唯識學以‘三法二重’為因果，確立其宇宙形成與種子的關系。即主張︰當心、色二法諸緣具足時，種子必令當前之外界產生某種作用或現象，稱為‘現行’；此現行之法，一旦形成，即能燻習種子。如是乃構成‘三法’，即︰‘能生的種子’（本來的種子）、‘所生的現行’、‘所燻的新種’等三種要素，此三者具有‘二重’的因果關系，即于‘種子生現行’、‘現行燻種子’之下，同時展轉互為因果，且由之變現出世間萬物。故知宇宙森羅萬象、苦樂榮枯等一切有為無為之萬法，皆由吾人第八識內的種子所生成映現者，此即唯識宗‘萬法唯識’的基本論旨。準此而言，唯識家乃稱阿賴耶識內的種子為‘內種’，而謂米、麥等之種子並非真實自存之物，而系由內有之種子發為現行所變現者；以其相對于心識內之‘內種’，並假借世間之名，而稱之為‘外種’。
外種的種子亦如內種，可分為本有與新燻兩種，然內外種的種子，其燻習情況有別。據《成唯識論》卷二說，以外種而言，其種子具有本質者，即有燻習，而為其生長之‘增上緣’；若無本質者，即無燻習，而必須以內種為其‘生因’之緣。
【外塵】又稱外境。自認識作用而言，為眼、耳、鼻、舌、身、意六根所攝取的對象，即色、聲、香、味、觸、法等六塵，又稱六境。凡夫以為六塵皆在于內心之外，故稱外塵。
【外緣起】參閱‘內緣起與外緣起’條。
【末那三位】唯識宗依修行階段的淺深，而在末那識中立有三階段，稱為末那三位，一、人我見相應位︰如凡夫、二乘有學、七地以前的菩薩等有漏心位。二、法我見相應位，為末那識緣第八異熟識起法我見之位。此乃指凡夫、二乘及未得法空智果的菩薩位而言。三、平等性智相應位，乃起無漏平等性智之位，即菩薩以法空觀入見道，又于修道位起法空智果及佛果。以上三位之中，前二位屬有漏之位，第三位則屬無漏之位。
【末那三位無有】此指修唯識行的菩薩，修至何位方能斷除我執，舍末那之名？此有三位，即︰一、阿羅漢位︰二乘阿羅漢位，大乘八地菩薩，第八識舍阿賴耶識之名（此時名異熟識），故末那亦不成執。二、滅盡定位︰此位前六識心、心所皆滅，染位末那及心所亦滅。三、出世道位︰謂得真無我解脫及得後得無漏智，末那識已轉識成智。《唯識三十頌》曰︰‘阿羅漢滅定，出世道無有。’即指此三位而言。
【末那王所相應】此指與末那識相應的心所。《八識規矩頌》曰︰‘八大遍行別境慧，貪痴我見慢相隨。’即指與此識相應的心所，有八大隨煩惱心所——昏沉、掉舉、不信、懈怠、放逸、失念、散亂、不正知。五遍行心所——觸、作意、受、想、思。及別境中的慧心所，和四個根本煩惱心所——貪、痴、慢、見。一共十八個心所。