阿赖耶识如何生死流转呢？这要从佛法上的十二缘起观说起。
四、十二缘起的生命观
十二缘起，又称十二因缘，亦称十二有支。这是依因果法则，以开示有情生命三世相续的真相。
十二缘起，是无明缘行，行缘识，识缘名色，名色缘六入，六入缘触，触缘受，受缘爱，爱缘取，取缘有，有缘生，生缘老死。这其中，无明是过去之惑，行是过去之业，由识至受五支是现在苦果；爱，取二支是现在之惑，有是现在之业，生和老死是未来的苦果。这样由惑造业，由业受苦，由苦而复惑，因惑复造业，复受苦，就是有情生命流转的恶性循环。但在这循环中因业受苦的根本，就是上节所说的阿赖耶识。
生命的来源，由于无始以来本性因染成识，因妄想执著造作之业力寄托于识中，此识复受业力支配，在六道中轮回升沉。因此，我们可以在此说出生命的奥秘，那就是，生命的根本，是阿赖耶识——也就是俗称的灵魂。生命自六道而来，复往六道而去——事实上也无所谓来去，只是这个识，受著业力的牵引，在这六类众生的生命之流里，扮演著各种不同的角色。一旦因缘会合，生入人道，那就成了五蕴和合的我。
其实，识与名色结合的生命，并不一定就是人，不过三界六道，以人为中心，所以我们在讨论生活问题时，亦假设以人为对象。假设说，神识以过去业力之因，生入人道，那么在十二因缘的现在果报上说，就是倒识入胎，与父精母卯结合而成生命。此生命发育至六根具备，出生人间，渐次成长，由眼耳鼻舌身意六根对色声香昧触法六尘的感触，而有苦乐的感受。这便是十二因缘中的识、名色、六入、触、受五支。
有了苦乐的感受，就会躲避痛苦，追求快乐，此不独于人，动物皆然。既然追求快乐，自然就有贪爱——贪财爱色，争名夺利。然而过份扩张自己，就难免不影响别人。少数人快乐，多数人难免痛苦，痛苦的人为了求得快乐，又不兔再把自己的快乐，建立在别人的痛苦上——当然，人群中也有舍己为人的仁人志士，克己安份的善良人民。但人的行为不管是善是恶，起心动意，皆是业种。这业种印入藏识——阿赖耶识中，以业的善恶，支配未来的生命——善者超升，恶者沉沦，一切皆自己造作，没有什么上帝和神祇支配。以上是十二缘起中现在三因的爱、取、有，三支。
未来之果呢？则由现在之业因，再去受生，再去受报，再作业，再老死，依然在生命之流里，延续无尽。