【愿文三】
〖九华地藏塔前愿文〗（丙子三月）
稽首慈悲大愿王，本源心地如来藏。
善安慰说真救世，现声闻相护法者。
愿承本誓度众生，鉴我微忱垂加护。
智旭，夙造深殃，丁兹末世。虽受戒品，轻犯多端。虽习禅思，粗惑不断。读诵大乘，仅开义解。称念名号，未入三摩。外睹魔党纵横，痛心疾首。内见烦恼纷动，愧地惭天。复由恶业，备受病苦。痛娑婆之弊恶，叹沉溺之无端。由是扶病入山，求哀大士，矢菩提于永劫，付身命于浮云。臂香六炷，三炷供忉利胜会、化身无数大集胜会、现声闻相六根聚会、善巧说法地藏菩萨摩诃萨；一炷悔三业重失，生来杀业淫机，谤三宝罪，口过恶念乃至旧岁染疾后种种不尽如法，如是等愿尽消除；一炷为求四愿，律仪清净，断惑证真，长康无病，广作福事；一炷为决疑网：若先礼忏，求净律仪；若先习禅，断除烦惑；若先阅藏，以开慧解；若先立行，以广福缘。唯愿救世真士大智开士一切知见者、于诸众生得不忘念者，必垂哀鉴，开我迷云。我复于大慈悲父前，沥血铭心，作如是愿：如一众生未成佛，终不先自取泥洹。倘夙业因缘，牵入恶道，愿菩萨弘慈，常觉悟我，使我念念忆菩提心，令菩提心相续不断。若夙障稍轻，愿大士威神，令我早成念佛三昧，决生阿弥陀佛世界，乘本愿力，无边刹海，化度有情，尽未来际，无有疲厌。
〖十周愿文〗（六月初一日）
稽首释迦大圣尊，十方克尽人伦者。
真实至孝真实忠，真实礼谊真师友。
所说究竟真实法，真实如法修行僧。
我今哀请垂护持，愿赐慈悲同作证。
智旭，生逢末世，福慧并微。蒙二亲独养深恩，罔知攸答。始则违亲教命，造谤佛诽法重愆。既而稍解真乘，弃生事死葬俗典。虽欲克期取果，顿舍家缘。实乃夙障偏多，久滞凡地。追初志而涕泗惭惶，念未来而痛心酸鼻。世出世法，均资未得。生后世报，婴苦无疑。由是自持经咒（列经三千卷、咒二千万、佛名号一万俱不录）。然香三炷汇诸善友所持经咒（列比丘、沙弥、优婆塞三十八人，共持诸经律四千八百零七部，背经论各一部、偈一百万、诸咒品二百二十万零三千五百九十六，又持一字大轮真言七日、佛菩萨名七百一十五万，礼佛三万拜，俱不录）以此荐父钟之凤、母金大莲，伏愿决生净土，速证无生，蒙授记于十方，度含灵于五浊。又香三炷，转为缁素善友乞恩三宝，伏愿比丘某痛念正法之衰；某克证真实之法；某等（列名者四人）圆修定慧之业；沙弥某某发深固志，成忍辱力；某等（列名者四人）戒德日懋慧性开朗；优婆塞某离诸障缘，成就二利；某某了悟尘缘，增长信力，舍恶住善，坚固菩提。又愿智旭病消障净，所有誓愿，无不圆成；所有著述，允可佛意；所有佛事，速办无难；所有开化，悉皆领悟；兴释迦正法于支那，作弥陀辅弼于乐土；绍地藏家业，入普贤行门；以势至念佛三昧，自度度他；以迦叶结集深心，护法护众；俾邪魔外道，遁影藏踪；使教戒禅那，日昭月朗。恭唯三宝垂慈，满菩提愿。
〖持咒文〗
