已說<立義分>，次說<解釋分>。解釋有三種。雲何為三？一者顯示正義，二者對治邪執，三者分別發趣道相。
【字義】所謂“顯示正義”，即顯示大乘法義的正確的義理。所謂“對治邪執”，即斥破並治療邪解異說。所謂“分別發趣道相”，道，梵語為菩提，新譯為覺，即智慧，即佛果。發是發心，趣是趣向，即正確的方向。相是相狀，言菩薩中有利鈍，故趣向佛果時有種種相狀。分別即說明，即向佛果之道而發心，說明進趨的相狀之意。故所謂“分別發趣道相”，可解作分別發趣于道之相。
【要義】前已說畢<立義分>，今續說<解釋分>，說時須分三段。
在<立義分>中，已揭示本論的大綱，用以說明一心、二門、三大的要義。今舉<解釋分>，欲更詳細地說明此等法義。前文是略釋略論。現在是廣釋廣論。廣釋須分三段，一是顯示正義，即就大乘的法義詳細指示一心、二門、三大的正義。二是對治邪執，即就顯示正義，而驅除所生的邪解異說，愈益發揮真正的義理。三是分別發趣道相，使正解分明，更應如何才能進趣于佛果菩提之道，乃說明其順序過程。前二者是理論的，後一者是實踐的。又，前二者的理論中，多數依照破邪顯正的順序，現在則依照顯正破邪的次第。因為這是承接前面的<立義分>的，所以先提出正義的說明。
一、真如和生滅
顯示正義者，依一心法有二種門。雲何為二？一者心真如門，二者心生滅門。是二種門皆各總攝一切法。此義雲何？以是二門不相離故。
【字義】所謂“依一心法”，如<立義分>中已出，意思是在眾生所具有的一心之法上。一心者，前已反復說過，所謂一，決不是與二、三相對的數字之意，如《筆削記》中所說，為欲顯示不二，強名為一，但並非數字之一，乃顯示絕對之意，即指絕對惟一的本體。以此托付吾等眾生，故曰眾生的一心。
所謂“心真如門”、“心生滅門”，二者都有心字，乃表示一體的兩面觀。即從真如絕對的方面觀看一心，和從生滅現象的方面觀看一心，乃一體的兩義。所謂真如者，真實如常之意，表示非虛偽、非變化之物，可名為絕對實體。所謂生滅者，乃有因緣則生，缺因緣則滅之意，表示宇宙萬象的變化，可名為相對萬有。門字有區別和通入兩義，真如絕對一味平等方面，區別于生滅相對現象差別方面。又，真如和生滅互相通入，由真如入生滅，變成流轉；由生滅入真如，變成還滅；出入自在，故名為門。“各總攝一切法”者，一切法是指宇宙森羅萬有；總攝者，一塵一毛不遺地攝取全部。真如門中也悉數攝盡一切萬有，生滅門中也悉數攝盡萬有，因此曰各攝。“二門不相離”者，乃言真如門不離生滅門，生滅門不離真如門。故攝生滅門于真如門，攝真如門于生滅門，即互攝之義。
【要義】在一心之法上開真如和生滅二門，更指示其關系，為顯示正義的總標。
首先，顯示正義時，揭示總標之文，即就大乘法體的眾生的一心觀察，打開兩面，其一是從絕對方面觀看一心的真如門，其二是從相對方面觀看一心的生滅門。無論從那一方面觀看，都攝盡一切萬有，無所缺少。蓋就真如的通相方面觀看，真如是宇宙萬有的本體，故萬有無不悉數融攝于真如中。猶如說到土時，攝盡土瓶、飯碗、茶壺、磁盆等一切土器。又就生滅的別相方面觀看，生滅統領宇宙萬象的因緣差別法，故萬象無不悉數該攝于生滅之中，猶如說到陶器時，攝盡土瓶、飯碗、茶壺、磁盆。如此攝盡一切諸法于二門中，實因真如和生滅二門不相離之故。即真如為體，生滅為相。舉真如之體時，不離生滅之相；舉生滅之相時，不離真如之體。猶如土和陶器，離土即無陶器，離陶器即無土也。
【詳義】關于真如和生滅的關系論，雖然可作種種方面的研究，但古來最多用的，是不一不異的說明法。所謂不一，是把真如和生滅分別說明的形式，真如是宇宙的本體，生滅是宇宙的現象。就真如本體而言，是絕對平等，不變獨立的，是不和合、不生滅的。從時間說，是無窮的；從空間說，是無邊的，完全是超絕吾人的認識的。就生滅現象而言，是相對差別，是變易依立、和合生滅。從時間說，生滅不止；從空間說，差別無限。然而不能說完全超絕吾人的認識。如此將真如和生滅劃然區別而觀察，叫做不一門。好比把大海分別為水和波，又好比站在陶器店的門前，把一切物件看成土，又看成磁瓶、飯碗等器皿。其次，所謂不異，雖然也把真如和生滅分開，其實並非真如本體之外，還有生滅現象，生滅現象之外還有真如本體。真如即生滅，生滅即真如。水之外無波，波之外無水；離土無陶器，離陶器無土。把真如和生滅作為同體無別而觀察，叫做不異門。更把不一和不異約言之，用真如不變之義和生滅起動之義來說明不一。又，用真如不變之義和生滅體空之義來說明真如之外無生滅；用真如隨緣之義、生滅表象之義來說明生滅之外無真如，即不異。又，不一和不異，其言雖如沖突，但不一是就義而說有別，不異是就體而說無別，故毫無矛盾之處。今揭示《義記》中所載關于不一、不異的說明如下︰
二、離言真如
以下，是把真、生二門分開，而說其中的真如門。又把這真如門分開，成為離言真如和依言真如二者。其中所謂離言真如，是說真如之為物，乃宇宙之本體，故是不可知、不可說之物，實為離言絕慮的境界。這是消極的說明。實在、真理的極致，是不能用口說、不能用筆寫的，是完全超越言說思想的東西。“如有人問︰‘真如為何物？’，答言︰‘墨繪中松風之音’。”不能形容，其終極不外乎沉默耳。有人問維摩居士︰“不二法門即真如乎？”默然杜口，可謂意味甚深。因為這不是三寸口舌的境界，乃嚴肅的修養所能達到的範域。
心真如者，即是一法界大總相法門體。所謂心性不生不滅。
【字義】所謂“心真如者”，是承接<立義分>中“是心真如相，即示摩訶衍體故”之文，以下廣釋真如門。
