不動若是頑不動，無情卻是無佛種。
能善分別諸法相，于第一義而不動。
只要能作這樣看，此見就是真如用。
告訴諸位學道人，著力必須要用意。
勿在大乘宗門下，卻仍執著生死見。
彼此談論若相契，就應共論佛法義。
所言若實不相契，也應合掌使歡喜。
宗門原本是無諍，有諍就失真道義。
固執違逆諍論者，心性便轉入生死。
當時徒眾听完偈語，都一起向六祖頂禮，並且都體會大師心意，人人收攝散亂的心，依照正法修行，更不敢有所諍執。大家知道六祖不能久住世間，法海上座于是再禮拜大師，請問道︰「和尚滅度以後，衣法將要傳給甚麼人呢？」
大師說︰「自從我在大梵寺說法，直到今天所說，記錄流通，名為《法寶壇經》。你們守護此經，轉相傳授，度化一切眾生。只要能依照此經說法，就叫作正法。我現在只為你們說法，不再傳付祖衣。因為你們的信根都已純熟了，決定不再存有疑慮，足以勝任弘法大事；但是根據達摩祖師傳授的偈意，祖衣不應該再傳。
達摩祖師的偈語是這樣說的︰『我來東土的本意，是為傳法度迷情。一華開展為五葉，菩提道果自然成。』」
六祖又說︰「各位善知識！你們人人各自清淨心意，听我說法︰如果要想成就佛的一切種智，必須了達一相三昧和一行三昧。
如果能在一切處而不住一切相，並于一切相上不起怨憎或喜愛，也沒有執取和舍棄的心念，不計較利益成敗等事，安閑恬然平靜，清虛圓融澹泊，這就叫做一相三昧。如果在一切處，無論行住坐臥，都懷有一顆純淨正直的心，不必在道場中別有舉動造作，即已真實成就淨土，這叫做一行三昧。
如果能夠具有這二種三昧，就好像地下種子，由含藏到長養，終使果實成熟。一相三昧和一行三昧也是如此。我現在所說的法，譬如及時雨，普遍潤澤大地上的一切生物；你們的本有佛性譬如一切種子，遇到這及時雨的滋潤，都能發芽生長。凡是承受我的旨意的人，一定能證得菩提，依照我所說去行持的人，決定能夠獲證妙果。
听我說偈︰『心地含藏諸種子，普獲法雨皆發萌。頓悟華情行持後，菩提妙果自然成。』」
六祖說完偈語，又說︰「佛法沒有二法，心也是這樣只有一種。佛道清淨，沒有甚麼可以執著。你們切勿偏著『看靜』和偏落『空心』，自心本來清淨，原本無可執取和舍棄。你們要各自努力，隨緣珍重！」
這時，徒眾都向六祖頂禮而後退出。
六祖在七月八日那天，忽然對門下弟子說︰「我要回去新州去，你們趕快去準備船只！」
大家堅決哀請挽留，六祖說︰「諸佛隨緣應化出世，尚且還要示現涅��，有來必定有去，這是正常的道理。我這肉身骸骨也應該有所歸宿。」
大眾說︰「師父！您現在去了新州，甚麼時候可以再回來？」
六祖說︰「葉落歸根，生來本無法可說。」
大家又問︰「正法眼藏傳給了甚麼人？」
六祖說︰「有道的人得我法，無心的人自宗通。」
又問︰「以後有沒有事難？」
六祖說︰「我滅度後約五六年時，應當會有一個人來偷取我的頭。听我預記︰『取頭頂戴如養親，為了口腹代人行，遇到滿字的事難，州縣當官是楊柳。』」
又說︰「我滅後七十年，將有二位菩薩從東方來，一位是出家人，一位是在家人，同時興盛佛法教化，建立我的宗派，修建佛寺，昌隆法嗣。」
門人又問︰「自從佛祖應現以來，不知一共傳授了幾代？願請垂恩開示！」
六祖說︰「應化世間的古佛，已經無數無量，無法計算了。現在只以七佛為始來說︰過去莊嚴劫時，有毗婆尸佛、尸棄佛、毗舍浮佛；現在賢劫時，有拘留孫佛、拘那含牟尼佛、迦葉佛、釋迦文佛。這就是所說的七佛。
釋迦牟尼佛首傳正法眼藏給摩訶迦葉尊者，二傳是阿難尊者，三傳是商那和修尊者，四傳是優婆齄h嘧鷲擼 宕 翹岫噱茸鷲擼 敲終阱茸鷲擼 嘰 瞧判朊鄱嘧鷲擼 舜 欠鶩閱煙嶙鷲擼 糯 欠 悅鄱嘧鷲擼 切滄鷲擼 淮 歉荒且股葑鷲擼 鍬礱 笫浚 清擾 β拮鷲擼 拇 橇 鞔笫浚 宕 清饒翹崞拋鷲擼 鍬薏T羅多尊者，十七傳是僧伽難提尊者，十八傳是伽耶舍多尊者，十九傳是鳩摩羅多尊者，二十傳是 耶多尊者，二十一傳是婆修盤頭尊者，二十二傳是摩��羅尊者，二十三傳是鶴勒那尊者，二十四傳是師子尊者，二十五傳是婆舍斯多尊者，二十六傳是不如蜜多尊者，二十七傳是般若多羅尊者，二十八傳是菩提達摩尊者，二十九傳是慧可大師，三十傳僧璨大師，三十一傳是道信大師，三十二傳是弘忍大師，一直到我惠能是第三十三代祖。從上面所說的諸位祖師，都各有所稟承。你們以後也要代代相傳，不可有誤。」