智旭夙生业重，现世罪深，岂但不能克期取果，普报四恩。亦且不能传修圣道，弘范三界。悠悠岁月，放恣因循。致使他缘逼迫，恶疾缠身，［耳＊玄］累缁素，供养护持。反躬内忖，何德堪消？静言思之，实增惭惧。爰屏他缘，结坛专诵二总持，奉报外护。九炷臂香，供养三宝及地藏自在愍众生者，愿比丘某正见卓然，能转时流，不被流转；沙弥某某内外一如，始终一致；山房某等（列名者十人）于世法中，增长信根；优婆塞某身心永安，智慧如海；某了知恩爱，犹如桎梏，自然伏断烦恼罪根；某某即求子之凡心，成真善之圣行；沙门某等（列名者三十六人）慧命坚固，成就道果；优婆塞某（十人）及信女某等（列名者五人）欲行恶法皆不成，欲修善业速成就，关闭一切诸恶趣门，开阐人天涅槃正路。又愿智旭，病苦消除，福德生长，速完阅藏之阄，早遂断惑之志。著述开人天眼目，字字皆悬契佛心。与诸缁素，同生乐邦，世世生生，为影响众，直至道场，永无隔碍。又决疑拈阄，供香一炷，愿所拈阄，决定灵应。从此一意行持，无疑无悔，自利利他，功无虚弃，满菩提愿，广度众生。
〖阅藏愿文〗
归命法界大医王，种种应病妙法药。
观音地藏看病母，愿赐慈悲同哀护。
智旭与众生，背一真性，起诸幻疾，三惑为众罪根元，四大为百病窟宅，保妄念而尘劫不肯舍离，受毒身而轮回无有穷绝。幸获人伦，仍婴众苦。叨成僧相，尚缠惑根。禅那教观，徒有虚名。戒律总持，咸无实义。致使魔军得便，障难频侵。身则众病交煎，心则他缘逼迫。欲行善事，每不能成。是以深生惭愧，谛信因缘，归命观音、地藏二大慈尊。求哀忏悔，恳赐护持，为疗恶疟，持完大悲章句二百七十堂，而疟渐愈。然香三炷，供养三宝，愿与众生，离病因缘，断病苦报，身心安乐，真性现前。发起大心，行诸妙行。复然三炷，今日为始，暂减恒课，续阅藏经，愿此番决无障缘，从始至终，字字明解。外则事事丰饶，行人和顺，毫无片节扰心。内则精义入神，随闻入证，决得闻持胜力，普与众生，开顿悟门，成正修路，摧魔外邪幢，夺权小僻执，沉痾立起，枯槁旋生，恭唯慈覆。
〖完梵网告文〗（丁丑）
归命华台卢舍那，千华上佛千百亿。
梵网契经心地藏，玄通华光大智明。
亦礼弥陀大愿王，观音势至大海众。
及我地藏胜慈尊，同赐哀怜垂拔济。
菩萨戒沙弥智旭，窃念《梵网》尊经，久秘《龙藏》。下卷虽有义疏，古略多含，人罕妙解。上卷则两家草创，皆隔门墙，致使修证要涂，千秋贸贸。旭以宿因微善，得遇灵文，再四潜心，宛如故宝，不辞鄙拙，合注斯成。敬然臂香二十一炷，回向真乘：一二三奉供三身一体卢舍那佛，《梵网心地教行理经》，玄通华光主、华光王大智明，及文殊、普贤、药王、药上、金刚藏、虚空藏、弥勒、金刚手等，尽梵网海中发趣长养金刚十地菩萨摩诃萨，伏愿智旭，无始至今，身口意不善业、谤毁僻谬种种罪恶皆得消除。一切善根，皆得坚固；四供极乐世界阿弥陀佛，依正宣扬二侍众海，伏愿智旭，舍此幻身，定生极乐，华开见佛，满大愿轮；五供地藏慈尊，伏愿智旭，大智开明，大悲增上，离诸烦恼，广度众生，灭诸罪障，广代群苦；六供灵峰藏经，愿早庄严；七八为父母亡属及请主先亡供三宝，愿仗良因，同生净土；九为剃度十戒两师、道友某等（五人）供三宝，愿灭除罪垢，得宅九莲；十为在俗邪正两师供三宝，愿邪舍邪见，不受邪报，正增正信，成就正修；十一为请主道昉比丘供三宝，愿成千古真品，作末世药树；十二十三为比丘（四人）沙弥某等（列名者七人）供三宝，愿令破除习气，成就刚骨；十四为一切随喜结缘众供三宝，愿深植善根，永为道种，脱离尘网，趣向菩提；十五至十七为菩萨戒优婆