所謂“一法界”，一是說無二，是絕對。法是說宇宙間的萬象。界字有體性、差別、原因的三義，現在是原因之義。要之，意思是說絕對無二的一心，是一切諸法的第一原因，所謂“一法界”，畢竟就是一心。所謂“大總相”，總相是異于生滅的別相，真如限于通一切諸法方面，故曰總相。然此總相盡攝別相，故加一大字，曰“大總相”。所謂“法門體”，因為一法界即一心，全體是生滅門，全體是真如門，故為一切萬法之體。所謂“心性不生不滅”，乃言一心的相中可有變化，但其體性無論怎樣悟，也不是新生之物，無論怎樣迷，也不是滅沒之物。
【要義】今為說明離言真如，先述真如之大要。
所謂真如，是怎樣的東西呢？有總相平等和別相差別兩方面，今屬于總相平等方面，但此總相攝盡一切別相，故特加一大字，叫做大總相。然此真如乃真如絕對界和生滅相對界的一切法門的實體。然則從何處求這真如呢？答曰︰不須求之于高處，不須求之于遠處，吾等眾生所具有的一心，即是此物。可知這一心中的體性是不生不滅的，故悟亦不增，迷亦不滅。
一切諸法惟依妄念而有差別。若離心念(校者按︰心念，《大正藏》所據《麗藏》作妄念)則無一切境界之相。
【字義】“妄念”即虛妄的心念，即吾等眾生日日夜夜生起的分別心。所謂“心念”，即虛妄的念頭。所謂“一切境界之相”，是宇宙間的諸現象，即心的對象物。
【要義】就前文的心性不生不滅，解說惑的妄見。
前文說，心性是不生不滅的，絕對平等的。然縱觀宇宙間森羅萬象，雜然紛陳，毫無絕對平等之狀。試看，空間中有山川、草木、禽獸、蟲魚雜然存在，時間中有春、夏、秋、冬四時的變遷，一刻也不停止。宇宙間沒有一物是不生不滅、絕對平等的。于是有人懷疑地問︰“然則何以說絕對平等呢？”答曰︰“一切諸法惟依妄念而有差別。”即如惑者所論，一切萬有的現象，只是吾等眾生的妄念、妄情所造出來的幻影而已。猶如戴藍眼鏡看時，天地間事物盡呈藍色。吾人戴了妄念、妄情的眼鏡而觀看宇宙萬有，因此不能捕捉其真相，而所見的盡是雜然紛然的差別相。
然猶有不能無疑者︰現在吾等一般地認識差別的相狀，誰也不懷疑它。然則宇宙之相，究竟是絕對不二的，還是有差別的？尚有不明白之處。若說不能無疑，則答曰︰“若離心念，則無一切境界之相。”若離虛妄的心念，則以前映于我心的幻影的一切差別相，便隱然地滅沒其影跡。猶似除去藍眼鏡，則天地間一切事物盡皆失去藍色的影跡，其理一也。況諸聖者已離妄念、妄情，故看不見一切差別的境界。是差別的境界，而欲成為真相，故聖者愈多認識差別的相狀。可知沒有此事，差別相便非宇宙的真相。因此可說，真如乃極度的絕對平等之物，其體性是不生不滅的。
是故一切法從本已來，離言說相，離名字相，離心緣相，畢竟平等，無有變異，不可破壞，惟是一心，故名真如。
【字義】“離言說相”者，用無論怎樣的言說聲音都不適當。“離名字相”者，用無論怎樣的文句名目都不能形容。“離心緣相”者，用無論怎樣的思考形式都不能捕捉。“畢竟平等”者，無論何處，一味平等。真如在佛並不增多，在眾生並不減少。“無有變異”者，從時間上說來，沒有變異生滅之事。“不可破壞”者，和有為生滅法的可破壞者不同。
【要義】更說真如的離絕妄念分別。
如上所說，為一切諸法的本體的真如之中，無有差別相狀。是故一切諸法的本體，本來無論怎樣說述，無論怎樣命名，無論怎樣思索，都不適用。絕言說，離名字，超越思慮，所謂言亡慮絕者也。這三句可說是解釋真如的“真”字的何則？言說、名字、心緣三者，都是虛妄的，離此虛妄，即為真實故也。故真如之為物，言亡慮絕，不得用口，不得用筆，畢竟一味平等，無有生滅變化，因此不能和可破壞的有為生滅法同日而論。此三句顯示常住不變之意，相當于如常之義，故可說是解釋真如的“如”字的。要之，宇宙萬有的一切諸法的體是何物？不外此一心耳。此一心如此真實而如常，故名為真如。
以一切言說，假名無實，但隨妄念，不可得故，言真如者亦無有相。
【字義】“假名無實”者，是假設的名目，決不是實體之意。“隨妄念”者，即由虛妄分別附設的名目。“不可得”者，不可能獲得其實體也。
“無有相”者，相有名相和相狀二義。說名相時，乃僅說其名。例如說家，說倉，都是假設之名。真如亦然，也是假設之名。說相狀時，乃言宇宙的本體的真如之中，絲毫沒有如吾等妄念別上所浮現的相。故此時當然連真如這名字也除去。
【要義】此文乃解釋對前文之疑。前文說，真如不可說、不可知，是言亡慮絕的，然而也名之為真如，甚是矛盾。因有此疑慮，故今重說。吾人現在所用的言語或說明，都是假設的名目，非有實體的。因為這只是隨著吾人的虛偽的妄念妄情而附設的名目，故決不能捕捉其實體。例如說水，說火，原是假設的。說火，不能燒，說水，不能解渴。今說真如，也不過是假設的名相，毫無吾人所想那樣的相狀。然則在言亡慮絕的言下命名為真如，也決不是前後矛盾的。
謂言說之極，因言遣言。
【要義】再行切實說明、可名為真如之理。
宇宙的本體是不可知、不可說的，是亡言絕慮的極致，無論用何名目，都不能捕捉其真相，則勉強名之為真如。雖說用其他名稱亦無不可，但決不然，“真如”二字實為許多名稱中最適當者，除此以外，別無可用的名稱，故可稱之為言語的極致。“真”字表示除去虛妄，“如”字表示不變，適于標榜本體也。
雖然既是無論何種適當合致的名稱也決不能捕捉其真相，則當初就完全不附名稱可也，何苦附名稱呢？但若不附名稱，則或言甲，或言乙，或言某某，無有底止了。在劇場中，觀客說東說西，喧囂不止之時，發一柝聲，或叫一聲“靜！”便全場肅靜無聲。于今亦然，宣言一聲“真如”，可使群盲之喧聲靜止。故曰用真如這一言來排除其他一切言。但用真如這一言來否定了一切言，而獲得宇宙本體的真相，則真如這一言也不可不否定。若再執著此言，則不如沒有此言。好比劇場中眾聲已止，劇已開幕，何必還要連發柝聲，連喊“靜”呢。又好比用手指指點月亮，及既看到了玲瓏的月亮，手指便無用了。至此便達到離言的極致。
