如果经过第一阶段的行法，亡者已经证见法身，证入明光，就不需要行以下的法了。否则还要继续为亡者实施第二阶段的行法（经文中的‘无实义空性’‘本源’‘无生法身’都是指我们的佛性）。
第二阶段的行法，要在外气已断，但内息尚存时进行。这就是我们通常说的死位中有时期，又称‘识闷绝位’，在西医又称为假死。这个时候人的识神并未完全出窍。识神从什么地方出去，什么地方就要流黄水，所以第二阶段的行法要在黄水流出之前反复实施。从外气断到识神完全离体这段时间的长短因人而异。如果是罪大恶极，或者定力很差，身体又很弱（即‘色力定功劣弱者’或‘脉道劣弱者’）的人，外气一断，识神很快就出去了，有的还能停留一、二十分钟。如果有定力的人，识神可以停留七天才完全离体。所以功夫越好的人，识神走得越慢。普通人一般需要三天半或四天，识神才能完全离体。
在亡者外气刚断的时候，诸气息集中于人体中脉，本性光明（即风智之光）豁然起现，这就是第一次光明显现。大约一顿饭的时间，约三十分钟。而未能证入者就见为妄光（即戏光明，就是平时执著在光明相上，追求来的光明，此光明与本性光明无关）。所以这时应极当体认。一旦认取，即可证入明光，而证得法身。此后，亡者气息由中脉溢入左右二脉，第一次光明消失，中有境界就现前了。
因此要把握第一次光明显现的机会，行法者一定要在气息溢入左右二脉之前，反复念诵以下各文三十分钟：
‘[1]指示明光寻求大道文’
‘[2]四大融入指示文’
‘[3]发心证认死位明光文’
‘[4]明光直接教授’
这些经文在前面已经讲过，这里就不再复述。第一次明光消失后，中有境界现前，其间还会有第二次、第三次明光显现的机会。所以第二阶段的行法，又分两部分：第一部分就是在亡者外气刚断三十分钟内抓紧时间多次念诵[1]至[4]文，为亡者指示第一明光。这就是原书中讲的‘初期中有’。第二部分就是在亡者外气断了三十分钟以后，除继续念诵[1]至[4]文，同时对生起次第行者还要加诵[5]文，为亡者指示第二明光。这就是原书中讲的‘二期中有’。在第二部分的行法中还要加诵[6]、[7]文为法性中有时期的行法做准备。
乙、二期中有第二明光指授
若亡者于最初明光（即以上所示初期明光）能认取者，当下即可解脱。设若不能认取，惊疑恐怖者，所谓第二明光，即现其前。其光来时，为外气断后一餐饭之顷。随其生前或善或恶之业力，风智之光，由中脉逸入左右两脉，自诸根孔穴外出，心识豁然开朗，约为一餐饭顷，亦视脉道胜劣及修持有无而定。尔时，其识离体外出，自己已死，尚未认知，或见亲属，一如生前，亦闻哭声，斯时业力幻惑，凶猛境相，尚未显现，阎罗怖畏，尚未来临，行法之人，亟当指示如次。
此中又分‘圆满次第行者’及‘生起次第行者’（已授密法之瑜伽士，初步入观本尊坛城修习者，谓之生起次第行者；次修自己身中气脉明点者，谓之圆满次第行者。）。若为圆满次第行者，当三呼其名，依照前节[4]‘明光直指教授’以导示之；若为生起次第行者，则当为其朗诵彼平时熟修娴习之本尊道场观，即呼亡者之名，念诵下文而告之曰：
如果亡者在第一次死光显现时，能够认取，并与光明合上去，当下即可证成法身佛而得到解脱。如果不能认取，或惊疑恐怖者，就错过了第一次成就的机会。在外气断了大约一顿饭的时间以后，又会有第二次明光显现。这时亡者的气息（即‘风智之光’）由中脉溢入左右二脉，其间识神偶然外出。亡者同生前一样，也可以看见亲属，也能听到哭声，但还不知道自己已死。这时业力所幻现的各种境相还没有显现，可怖可畏的阎罗还没有来临，所以行法者应抓紧时间为亡者指示。
根据亡者生前所修的密法不同，指示也有所不同。如果亡者生前修习圆满次第的法（即能够将观想成功的一切境相全部化空，归无所得），在这时就要继续念诵[1]至[4]文，为其指示明光。如果亡者生前只修过生起次第的法（即修观想、本尊、坛城、三脉七轮、九节佛风等）还未曾修圆满次第的法。这时除为亡者念诵[1]至[4]文外，还要加诵经文‘[5]本尊道场观’。
[5]本尊道场观（此文在亡者气断之后约半小时起，为之多次念诵。）
嗟！善男子（某某）：汝当入观于汝自奉本尊（此指亡者生前所修奉之本尊。如修观音法，则观世音菩萨即其本尊；如修文殊法或弥陀法，则文殊菩萨、阿弥陀佛，即其本尊也。）心勿散乱，励力渴仰，专注本尊。当观一切境相，皆无自性，如水中月，切勿观为实质。
以上明告，如为常人（即未受过显密各法之普通人。）则告之曰：
汝当观修大悲观自在菩萨（藏密所传观自在菩萨，二头四臂，见本经卷首之图像。）