塞（二人）、居士某等（列名者七人）供三宝，愿令转父母亲族之邪心，离盗贼奸雄之害意；十八奉为虚空法界一切曾受菩萨戒者供三宝，愿令戒品坚牢，细过无犯，定共道共以同彰，摄善摄生而圆证，由三十心，登体性地，速成正觉，满足法身；十九奉为虚空法界一切受菩萨戒有毁犯者供三宝，愿令罪障消除，戒品复净，重轻故误，一切蠲除；二十奉为法界含识虽未受戒曾闻《梵网》名者供三宝，愿仗良因，同生觉悟，发心秉受如法修持；二十一奉为法界含识虽具梵网真常佛性从不闻此名者供三宝，愿以大慈悲力，不思议力，同体法性真实威力，令从今去，咸闻此微妙法门，正信正解，离三涂，超八难，决登戒品，并事真修，展转诱化，同证菩提。若恶障所缠，不能自拔，昏迷倒惑不能觉悟者，愿三宝究竟大功德智慧慈悲力、阿弥陀佛无边愿力、地藏菩萨勇猛誓力令速觉悟，尽拔苦轮。设其定业，决应受报，愿智旭早生净土，随乘愿轮，普于十方，不可说不可说世界海，阿鼻等狱中，代其受苦，令彼众生，先证菩提。假使法界，唯一众生未成正觉，智旭甘于无量狱代受楚毒，尽一切劫，无厌无疲。智旭今日誓愿，悉同三世佛菩萨所发，悉是一切佛菩萨所加。若智旭无始恶业应堕大苦趣中，神识昏迷，违今日大心大愿大行者，仰望舍那慈父、释迦本师、弥陀愿王、地藏悲母哀我护我，觉悟于我。令于苦中忆今本愿，不舍于苦，而度众生。又愿以今然香发愿功德因缘，令正法重昭于震旦，邪风绝扇于恒沙。持律者洞明持犯，善识开遮；习教者深知义理，了达性修；坐禅者扩悟心源，不遭魔外；念佛者事理圆融，自他不隔。又愿一切法门，人皆通达，永无斗诤坚固之愆，尽革门庭施设之见，念念绍佛祖心灯，法法汇梵网性海，情与无情，同圆种智。
〖灭定业咒坛忏愿文〗
稽首业性如虚空，满分解脱灭障者。
我今持诵秘伽陀，愿灭自他诸定业。
无边福慧互庄严，成就希有胜功德。
见闻随喜发菩提，心地性藏同圆证。
婆伽婆佛陀（妙觉者无上地）摩诃一和沙（无相无垢地）阿诃罗弗（明行足法云地）阿那诃（慧光妙善地）阿尼罗汉（变化生不动地）阿罗汉（过三有远行地）阿那含（薄流现前地）斯陀含（度障难胜地）须陀洹（观明焰地）须陀迦（流照明地）须阿伽一波（道流离垢地）鸠摩罗伽（逆流欢喜地）达磨边伽波罗提弗陀波诃谛师罗叉伽罗叉必佛度阿法必陀必白伽罗昙沙罗罗谛流沙度叉一婆度佛阿度阿诃度沙必度生婆谛度利他度和差度只罗度安尔度伽阿流山迦必阿罗必叉伽阿毗跋毗跋致安婆沙流摩阿流罗伽流谛伽度流伽度
信念进定慧戒向护舍愿，一切菩萨摩诃萨，唯愿大乘三宝若圣若凡，同加护念，同作证明。听智旭今日至心忏悔，满今日广大愿轮，胡跪合掌，沥胆刳肝，作如是白：智旭自迷真性，枉入妄流，随逐无明，增长恶业，无始至今，曾未觉悟。所积罪障无量无边，赖遇《地藏菩萨灭定业咒》，既劝同仁共持十万万，兼复自励专持五百万。十日方便，百日正修，结如法净坛，受一食胜行，仍于道场将毕，默课行法助成，恭然臂香三炷，供法界三宝，仰祈占察坛法早获流通。又念种种定业，由身、口、意三，广造十恶，恶法既成，如弦发箭，势须远到，理无中止。虽大士悲心，真言神力不可思议，亦须新殃永断，方可故愆俱亡。而抚躬内省，惭悚弥增。我实淫机、盗意、杀习未除，云何使人永除身三恶业？