此真如體無有可遣，以一切法悉皆真故。亦無可立，以一切法皆同如故。
【要義】這一段示名相和本體的關系，以說明離言真如。
看見前文中說真如的名和相要除去，因而以為連真如的體也是虛無的，這便陷于空見，是決不然的。因此現在要加以解釋，說明虛妄分別的名和相雖然要除去，但真如的本體原是隱然地實在的，所以決不可除去。何則？因為從無漏清淨的妙智觀察起來，宇宙萬有的一切法悉皆真實故也。然而听說真如的本體是實在的，因而以為完全是別的存在，當然是不可以的。無有以妄情固執者，因為一切諸法都是離妄情的“如”，這便是觀心釋，是從實踐方面說的。
又可從真生二門的關系上觀看。即不可用真如平等之體來否定生滅差別的一切法。因為生滅差別的一切法，畢竟沒有自性，猶如千波萬浪只是一種海水，悉皆是真如故也。由此可知真如之外無生滅，亦無站在生滅法之外的真如。因為一切生滅差別之法，都同是真如故也。即上兩句確定真如之外無生滅，下兩句確定生滅之外無真如。結局是指示真如、生滅二門的不異，可說是顯現絕對的真如本性。
當知一切法不可說不可念，故名為真如。
【要義】結束以前所說離言絕慮，指示離言真如。
重復說明，為一切諸法的本體的真如，是不可說的，故為離言；是不可念的，故為絕慮。這是心思和言語都決絕的、不可知的境界，只是勉強名之為真如而已。
問曰︰若如是義者，諸眾生等雲何隨順而得入？答曰︰若知一切法雖說，無有能說可說；雖念，亦無能念可念，是名隨順，若離于念，名為得入。
【字義】“隨順得入”者，隨順是方便觀，得入是正觀。所謂正觀，是說用無漏清淨的智慧來體達于真如。這是地上菩薩的能離分別而行真修之處。所謂方便觀，是達到正觀的預備的加行，是說有幾分近于真如之本體。這是地前三賢的菩薩的尚未離去分別的緣修。“能說可說”者，與能說所說相同。能說是指說明方面的言語文字等，可說是指被說明之物的品質。“能念可念”者，與能念所念相同。能念是主觀的知識分別，可念是客觀的對象。
【要義】是離言真如，則已超越言語思考。既如此，如何實踐躬行而體達之呢？不能無疑，故用問答解決之。
問︰倘是離言說、絕分別之物，則有言語、有分別心的諸眾生等，如何能隨順接近這真如，更進而能得入證真呢？答曰︰所謂離言說、絕分別者，是說遠離吾等眾生的我他、彼此的情執。因此，雖終日說述萬法，但沒有情執所能說的言語文字，也沒有被說明之物的品質；雖終夜想念萬法，但情執的主觀和客觀都沒有。這就是方便觀，名為隨順于真如。如此漸漸積集修養功夫，終于舍去一切情執，而達于真如之域。這就是正觀，得入于真如。所謂離言真如，畢竟不外乎此。故離言絕慮，乃體達的方法，是儼然地存在的。
三、依言真如
真如門中的離言真如，既已說明完畢。其次，為什麼要說依言真如？是因為真如雖然本來是離言絕慮之物，但倘認為是不可知不說之物，杜口默默，則吾等眾生無由知之，終無信解之苦、期，不能發揮自己所有的珍寶。于是有假借言說來作積極的說明的必要。有此說明，才能 解真如為何物。勉強用言語來說明不可說的真如，便是依言真如。要在一張白紙上畫一只白鷺，或一片雪景，因為無法表出而就此作罷，決不是好辦法。于是用墨汁巧妙地烘托，白鷺或雪景就活現于紙上。現在也是如此，巧妙地借用言語來說明，真如就仿佛出現在眼前。但當然是不可執著于言語的。
復次，此真如者，依言說分別，有二種義。雲何為二？一者，如實空，以能究竟顯實故。二者，如實不空，以有自體具足無漏性功德故。
【要義】說明依言真如，分為如實空和如實不空二種。
真如本來是不可知、不可說的，是離言絕慮的，但假借言語來說明，可有二種義相。其一是如實空。所謂如實，即真如；所謂空，是使妄染成空，不是說真如的本體空無，乃言真如上毫無虛妄分別，故能將妄染盡行除去，使之光明赫赫，毫無黑暗存在的真如的實體就顯現出來。這樣真如中就沒有妄染，故名為如實空。其二是如實不空，真如之中，與空同時有不空之義。即除去妄染，真如的本體就活躍地顯現，然亦是真如本來的性質及屬性，具足大智慧光明等的功德，故名為如實不空。
如實空、如實不空，又名為空真如、不空真如。然如實空因為傾向否定妄染的方面，故可說是消極的說明；如實不空因為傾向有自體有屬性的方面，故可說是積極的說明。禪宗用“本來無一物”來說明空之義，同時又說“無一物處無盡藏，有花有月有樓台”，用以表示不空之義。現在所說的空、不空，可說恰當于此。
所言空者，從本已來一切染法不相應故。謂離一切法差別之相，以無虛妄心念故。
【要義】在廣泛說述空真如中，先略示空的意味。
此處所謂空，是如何意味？真如超絕一切妄染不相應，故名為空。詳言之，妄法之為物，根基于能分別的妄心和所分別的妄境，換言之，根基于區別主觀和客觀的兩方面。然真如之為物，是除棄分別，超絕主觀客觀的，故這無分別、無主客的方面稱為空。即從客觀方面看來，真如也是平等無差別的，更無一切妄染的差別相；從主觀方面看來，也毫無像吾等眾生的妄念分別，故名為空。又，若從另一方面解釋，一切妄法，其體如何呢？畢竟是無體的。然真如是有體的。無體之物對有體之物，焉有相應之義？即一切差別的妄境，都是浮現于虛妄的心念上的相狀。然此虛妄的心念，本來不是實際存在，故妄境亦無存在之理。因此妄法之物，不相應于真如。如上所述，妄法沒有能所、主客，也沒有體，不能相應于真如，其理自明。因此名為空。
當知真如自性，非有相，非無相。非非有相，非非無相。非有無俱相。非一相，非異相。非非一相，非非異相。非一異俱相。乃至總說，依一切眾生以有妄心，念念分別，皆不相應，故說為空。若離妄心，實無可空故。
【要義】更廣泛地說述真如的離去差別相。即吾等的思考是妄，真如離妄，用妄念來思考，無論如何皆非。以此意結合空字之義。
