初序分二初引四句明大綱
諸惡莫作。眾善奉行。自淨其意。是諸佛教。
自此已下，是此書之別文。初段，為本部之總綱，敘全書之起要，即序分也；下十章，為正宗分；末後數行為流通分。初︰諸惡莫作等四句，包括此一部止觀，並且賅羅一代之佛法；三藏十二部經，無不于此包括殆盡。此四句，文淺義深；諸惡莫作，即是止；眾善奉行，即是觀；自淨其意，即是止觀不二，止觀不二，即是諸佛之聖教，于佛法中，最為切要。無論學何宗、學何法，倘能依此而行，即名學佛。否則諸惡仍要作，眾善不奉行，縱有聰智明達，精研三藏，亦是入海算沙，于佛法上，毫不相應，終成佛法中之外道耳！
然諸惡二字，須分眉目，惡法雖多，約有十種︰所謂身三、口四、意三；身則殺、盜、淫，口則兩舌、惡口、妄言、綺語，意則貪、嗔、痴，如是行者，則名為諸惡。若身不造殺、盜、淫，意不起貪、嗔、痴，口不綺語、兩舌、妄言、惡口，此之謂︰諸惡莫作；再言之，將已生之惡令滅，未生之惡令不生，然後稱之謂諸惡莫作，方可以謂之學佛。所謂守口攝意身莫犯，即此義也。此為消極方面言，乃佛法之初步。由此進言之，不特諸惡莫作，而且眾善奉行；不但不殺生，而且放生；不但不偷盜，而且進行布施；不但不邪淫，而且修梵行；不但不惡口、兩舌、妄言、綺語，而且言柔軟、和合、真實等語；不但不起貪、嗔、痴心，而且起布施、慈悲、智慧之心。諸惡莫作，止十善，即是消極；同時眾善奉行，行十善，即是積極。即消極成積極，然後自利利他，救己救世，方可謂真學佛者之初步。故此二句言之最易，行之極難，所謂三歲孩童都識得，八十老翁行不得。能諸惡莫作，則意地安靖，不顛倒、不妄狂；能眾善奉行，則心地光明磊落，心平氣和，柔軟善順，而不粗暴，是謂自淨其意。
然諸惡莫作、眾善奉行之二句，義理幽深，自淨其意一句，徹性徹相，義賅一切，理通大小。何謂自淨其意？吾等眾生，凡一舉一動，所做所為，念念起于執著，如一布施，即謂我為能施，彼為所施，中為所施之物，三輪之體未空，憎愛之心難忘，思量分別，是非憎愛，即見思煩惱。六道凡夫，迷于真空之理，妄起分別，即見煩惱；對一切逆順境界，起貪嗔憎愛，即思煩惱；由此起惑造業，以有漏因，感有漏果，故知縱行世間十善，心念著有，未淨其意，皆有漏法也！若修觀練薰修之無漏止，將見思煩惱消除，即可謂諸惡莫作，進修生滅四諦慧、無漏戒定慧、能成生空智，真空慧現前，是可謂之眾善奉行。是知有漏之善，若心生染著，報盡還墜，終不能逃脫生死之樊籠，故亦是惡。如是世間十惡，有漏十善，皆是見思二惑之惡所攝，皆摒棄而不作。能不著相，則世間十善，當然須奉行，乃至無漏戒定慧，一切諸善，更須精進奉行。自淨其意者，將心中之有漏見思妄想掃盡，觀一切法，當體即空；凡所有相，皆是虛妄，不復執滯于有，即是諸佛之無漏教。