告已，指示亡者如何观想。如是纵于‘先期中有’未认取者，此时亦能认取勿疑。又在生前，虽有师授，然未能熟修，于‘中有位’不能自证‘明光’者，当必由上师或同门道侣，导令解释。又自己虽能熟修，然以死时重病所缠，不能记忆而认取者，则此‘中有教授’，在所必需。又在生前，修道虽熟，然以曾坏律仪，退失三昧耶（誓语），遂入恶趣者，则此嘱告，万不可少！总之，‘初期中有’，若得证认，是为最上。若不能证，则于‘二期中有’，明白导示，证智开朗，仍得解脱。又在‘中有’时，所具一种‘幻身’，对于自死与未死，尚未认知。迨其心识豁然开朗，尔时，体会所说教授，则法尔母子两光（详附注五）会遇，炳然照耀，无能为染。譬如日光破除冥，光明照耀，摧破业力，即得解脱。次则所谓‘二期中有’乃渐起现为‘意生身’，亡者能见境相，犹如生前所见。尔时若能证认此教授，自能获益。因在此时，业力迷境，尚未现前，任何一切，易于转变也。
‘[5]本尊道场观’内容如下：
‘某某人，你现在应当观想生前所修持供奉的本尊。要专心致志，不要散乱，要竭力渴望瞻仰、专注本尊。同时你要明白现在所显现的一切境相，皆无自性、无自体，如水中之月，空中之花，都是因缘所生，决不可认为实有，不可执著，要一切放下。’
如果亡者是没有修过显密各法的普通人，就告诉他：
‘你现在应当专心致志的观想观世音菩萨（见本经卷首二头四臂观音像），不要散乱。’
并且指示他应该如何观想。这样，亡者即使于第一次明光未能证入，于第二次明光也能认取。需要注意的是，对于以下几种情况，一定要加强中有时期的行法，不能放松。
第一，虽然生前拜过师父，受过密法灌顶，但未能精进用功修持的人。
第二，虽然生前修法很用功、很精进，但由于业力缘故，到死的时候为重病所缠，非常痛苦，对生前所修之法，不能记忆认取的人。
第三，生前修法很用功，很精进，但不守戒律。退失戒心，即乘急戒缓之人，死后很容易堕入恶趣（即三恶道）。
总而言之，经过导示，亡者能在死后第一次明光显现时，认取光明，证得法身，最为殊胜。如果第一次明光显现的机会丧失，在第二次明光显现时，我们再为他反复念诵经文，提醒、教导他，让他明白，证入自内证智，亡者仍然可以得到解脱。因为此时，业力迷境还未现前，各种境界（即‘任何一切’）均容易转变。好比千年暗室，一灯即明，因业障本来空。只要我们一切放下，心空无住，与光明合上去，就可以从一切罪障中解脱出来。
第二节法性中有指授
丙、三期中有指授（三期中有、即法性中有。）
以上导示，虽未体认本体明光（即初期中有明光。），而能认证二期中有明光者，当得解脱。若亡者为业所缚，经过以上多次导示，不能感其心识，未获解脱，次即所谓‘三期中有’，亦即‘法性中有’，立即起现。此三期中有，系从死位中有三日半或四日后计算，有业力所现之幻惑迷乱境相、现临于前，尔时亟当诵此法性中有指授密法，是为至要！此法威力，胜利极大。此时亡者灵识，如从睡梦初醒，较为清朗，凡其亲属哭泣哀号，以及撤除食器、脱换衣服、扫除床具、清洁卧室，自虽能见，而彼诸人，无能见己；他人所言，自虽能闻，而呼诸人，竟无应者。心遂懊丧，并知已死，将求重生，逡巡欲去。尔时，‘声’、‘光’、‘辉’三种境相，俱现于前，遂疲劳于‘怖’、‘畏’、‘惧’三种情况之下，莫知所适。尔时亟当施此‘法性中有指授密法’，高呼其名，念诵下偈，朗声明告：
如果亡者为业力所缠，虽然经过行法之人的多次指示教导，仍不能认取明光，这样，亡者就失去了在死位中有时期得到救度的机会，而降入‘三期中有’。即我们前面述及的‘法性中有’时期。这是在亡者死后三日半或四日之后，即第五天开始。由于业力的缘故，亡者一经降入法性中有时期，识神所幻现的各种迷乱境界，接踵而来，像演电影一样，一幕一幕的出现在眼前。此时急需为亡者念诵法性中有时期的密法指授，这一点非常重要。因为此密法经文，威力极大，可加持亡者不被业力困扰，从而得到解脱。
在法性中有时期，亡者的识神已渐渐清醒，不再迷闷。这时亡者能听见亲属悲痛至极的哭泣、哀号，能看见大家为他脱换衣物，撤掉食器，打扫床铺，清洁房屋等境相。亡者虽然能看见这一切，但周围为他忙碌的人却看不见他；亡者虽然能清清楚楚听见每一个人所说的话，也急于和大家说话，但大家却听不见他的声音，所以亡者感到非常懊丧。当他看到自己的尸体横在床上，大家为他哭泣，他终于明白自己已经死了，所以非常痛苦。想求重生，于是到处窜逡。这时强烈的‘声’‘光’‘辉’三种境相，同时在亡者面前出现，亡者感到万分恐怖和畏惧，不知道该如何是好。所以这时应当抓紧时间，为亡者实施法性中有时期的救度法。