須知真如自己的體性是離妄的，故無論如何運用思考，也毫無合致。吾人思考的形式雖然千差萬別，畢竟只是有無即實在不實在的見解，和一異即平等差別的見解。故用此形式來對付真如時，把真如想作有相(實在)，非也；想作無相(不實在)，亦非也；分別為非有相非無相(否定實在，同時否定不實在)，亦非也；認為亦有相亦無相(肯定實在，同時肯定不實在)，亦非也。又次，認為一相平等，非也；認為異相差別，亦非也；分別為非一非異，亦非也；亦一亦異，亦非也。如此，有無雙非雙亦，一異雙非雙亦。即使用吾人思考上所有一切形式來思考，沒有一種可適合的。即使累積千言萬語，從積極方面或從消極方面，皆非也。何則？因為吾等眾生的思考分別，都不外乎虛妄的迷心。戴了這妄心的有色眼鏡，二六時中常常逞分別，焉能契合于真如的真相呢。即在真如面前，無論怎樣的思考分別都無用，完全是空的，無的。故就此離妄而說真如之空。然若離去妄心的分別時，真如自己的體性本來是無可空的。
所言不空者，已顯法體空無妄故，即是真心。常恆不變，淨法滿足，則名不空，亦無有相可取，以離念境界，惟證相應故。
【字義】“常恆不變，淨法滿足”者，據《義記》說，分為常、恆、不變、淨法四者。有二釋，一釋根據《寶性論》，順次配合不生、不死、不老、不病四者。二釋順次配合常、樂、我、淨的四德。又，根據《筆削記》第三(七丁)之意，在過去不生，故為常；在未來不滅，故為恆；在現在不衰變，故為不變。在時間方面，表示真如的體性亙三世常恆不變；在空間方面，是淨法滿足，在真如中，顯示大智慧光明等的淨法圓滿具足。
【要義】既說空真如，次說不空真如。在這里，不空的意義如何？答曰︰在空真如的一節中，已曾說明，真如的法體，掃除一切妄法，完全是離妄的。如此掃除妄法的密雲，真心的本來面目便活躍，如天中皓月玲瓏顯現。然其德相是常，是恆，是不變，是淨法圓滿具足。因些積極地名為不空。雖因淨法滿足，故名為不空，但也決不是吾人妄情分別上浮現狀的相狀。何則？超絕吾人的妄情分別的真如離念的境界，是只能和積集策修之功、完全打破迷妄的無分別智(即證智)相應的境界。
【詳義】把一心分為真生二門，真如門為絕對界，生滅門為相對界。說明真如絕對界時，分為離言和依言二者。這離言和依言二者，其體本來是一心真如，並非別物，只是一物的兩面觀，不過是同一真如的說明。然則如何異其說明？前文已略述其大要，今且比較對照，可分為理論和觀行。就理論方面說，離言真如完全離去言說，故可說是實說。又因真妄不相對，淨染不相對，直接說明實體，故可說是絕對的說明。又因如此直接舉示實體，故可說是真如的出體釋。反之，依言真如依靠言說，故可說是假說。又因真妄相對，染淨相對，說真說淨，故可說是相對的說明。又因如此說明妄空之理，說明淨法滿足之旨，故可說是真如義相釋。其次，就觀行說，《義記》中以離言為觀智之境，依言為生信之境。即離言為真如的實況實說，非妄念的分別之所，只有完全掃除妄念的無漏清淨的智慧能夠體達，故稱為觀智之境。又，依言是說妄空之理，發起滅妄之心，使能立行，顯示淨法滿足之旨，發生愛樂之心，使能起信，以誘導眾生為主眼，故名為生信之境。
四、阿黎耶識
即已說畢宇宙絕對無差別的本體又實體的真如門，現在更進一步，續說宇宙的相對差別的現象生滅門。此生滅門中，主要地闡明的︰第一是生滅之心，第二是生滅的因緣，第三是生滅之相，第四是燻習之義，第五是三大的說明。此中前四者，相當于<立義分>中的所謂法，後一者相當于<立義分>中的所謂義。然在生滅之心的一節中，已示明生滅心之體和相，並舉示阿黎耶識之名。其次說此識中有覺和不覺兩義，其次說覺分為本覺和始覺，其次說不覺中分為根本和枝末，最後說明覺、不覺的同異。故今說述阿黎耶識。
心生滅者，依如來藏故有生滅心，所謂不生不滅，與生滅和合，非一非異，名為阿黎耶識。
【字義】所謂“心生滅者”，承接<立義分>中“是心生滅因緣相，能示摩訶衍自體相用故”之文，廣泛地解釋生滅門。所謂“如來藏”者，<立義分>中已說明其大要，乃存在于吾等眾生的妄心中的真如，即生滅現象的本體。因此如來藏之名，只在<立義分>中出現一次，在真如門中完全沒有，惟限用于生滅門中。所謂“生滅心”，即生滅現象，分別八識時相當于前七識。“不生不滅”者，即真如，即如來藏。所謂“和合，非一非異”，和合並非兩別體相合之意，乃言和與一相異的一方相和合。非一，乃言其義相別。非異，乃言其體不相別。所謂“阿黎耶識”，是真如一轉而為生滅心的名稱。阿黎耶是梵語，真諦三藏直譯之為無沒，新譯家玄奘三藏意譯之為藏。無沒和藏，意味同一。種子即開發宇宙萬有的勢力，悉數藏在此識中，毫無沒失。分別八識時相當于第八識。
【要義】以下將廣泛地說明生滅門，先指示生滅心的體和相和名。
在真如門中，既已指示吾等眾生的一心上，具有絕對平等之相。以下就說在生滅門中，其一心上具有相對差別之相。先論其大體︰生滅心之體，是如來藏真如，就是說，因于如來藏真如，故有生滅心的現象差別界。此處所謂因，並非說真如有不生滅心和生滅心兩別體。我們說因父母而有子，因地而有草木時，二者雖有別體，但現在好比是說因水而有波，如來藏真如不生不滅心自己活動而出現，成為現象差別的生滅心。詳言之，靜的真如不生滅心，被無明的緣所動，于是成為動的生滅心。好比湛湛的水，由于風的緣，卷起千波萬浪，不生滅和生滅心，水和波，決不是別體。靜止和活動，只是其義相異。因此說到其相，不生滅和生滅相和合，具有非一非異的關系。即不生滅真如的本體，自己活動而出現，成為生滅差別的現象。所以真如本體之外，沒有生滅現象；生滅現象之外，沒有真如本體。好比水之外無波，波之外無水，完全是非異的關系。這是就體而論的。然水和波，與靜和動相異，不生滅是千古萬古不易的真如本體，生滅是時時刻刻變化不止的差別現象界，故完全是非一的關系。這是就義而論的。如此不生滅和生滅，因有一和異的關系，故名為和合，並非二物相合之意。如此不生滅和生滅相和合，發生非一非異的關系，名為出發點，名為阿黎耶識，即不生滅的真如一轉的地位。此識二轉，三轉，四轉，五轉，千變萬化，而呈宇宙的諸現象。以上所述，略言之，如來藏真如一轉，成為阿黎耶識；阿黎耶識二轉三轉，漸漸由細變成粗，顯出生滅差別的現相。這就是《起信論》名為真如緣起論、或如來藏緣起論的根本起點。