我实妄言、绮语、恶口、两舌种现未消，云何使人永消口四恶业？我实贪、嗔、痴起现不停，云何使人永停意三恶毒？呜呼！检点一身浑是短，惊惶半世已成虚。扼腕痛心，号天恸地，更然三炷，深自悔责。亦为法界众生求哀悔过，伏愿从今已后，十恶消，三业净。不造因，不受果；又香一炷，供五台妙峰老师及云栖和尚、憨山师祖、紫柏大师、密藏尊者、一切真善知识，愿以福慧力，同加覆护，令我九华铜殿之愿，速得满足；又香五炷，一为九华二寮持二十万；二为藏橱普塔及助成缁素持二十万；三为听法及结缘众持十万；四为往来流寓持十万；五为某某旧持五十万，及每日《大悲咒》十四遍，今加持真言十万，上五臂香，供养三宝，悉代彼地藏真子，皆绍我地藏愿王；又为沙弥某旧持百万，今加五万，供香一炷，愿令培福寿基，离作辍习，立躬如泰山乔岳，矢志必函干盖坤；又为沙弥（三人）各持五万，供香一炷，愿令从事入理，成就五根，发明五力；向为比丘某每日持三百，十夏为期，及别持悲咒，每日七遍，成器为期；曾为某某各持五十万，今共加持十万，供香一炷，愿某舍攀寻枝叶之习，悟直捷根蒂之功。析义如庖丁解牛，得理如鹅王择乳；某专求己过，毋责人非，知将就苟且难出生死牢关，信驽骀颠蹶不可横超净土，猛策新猷，莫仍故辙；某慎思明辨，沉细精微，痛革浮气粗心，未会先会，专求深造自得，若无若虚，悟文字三昧，似独茧以抽丝，能入理深谈，必敲骨而取髓；又为沙弥某旧持百万，某今持十万，某每日别持悲咒七遍，成器为期。今共加真言五万，供香一炷，愿某折伏贡高，断除我慢，深培福寿，专务思修，省己之短，慕人之长，下学上达，即事炼心；某戒根永固；某籓垣顿剖。又为比丘某某持十万，供香一炷，愿某庄严大藏，速得圆成；某名心雾散，觉意日明，莫念鼻孔撩天，但顾脚跟着地。又为比丘（二十人）持二十万，供香二炷，愿某等烦习永断，荷担正法；某等勤修出要，永离妄因。又为一切禅者、学者、持律者、念佛者、瑜伽者，及邪命云游务农者，絓是着如来衣，现僧伽相，践伽蓝地，冒出家名，尽三天下所有缁流，共持三十万，供香三炷，伏愿狂诞狐禅尽转而为宗说俱通之龙象。钻纸蝇学尽转而为随文入观之狮猊。羺羊戒子尽转而为定共道共之律麟。狼狈莲宗尽转而为猛智慧行之角虎。优倡瑜伽尽转而为三昧授受之神僧。秃头商贾尽转而为六度万行之导主。云游贼住尽转而为头陀胜行之芳标。农事僧民尽转而为法界园田之灵种。又为菩萨优婆塞某日持悲咒七遍，脱难为期。今加真言五万，为某某旧持二十万，某等（列名者五人）今持十万，共供香二炷，愿各增正信，长悔心。乳不与毒同食，福不与罪并行。永作金汤，进趋觉路。又香一炷，供地藏慈尊，将此持咒然香功德，并向为父母及法界有情共持三千万。为一切师友、同学弟子、檀护怨亲知识等，所持若九十万、三百二十万、四十八万等，乃至延生荐亡，悔过除灾，若自为，若为他，所持若多若少，至心散心，又普化缁素持十万万，若化未化、完未完、过、现、未来一切功德，今皆摄取现前，普同回向，深心信解，真言威力不可思议，一一字圆具法界无边功德，一切字亦如是，以此重重无尽不可思议功德威神，令我一切得如所愿，满菩提愿。又香四炷，供法界三宝及地藏大士，求占第三轮相；或依占察法，先悔罪障；或住阿兰若，先修禅定；或著述弘经，先修观智；或植诸善本，行众三昧。恳乞大慈分明指示，令我此生，不致浪死。又三炷供净土三宝，以此功德，悉皆回施法界众生，愿共舍此一期报身，决定同生极乐世界，永离苦因苦果，速证菩提涅槃。