六祖大師在唐玄宗先天二年，即開元元年癸丑歲八月初三當天，在新州國恩寺用過齋飯，告訴所有徒眾說︰「你們各依位次坐下，我要和你們道別。」
法海說︰「和尚留下甚麼教法，可使後世迷人藉以得見佛性呢？」
六祖說︰「你們用心听著！後代的迷人如果能夠識得眾生，就是佛性；如果不能識得眾生，即使歷經萬劫，想要覓佛也是難遇難逢。我現在教你們認識自己心中的眾生，見自己心中的佛性。想要求得見佛，只在能夠認識眾生，因為是眾生迷失了佛性，不是佛要來迷惑眾生。自性如果能夠覺悟，眾生就是佛；自性如果迷失，佛也就是眾生。自性若是平等，眾生就是佛；自性若是邪險，佛也就是眾生。你們心里如果陰險不正，就等于佛在眾生中；如果一念平等正直，就等于眾生成了佛。我們自己心中本來就有佛，這自性佛才是真佛。自己如果沒有佛心，到何處去尋找真佛呢？你們自己的心性就是佛，再不要有所懷疑！心外並無一物可以建立，萬法都是從我們自心里變現出來的，所以經文里面說︰『心念一生則種種法隨之而生，心念一滅則種種法隨之而滅。』我現在留下一偈與你們告別，這首偈子叫作自性真佛偈。後代的人如果了解此偈的旨意，自然能夠見到自己本心，自然能夠成就佛道。」
這首偈是說︰「真如自性是真佛，邪見三毒是魔王。邪迷的時候，魔王住心房，正見的時候，真佛坐心堂。自性起邪見三毒同時生，那就是魔王住在心房。有了正見，三毒心自然去除，這時魔王就如實變成真佛。法身、報身及化身，三身本來就是出自一身。如果向自性中能自見三身，那就是成佛的菩提因。本是從化身而生清淨法性，清淨法性常在化身中。清淨法性使化身行于正道，將來報身圓滿功德無窮。淫性本是由淨性而生，除去淫欲就是淨性身。性中各自遠離五欲，見自清淨本性�x那就是真佛。今生如能遇到頓教法門，忽然悟到自性，就是親見世尊，如果想要修行尋求作佛，不知要向何處求真。如果能在心中自見其真，有真就是成佛的因。不能見到自性而向外覓佛，起此心念總是大痴人。現在已經留下頓教法門，要救度世人必須先行自修。告訴你們及將來學道的人，不作這樣的見解實在是太愚迷了。」
六祖說完此偈，告訴大眾說︰「你們要好好安住，我滅度以後，不可和世俗人一樣地悲傷涕泣，接受人吊祭慰問時，若穿著孝服，就不是我的弟子，也不是如來的正法。只要能識得自己本心，就能見自心本性原來無動無靜、無生無滅、無去無來、無是無非、無住無往。因為恐怕你們心里迷惑，不能領會我的意思，現在再次囑咐你們，使你們能得見自性。我滅度以後，依我所說修行，就好像我在世時一樣。如果違背我的教法，即使我在世間，對你們也是沒有甚麼益處。」
接著又說了一首偈語︰「靜止不動不修善，悠閑自在不造惡，斷絕見聞心安靜，心無拘束無所著。」
六祖說完了偈語，端坐到三更時分，忽然告訴弟子說︰「我去了。」�x那間示寂了。當時異香充滿室內，天空白虹連屬地面，樹木也變成了白色，飛禽走獸都發出了哀鳴。
十一月，廣州、韶州、韶州三郡的官僚以及門下的出家、在家弟子，爭相要迎請六祖的真身去供養，無法決定該往何處。于是就焚香禱告說︰「香煙所指向的地方，就是大師的歸宿。」
當時香煙一直飄向曹溪。十一月十三日，眾人把六祖坐化的神龕以及五祖傳下的衣缽都由新州國恩寺遷回曹溪寶林寺供奉。
次年七月二十五日，六祖的肉身出龕，弟子方辯用香泥涂上六祖的真身。這時弟子們憶起六祖曾經說過「取頭」的預記，于是先用鐵片和漆布圍護六祖的頸部，然後送入塔內供奉。六祖真身入塔時，塔內忽然出現一道白光，直沖天上，經過了三天以後才消散。韶州刺史把六祖的事跡報告給朝廷，皇上就敕令立碑紀念六祖的道行。
惠能大師世壽七十六歲，二十四歲時受五祖傳衣，三十九歲時披剃受戒，說法利生共有三十七年。得法嗣法的有四十三人，其它悟道超凡的就不知其數了。達摩祖師所傳以為憑信的祖衣、唐中宗御賜的磨衲寶缽以及方辯所塑的六祖法相，連同大師所用的道具等，永遠作為寶林寺的鎮寺之寶。流傳《法寶壇經》，用以顯揚頓教禪門的宗旨，興隆三寶，普遍利益一切眾生。