【詳義】如上所述，如來藏真如一轉而成為阿黎耶識，阿黎耶識二轉，三轉，千變萬化而呈生滅差別的現相。這其實是豎的時間的緣起的看法。此時如來藏是阿黎耶識的體，阿黎耶識是如來藏的相。阿黎耶識是生滅現象的體，生滅現象是阿黎耶識的相。如此，如來藏和黎耶和生滅法，次第別立，稱之為別的黎耶。但從橫的、空間的、實相的方面看來，生滅現象界無一不是阿黎耶識，即阿黎耶中包含著如來藏和生滅法。好比大海是黎耶，此大海中有水有波，水好比如來藏，波好比生滅法。如此，如來藏和生滅法並不別立，皆藏于黎耶識中，稱之為總黎耶。如此，別的黎耶和總的黎耶，即緣起論和實相論的兩面看法，何以言之？著眼于依如來藏的依字，則為依他起的法，可說完全是緣起論。倘著眼于藏字，則可說實相論。若教天台家解釋此文，必然說道︰圓教的行者著眼于藏之一字，由此可達實相性具的生滅；別教的行者著眼于依之一字，以為法中有能依、所依，故可看作但理隨緣的緣起。如此，雖然豎的緣起論與橫的實相論共存，二者當然絲毫不能相離，但現在《起信論》的主要點，在于豎的緣起論，是顯然的事。其次，舊譯家把阿黎耶的原語譯為無沒，新譯家的玄奘三藏則用阿賴耶的原語，或譯為藏字，此事前文已曾說明。現在把他比較一下，首先，《起信論》的阿黎耶識是真妄和合，非唯真，亦非唯妄。菩提流支譯的《世親十地經論》，以阿黎耶為唯真；玄奘的《成唯識論》，以阿賴耶為唯妄。故更詳細地說，唯識的阿賴耶是依他起性的生滅法。雖可說是根據圓成實性的真如的，但不說從真如緣起，即毫不帶有不生滅真如的性質，全然作為有為生滅法中之物。因此《成唯識論》中說，恆轉如暴流，這就是說有為生滅法像急流那樣時時刻刻流動，恆常不止。這是限于有為生滅法的一方面，故不出生滅差別的相對界的範圍。即使提倡萬法唯識，以阿賴耶為宇宙開發的第一原因，但因沒有不生滅絕對的性質，畢竟是各自門戶的唯識，可說是相對的唯心論。反之，《起信論》的阿黎耶，是真妄和合的識，故宇宙開發的第一原因是如來藏，阿黎耶為第二原因，此識中具有不生滅絕對的性質和生滅相對的性質，故在生滅相對的一方面，雖然像是相對的唯心論，但論其根底時，具有不生滅絕對的性質，故可說是絕對的唯心論。《起信論》之所以為徹底的緣起論，原因實存于此。講到其由來的理由如何，則因為《起信論》在真如上建立不變、隨緣二義，由于真如隨緣之義，建立真如隨緣為作諸法。雖說宇宙萬有的開發，但唯識論不認識真如中有隨緣之義，只從不變的一方面說，真如成為凝然不作諸法，不作為萬有開發的第一原因，雖然如此，至于阿賴耶在生滅相對界中的詳細的說明，則以唯識論為可珍。
五、覺不覺
阿黎耶識是不生滅與生滅相和合，有非一非異的關系，是真妄和合的識。因此在時間上是不生滅，在空間上具有絕對的真的方面。同時，在時間上是生滅，在空間上具有相對的妄的方面。因此在此識中，具有覺、不覺的兩義。即所謂覺者，是不生滅絕對的真如清淨之義；所謂不覺者，是生滅相對的無明妄法之義。然則何以不說此識中有真如、生滅的兩義，而說有覺、不覺的兩義呢？因為真如和覺，在品質上並無何等差異，只是置在絕對界時和置在相對界時，因其位置而異其名稱耳。詳言之，真如原來和一心同是絕對界的名稱，故主要地限用于真如門；反之，現在是論述生滅相對界，故對于具有迷或暗的意味的相對的名稱，用覺這個相對的名稱。故可知所謂覺者，是表明生滅相對界中的本體的意味的用語。
此識有二種義，能攝一切法，生一切法。雲何為二？一者覺義，二者不覺義。
【要義】開示阿黎耶識中有覺和不覺兩義。
這阿黎耶識中，具有覺和不覺兩種義相。所謂覺者，是覺照、覺察、覺明，乃明的智慧之用，即畢竟真如是也。所謂不覺者，與之相反，是隱覆明的智慧的暗之用，即畢竟無明是也。其實無論何物，都有覺的、明 的作用，和不覺的、黑暗的作用。譬如燈火，有明的方面，同時有暗的方面。今阿黎耶識中也具有覺和不覺的兩義。阿黎耶中何故具有覺之義？如前所說，不生滅之法與生滅相和合，具有非一非異的關系，此實為阿黎耶識，故此識當然是由真如不生滅而顯現的，因此具有覺之義。好比由土制成的陶器，具有土的性質；由黃金制成的器具，具有黃金的性質。同理，阿黎耶識雖然是生滅的迷心，但論其本體，不外乎具有大智慧光明等的功德。但今乃生滅相對界中之物，故不用真如之名，而言具有覺之義。又，所謂阿黎耶識中具有不覺之義者，如前所說，阿黎耶識是不生滅的真如被生滅的妄法所動而發生的，故當然具有不覺之義。雖具有此兩義，但是生滅的迷心，故不覺的黑暗面顯現于外表，而覺的光明面隱沒于內部。阿黎耶識中具有覺和不覺的兩義，故可用覺之義攝取真如本體的絕對界，用不覺之義攝取生滅現象的相對界，因此能攝取一切法。但前文說明真生二門各總攝一切法，與此大不相同，不可輕輕看過。即在真生二門，真如門中也盡攝絕對、相對，生滅門中也盡攝絕對、相對，但現在不同，覺中攝絕對，不覺中攝相對也。這是什麼理由呢？乃因現在單說生滅法中存在的兩義，故對于真生二門其意義甚狹故也。