〖陈罪求哀疏〗（戊寅）
稽首大孝能仁父，孝顺为宗梵网经。
地藏目连达孝尊，修证孝慈诸圣众。
今然香炷忏前愆，愿赐慈悲哀拔济。
假名菩萨戒，污道沙弥智旭，泣血稽颡，敬白常寂光土，一体三宝，专恳大慈大悲，俯垂感应。言念罪旭，少年主张理学，妄诋三宝，过犯弥天，应堕无间。然世间忠孝，根于至性，罔敢或忘。后蒙三宝密加，返邪归正，顿发出世心，图其远者大者，祈究竟报我君亲，意谓克期取证，决定无疑。讵料于今十六年，竟成虚度。修行至道，仰弥高而钻弥坚；翦除惑业，根益深而枝益茂。死期将至，初志何成？扼腕抚心，厥罪曷罄。始愿出家后，即能度脱历劫亲缘。今母逝十二年，父亡二十载，而天眼未开，茫然不知生处，是第一大负，负我生恩也；始愿出家后，即能戒律永净，定慧圆明。今根本戒外，违犯多端。杂乱散心，全无正定，名字闻慧，不登五品，是第二大负，负我性灵也；始见假善知识，乱宗门正印，愿出家后，福慧庄严，遍降魔外。今但能自识邪正，而孱无道力，空言何补？是第三大负，负我宗门也；始见末运，僧体日卑，愿以一身，力振其颓。今德薄行荒，不足为人天表率，是第四大负，负我僧相也；始见末运，僧无律行，愿以一身为其倡始。今自检律行，缺误尤甚，不足为他师范，是第五大负，负此名位也；始阅律时，稔知末世种种非法，誓集同志五人，若过五人，如法共住，令如来正法复兴。而自既障深业重，不克与比丘列，复失方便，乖我良朋，是第六大负，负正法轮也；始见外寇猖獗，饥疫洊臻，国政乖张，元气侵蚀，愿修成道力，兴隆正法，默扶皇运。今自救不了，坐视内寇邪魔，付之莫可如何，是第七大负。上负帝主弘护深恩，下负普为众生所发菩提心愿也。呜呼！负兹莫大七罪，复淹淹残喘，九死一生，半体酸楚，已经十有余年。三日恶疟，更缠三年之外，倘地狱前茅邪！抑过恶虽重，而一线菩提愿力，护法苦心，稍感寂光悲智，令转重报于生前，俾轻受邪，展转惭惶，未知攸底，悲形梦寐，叹彻庭闱。仅赖一线心愿未忘，而杯水欲救焚车，益增恐惧。然诸佛诚言，菩提心宝，不可思议。如少金刚能穿大地。少狮乳能彻海乳。一息苟存，敢不痛自努力？今值先严讳日，敬捐衣钵微资，营供常住三宝。然香七炷，忏七大负。复四炷，启请菩萨比丘沙弥（四人）同心修礼慈悲水忏，以此功德专申回向，伏祈钟之凤、暨大莲优婆夷金氏，早敷净土之华，顿悟惟心之旨，惑业冰消于片念，苦轮永断于未来。次祈比丘某深信微尘中之法界经卷，笃志专心求剖出，断除识田内之沉细爱见，刚毅敏达建法幢；某直信观心法门，真发菩提大愿；沙弥某于一切事中，悉见第一义谛，一切时中，不忘无上道心；某入无边无底之法海，超久习久染之凡情。次祈灾乱冰消，邪说鼠窜。皇仁荡荡，佛化旸旸。次祈智旭病苦消除，戒身清净，福德成就，止观圆明，襄盛世皇猷，护如来正法。又复以此功德，普施一切众生，愿尽除一切烦惑罪根，断一切有漏杂业，舍一切生死苦报，离一切恶魔恶友，归一切大乘三宝，见一切诸佛世尊，生一切庄严净土，开般若一切种智，证不可思议解脱，成无上清净法身。如是法界众生，毕获如是究竟胜利益已，智旭乃当克证无上菩提。