阿黎耶識中有能攝之義，又有能生一切法的能生之義。原來在真如中，有能攝之義，而無能生之義，真如被無明妄法所動而成為阿黎職識。其中具有開始發生萬有之義。何則？因為此識中，具有覺和不覺的兩義，故生出迷悟、染淨、向上向下流轉還滅的諸法。這就是說，如果覺的力強大，則清淨的、覺的氣息燻陶于不覺中，消滅不覺的妄，成為悟界清淨的、向上的發展，從聲聞、緣覺、菩薩更進，遂至顯現無上涅��的佛果，還歸于一心的本源，故名之為還滅門。又，如果不覺之力強大，則不清靜的不覺的氣息燻陶于覺中，成為迷界污染的、向下的墮落，出現地獄、餓鬼、畜生、修羅、人、天的境界，遂至六道輪回，故名之為流轉門。如此出生悟界生滅的現象，和迷界生滅的現象，開發緣起宇宙萬有。說明根本的起點，如何由一心真如開發宇宙萬有，對真如緣起，即如來藏緣起作根本的說明，都可根據阿黎耶識中具有覺、不覺兩義之理。
六、本覺始覺
阿黎耶識中有覺和不覺兩義。其中的覺分為本覺和始覺。所謂本覺，是作為吾人本來的自性而具有的覺體。所謂始覺，乃由于策勵修養之功而顯現大智慧光明等的功德的本覺。然則始和本，原來是不二的，不外乎一體的兩義。故可以說，本覺之外無始覺，始覺之外無本覺。然就義而區別起來，本覺是體，始覺是用；本覺是先天的固有的性德，始覺是後天的人為的修德；本覺生始覺，故是能生方面，始覺是所生方面；本覺由于始覺而顯現，故是所顯方面，始覺是能顯方面。倘就位置而論，在迷界稱為本覺，在悟界稱為始覺。即本覺是在纏的真如，始覺是出纏的真如。始覺原是從初發心到究竟位的總稱，但現在且限于究竟位，作為悟界的、出纏的而論。
所言覺義者，謂心體離念。離念相者，等虛空界，無所不遍，法界一相，即是如來平等法身。依此法身說名本覺。
【字義】所謂“心體”，是生滅心即阿黎耶識的本體的真如。所謂“虛空界”，是指空間。此中有周遍和無差別二義。所謂“法界一相”，是絕對平等，無差別之義。所謂“如來平等法身”，是如來所證的平等無差別的法身。法身是說理智不二的覺體，一言以蔽之，是出纏的真如。
【要義】覺有本覺和始覺，今說本覺。阿黎耶識中有覺和不覺。覺之義如何？乃言生滅黎耶的本體的真如本覺，雖存于生滅心中，但完全脫離妄念。即雖然日日夜夜生起妄念分別，但其心體毫不玷污。故說明心體離念的義相時，可說等于虛空界。虛空有兩義︰一是周遍之義，言虛空無不到之所。現在的本覺也是十方三世的凡聖無不遍在。二是無差別之義，言虛空在無論何處無不同一。現在的本覺也是法界平等一味之相，迷悟染淨、在纏出纏都無何等差異，此體此相即是如來所證平等無差別的法身覺體。此法身覺體並非到達如來方始發生的，迷界的吾等眾生也本來有之。因此名之為本覺。
【詳義】如來所證的平等無差別的法身覺體，迷界的吾等眾生也一樣具有。如此說來，難道吾等眾生都具有可成如來的因德，而指此因德為如來法身麼？或者，出纏的如來法身就是吾等眾生的迷心中所存在之物麼？于此不能無疑。答曰︰如前者指為因德，乃終教位的說法；如後者指為果相，乃圓教位的說法。賢首大師的《探玄記》（十九丁）中說︰終教中只有因性，沒有果相；圓教中說眾生心中的果相，即此是也。今《起信論》雖含有兩義，但其主要面是終教位的因德說，即對本覺說始覺，指示策修之義。這是可以首肯的。
其次，與此相關聯，古來有本覺斷、始覺斷的兩說。本覺斷之說是這樣︰本覺本來斷妄法，本來成佛，更無可斷的妄法，也不需要修養。始覺斷之說是這樣︰雖有本覺，但因已被妄法所隱覆，故非更積集修養之功以斷妄法不可。關于這點，海東元曉的《疏》中兩說並舉︰賢首大師的《義記》中提出始覺斷之說；清涼大師說本覺斷。這華嚴的賢、涼二祖，何故其說相異呢？這完全是因為，賢首大師依據緣起建立的法相，且表示終教位；清涼大師則欲對抗禪宗，故依據性起起入的行相，表示頓教位。即在華嚴的根本義的圓教中，圓滿具足緣起、性起二門。此中抽出緣起的一門，降下一段而說述的，是終教；抽出性起的一門，降下一段而說述的，是頓教。故賢、涼二祖的說法，外表雖然似乎相異，其根本義毫不相異。只是由于是時代思潮的要求和化道的風格，其方面相異而已。今從《起信論》的立場上看來，是終教位的始覺斷，可以無疑。
何以故？本覺義者，對始覺義說。以始覺者，即同本覺。
【要義】前文中冒頭說覺，末了結束為本覺，今示其理由。
若問“何以故”，這問中含有兩種疑義︰一者，前文冒頭說覺，末了結束為本覺，何以故？回答的便是上一句︰“本覺之義乃對始覺之義而說。”即在同是覺，其中也有發心修行、改過遷善、終于到達大智慧光明之域的始覺之義。這意思是，作為本來自性而具有的覺體，名之為本覺。二者，是質問︰“冒頭說的覺，何不當初就稱為本覺呢？”回答的便是下一句︰“因為始覺與本覺相同。”蓋欲發心修行，洗滌諸塵垢，到達大智慧光明的始覺，全在顯現本覺固有的性德，始覺本覺完全融合，成為平等一相的始本不二的覺體。因此冒頭處標榜覺。
始覺義者，依本覺故，而有不覺，依不覺故，說有始覺。
【要義】已略說本覺，其次略說始覺。
本覺之義，已盡述其大要。然則始覺之義如何？所以有始覺者，真如本覺隨無明之緣而動出，于是成為不覺的妄念而出現。正為了有本覺，所以產生不覺。若無本覺，不覺的妄念無由出生。所以說“依本覺，故而有不覺”。譬如水觸寒氣而成冰，因有水，故生冰；若無水，則冰無由生。故可同樣地說；依水故而有冰。
然本覺非死物，乃活物。所謂內燻力，即具有由內部打破不覺的妄念的作用。故有微覺，厭生死，求涅��，加強策勵修養，掃除不覺的妄念，漸漸接近于光明界，到底還歸，與本覺合同。這完全是為了有不覺，才發生對治這不覺的始覺。若無不覺，便無發生對治它的始覺的作用之理。故曰︰“依不覺，故說有始覺。”好比冰融化為水，冰的本性本來是水，所以自有欲融的性質，即內燻力，終于融化而成為原來的水。
要之，由于本覺，故發生不覺的妄念，遂呈迷界流轉的現象。由于有不覺，故發生打破它的始覺，遂呈悟界還滅的現象。不覺的妄念全部對治完畢之後，始覺便停止其作用，還歸于本覺之體，成為始末不二。成為始本不二，則不但本覺、始覺的名稱廢止，連相對的覺的名稱也廢止，終于顯現惟一絕對的無上涅��的境界。
七、始覺的四位
始覺是由本覺之體生起的作用，漸漸掃除不覺的妄法，顯出沒有一點陰雲的本覺之德。則其間必有無量的階級差等。今大致把它分別為究竟覺和非究竟覺二者。所謂究竟覺，猶似玲瓏的滿月，即所謂全分的覺。反之，所謂非究竟覺，猶似未曾圓滿的初三月或半月，即所謂部分的覺。此非究竟更分之為三，合成內凡覺、相似覺、隨分覺、究竟覺的四者。(參照<序論>中的“法數配當圖”)。
又以覺心源故，名究竟覺。不覺心源故，非究竟覺。
【字義】所謂心源，《義記》中有二釋︰一者，真妄相對，“心”是妄心，“源”是真如，即所謂心源者，乃妄心的、本源的真如。二者，粗細相對，“心”是粗，“源”是細。此所謂粗細，乃下文的三細六粗，以業識為細，其他二細六粗盡皆為粗。即所謂心源者，乃妄心的、本源的阿黎耶識。《筆削記》中更設別釋，說心是一心，即一切諸法的本源，故心源即真如。
【要義】始覺大別為二，即究竟覺與非究竟覺。
始覺中雖有無量的階級等差，但大別之，不外乎究竟覺與非究竟覺二者。此二者用什麼來區別呢？依據對心源的覺否而異，即覺心源的的名為究竟覺，不覺心源的名為非究竟覺。心源是吾等眾生的迷心所由起的本源，此本源要之不外乎真如或阿黎耶識。倘是真如，則覺之，為能證的智慧；倘是阿黎耶識，則覺之，為能斷的智慧。無論其為何者，都是斷破不覺的迷心，覺悟迷心的本源。因滿，果成，既已毫無可斷破的迷心，成為始末不二，便是究竟覺。這是如來佛陀的境界。然發心修行，漸次斷破不覺的迷心，若存一點迷心，即元品的無明，即是未覺本源，故為非究竟覺。這是等覺金剛喻定以下的境界。
此義雲何？如凡夫人覺知前念起惡故，能止後念令其不起。雖復名覺，即是不覺故。
【要義】始覺的四位中，第一位說內凡覺。內凡覺之名，論文中雖無之，但今為便宜，就能觀之人而命名。
依據對心源的覺與否，而區別為究竟覺與非究竟覺二種。既已分定，還須詳說︰第一位凡夫人，既十信位內凡之位，如吾等眾生，尚未入十信位的外凡，不信善惡因果的道理，自造惡業，雖不覺察，然到了十信內凡之位，知惡為惡，知惡業必有惡報，故鑒既往，慎將來，其後念中已止滅惡業，不使新起，這是覺滅相。因其已止滅惡業，對以前的外凡是覺，但未知惡業無性之理，又因僅滅惡業，尚未覺知惡業之因的煩惱，故對覺仍為不覺。蓋所謂不覺，即煩惱也。對後位也是不覺。其次的第二位亦然，對第一位雖是覺，但對第二位是不覺。第三位亦然。第四位的金剛心亦然，對第三位雖是覺，但對佛果是不覺。
如二乘觀智、初發意菩薩等，覺于念異，念無異相，以舍粗分別執著相故，名相似覺。
【要義】始覺的四位中，今說第二位的相似覺。
第二位是二乘三賢之位。詳言之，聲聞、緣覺的二乘，是用小乘的觀法的智慧的。又，所謂初發意，是十住的初位；所謂等，是十住、十行、十回向，總稱地前三賢的菩薩。菩薩的階級，以十信以前為外凡，此為邪定聚；以十信內為內凡，此為不定聚。以十住、十行、十回向為三賢，以十地為十聖，以初住以上為正定聚，而將十地的滿位第十地的最後心的金剛心別用，作為等覺位；以究竟位為妙覺。天台家設等覺位；華嚴家則以不別開等覺位為通規，然往往有說述等覺位之處，這是依據他家的一般的釋義。
在二乘三賢的位中，覺乃染妄念中的異相，即覺察到沒有妄念自性，故脫離執著于事事物物的我他彼此的我執的異相。即完全脫離粗分別，即粗的轉化彼此的我執，以及執著相，即從我執產生的名相等，能朦朧地覺得真如，故名相似覺。
如法身菩薩等，覺于念住，念無住相，以離分別粗念相故，名隨分覺。
【要義】始覺的四位中，今說第三位隨分覺。
第三位是從初地到九地的菩薩。所謂法身菩薩者，因十地的菩薩盡皆按分證得法身真如之理，故曰法身菩薩。今此法身限于初地，用等字包攝二地以上。地上的菩薩覺到妄念中的住相，故脫離心外有實法的法執，念中無有住相。這便脫離分別粗念相，即法執，故名為隨分覺。所謂隨分覺，因為每一地更深證得真如的真相，故名。
如菩薩地盡，滿足方便，一念相應，覺心初起，心無初相，以遠離微細念故，得見心性。心即常住，名究竟覺。
【要義】始覺四位中，今說第四位究竟覺。
到達了菩薩的因地盡頭的第十地的滿心，即金剛心所謂等覺之位，已圓滿具足到達佛果的因位的方便階梯，始覺最後的一念能與本覺相應，根本無明動搖真如本覺，覺到成為阿黎耶識的初起，心中沒有初相，即生相，即迷妄之相。這是滅卻生相，遠離細微的初起的妄念，故得見心性，即一心真如的本性。即動全歸于靜，始覺全歸于本覺，成為動靜一如，始本不二，心性完全常住不變，故名之為究竟覺。
【詳義】把始覺的四位配合在生住異滅的四相上。如前已述，原來所謂生住異滅的四相，是說明俱舍、唯識的性相家所常談的、有為法變遷、暫不止住的無常轉變之相。但現在不用此意義，只是說斷絕不覺的妄法時，為欲標明從粗到細的順序，當作一種記號應用而已。即以滅相為最粗，次第經過異相、住相，以生相為最細。然斷滅妄法煩惱時，粗強的煩惱是劣弱的智慧，細微的煩惱，在優勝的智慧上斷滅。這是佛教斷惑的常規。那麼，現在也是粗強的滅相在內凡的劣弱的智慧上斷破，異相在二乘三賢的智慧上斷破，住相在地上菩薩的智慧上斷破，最細微的根本無明的生相在金剛心的最勝的智慧上斷破的。
是故修多羅說︰若有眾生能觀無念者，則為向佛智故。
【要義】引證經語，總結證明始覺的四位。