〖为如是师六七礼忏疏〗（己卯）
菩萨戒沙弥智旭，一心归命释迦慈父、三世千佛、极乐导师阿弥陀佛，《梵网经·菩萨心地品》、《大佛顶如来密因修证了义诸菩萨万行首棱严经》，千手千眼大悲观世音菩萨、大势至菩萨、清净大海众菩萨、二十五圆通诸大菩萨、大阿罗汉、文殊师利菩萨、金刚藏王菩萨、地藏菩萨摩诃萨及十方三世无穷无尽一切三宝，愿展慈光，同垂哀鉴。伏为菩萨戒比丘道昉身故，虽正念分明，往生可卜，而福慧未满，华开未期，敬邀同行，礼三千佛，恭然臂香六炷，供养千佛，及法界三宝。一者以此礼佛功德，回向道昉，愿乘此心开，于一念中悉见十方三世一切诸佛，得一切时中不忘念法门；二者以今著述《大佛顶经》及前合注《梵网心地》功德，回向道昉，愿无始诸罪悉销熔，所有善根悉圆满，断微细爱根，破人我嗔习，决增上慢水，豁暗钝痴云，戒体圆成，性业与遮业皆净。定力深远，昏昧与掉举并亡。慧性开明，实智与权智齐显。护心善巧，未学与有学等观。乃至得记不越一生，华开不移当念；三者合上功德，代道昉资一切觉灵（列名三代），愿同登净土；四为孝徒某等顶礼三宝，愿永无乖诤之心，不犯狮虫之诫；五为湛然寮中一切檀信顶礼三宝，愿于剃发者作导师想，于染衣者作贤圣想，乃至于诸行童凡足履伽蓝地者，一切皆作未来佛想，确遵十轮严训，长为三宝金汤；六者代道昉转伸酬谢同行某等，愿因忏过而顿显无过之体，因度他而密悟无他之宗，恭惟两土法界圣贤，证明摄受。
〖盂兰盆大斋报恩普度道场总别合疏〗（己卯）
智穷实相，冥法界而融绝千如。悲极无缘，称同体而普摄十界。惟能所之俱寂，乃感应以圆彰。智旭归命祗园教主，大孝大慈之世雄，贝叶传持，即事即理之妙典，启教目连尊者，三乘十圣众僧，愿展慈光，同垂昭鉴。某等建盂兰盆道场（叙昼夜经忏等不录）普供大斋，用飨十方三宝一切僧伽。以此功勋，专伸奉荐，各各七世父母，历代亲缘。若在三涂八难，永脱苦轮，人道天仙，倍增福乐。已育莲台，当下花开见佛。曾奉圣主，速蒙授记度生。又复以此功德，普施法界含识，伏愿竖穷横遍一切众生，若怨亲、若非怨亲，若见闻、若不见闻，以同体法性力故，无缘慈悲誓故，令其皆得妙益，地狱息苦，饿鬼离饥，畜生无惊，修罗舍斗，人免八苦，天脱五衰，二乘出枯寂坑，菩萨拔无明箭。又复以此功德，庄严无上菩提。伏愿竖穷横遍法界含识，不求人天伪乐，亦不希求偏真涅槃；不贪权位因果，亦不别缘事外理性。惟发广大菩提心，速趣究竟等正觉。又复以此功德，当体融入不思议理，伏愿忏文宣处，即作法，即取相，即无生，三障圆消于片念。佛号称时，即假名，即报化，即法身，四德圆显于刹那。于食等者于法亦等，十界同饱醍醐。如行说者亦如说行，教行同归理性。了知自他从来惟一真如，彻悟果因，始终罔非实相。又愿我等，于事事念念中具修如上三种大回向已，所生功德，仰冀四海享太平之休，六合沾出世之化。从今以去，尽于未来，绍隆三宝，使不断绝。弘通大乘，令无壅蔽，折摄无私，慈威并运，于善不善，平等济度，日照海纳，地载天涵，情与无情，同圆种智。
灵峰蕅益大师宗论卷第一之三