所謂修多羅，《淨影疏》中說是《楞加經》。真如毫不存妄念，故為無念。然眾生是有念的，有念動亂起來，宛如卷起千波萬浪，峰巒沒影，不能捕捉事物之真相。無念之境則不然，宛如海神鎮怒，漣波不起，一碧湛然，倒影清晰，萬有的真相畢現。眾生本來是有念的，雖然不得無念，但得觀無念。觀無念的智，是隨順佛果的無念，即到達佛果的智。這也是舉示因人能觀的無念，使證知佛陀果上的無念。
又心起者，無有初相可知，而言知初相者，即謂無念。
【要義】前文說究竟覺時，曾釋覺心初起之文。《淨影疏》中以此一段為經說。
始覺的智慧漸漸增進，而達其極點，在等覺金剛心上覺到心的初起，決不是能覺知心初動出時的初相，即生相，而言覺到心的初起，是什麼緣故呢？答曰︰“言知初相，即為無念。”所謂知初相，非謂有可知的初相而知覺之。知道沒有初相的妄念，叫做知初相。既知沒有初相的妄念，則已毫無妄念，即無念也。好比暗夜看到有狼蹲踞而感恐怖，東方既白，方知是一木椿時，狼的妄念已不存在，就完全變成無念。
是故一切眾生不名為覺，以從本來念念相續，未曾離念，故說無始無明。
【要義】指示只有佛是覺，等覺金剛以下，皆有不覺之失。
如前所說，覺到妄心初起時，始成無念。這是佛陀的境界。因此之故，除佛以外的一切眾生，即等覺金剛心以下，盡是不覺。不知何時開始，念念相續不絕，未曾暫離妄念，完全是有念的境界。而此妄念與不覺，是不能說何時開始的，故名為無始的無名。關于無始，《義記》中有二釋︰一釋，關于粗細，無明是最細的，故沒有從這無明開始之物，所以名為無始。二釋，關于真妄，真如是本來存在的，是無始的。無明的妄法是依據真如的，故無明亦無始，故曰無始。
若得無念者，則知心相生住異滅，以無念等故。
【要義】前文指示不覺之失，此處說覺之得。
若到佛陀的境界，毫無妄念，成為無念，則浮于一切眾生的妄心有念之上，能明 地知覺生住異滅的相狀，有如諸相映于鏡中。這無念的佛陀得知眾生有念之相狀，其理如何？若非無念與有念完全乖異，則不能無疑。答曰︰眾生之有念，從法體上看來，本來是無念，只是眾生誤認其為有念而已。佛陀則不然，把有念的妄法達觀地看作無體，故有念即無念也。有念與無念本來平等，故由佛陀的眼光看來，知有念為有念，得見四相宛然。
而實無有始覺之異，以四相俱時而有，皆無自立，本來平等，同一覺故。
【要義】以上詳說始覺，至此則指示始本無二，只有一覺，以結束始覺的一段。
以上指示始覺的四相。但若真欲達到無念之境，則須知始覺與本覺相一致，故始覺中無有四相之差異。在迷的期間，認知四相劃然存在，但四相本是不覺之妄法，畢竟是無體，只是浮現于靜的本體上的動的作用。然則動就是靜，四相都是時有時無。因是別體，故無自立之理。本來動靜平等，始本無差別，只有絕對同等的始覺本體，則始覺又有何異。
《圓覺經》中說︰“眾生本來成佛，生死涅��猶如昨夢”。蓋從悟界無念的見地上達觀起來，眾生本來成佛，並非始成，始本完全同體一如。人們至今尚在迷界有念之境，說生死，說涅��，發生厭離欣求之念，悟迷差別，這些人都無異于昨夜之夢。眾生有念的境界，其實可說完全與處在夢中相等。其策勵修行以期佛果者，好比夢中溺水，掉動手足，欲達彼岸。夢醒之後，始知是夢，在夢中安能知其為夢。如今亦然，長夜夢醒，始知昨夜之夢。于是真正悟得本來成佛，生死即涅��，始本不二，及絕對無差別的覺體。然則在因位的迷界中策修的人，究有何等意義呢？策修豈非全屬徒勞麼？答曰︰不然，夢中欲達彼岸而掉動手足，大喊救命，終于得到夢醒。與此相同，迷界中的策修，其結果終于覺到本來成佛，動靜一如，生死即涅��，始本不二。可知策修不可忽視。觀始覺的四相，達于無念，知此與始覺無異。但吾等眾生在迷的境界中，四相本來隱然存在。故用勤勉努力來打破不覺的妄法，是必要的。豈宜玩弄悠閑日月哉。
八、隨染本覺
覺的義中，分為始覺和本覺。關于始覺的說明已畢，以後當說明本覺。本覺可分為二，一者隨染本覺，二者性淨本覺是也。所謂隨染本覺，是從作用的點上說明本覺。換言之，是就始覺的智慧打破妄染的作用上顯示本覺的體相。故對妄染加以說明，因為真如本覺是絕對平等清淨的本體，非言語紙筆所能及，故只能對妄染加以說明也。好比欲顯示明月的皓皓，須借一片雲來作陪，說到絕無一點縴雲時，方始能說出明月的真相。今對妄染說，其勢不得不依據始覺而說。故雖然似乎與始覺無區別，但必須記住，其主意實乃在于本覺。
復次，本覺隨染分別，生二種相，與彼本覺不相舍離。雲何為二？一者，智淨相，二者，不思議業相。
【要義】說明隨染本覺時，須分智淨相及不思議業相二者。
復次，本覺的體相隨妄染而分別時，發生二種相。所謂生，並非新生，不外乎本覺的顯現，暫將顯之義稱為生耳。然此二種相，全無異于始覺的作用。始覺不離本覺，故此二種相與本覺不相離舍。此二種相如何？一曰智淨相，二曰不思議業相是也。所謂智淨相，智即始覺的智慧，淨是本覺的自性清淨心。即向來被不覺的妄染所掩覆的本覺，今因始覺的智慧而掃除其妄染，恢復其本來清淨之相。所謂不思議業相，乃言始覺達于極點，妄染全部掃除，發揮本覺固有的性德，適應萬機的感見，顯現利他的大用。譬如被黑雲掩覆的三五之夜的明月，今將黑雲漸漸掃除，發揮玲瓏皓月的本來面目，正好比作智淨相。如此，發散朗朗的光輝，河海山谷大地無不照明，萬水無不映出其影，普利萬物，正好比作不思議業相。
智淨相者，謂依法力燻習，如實修行，滿足方便故，破和合識相，滅相續心相，顯現法身，智淳淨故。
【要義】說智淨相時，初明因位修行的次第，後示果位中的智斷二德。
所謂智淨相者，詳言之，先在地前三位上作法力燻習。所謂法力燻習，乃真如本覺從內激發的內燻，和從佛菩薩等的教法教化引導的外燻是也。由于此內外二燻而從事修養，積集功德；其次，至于地上位，作如實修行，作適當于真如之理的修行；最後，至于等覺金剛心，滿足了因位修行的方便，于是愈益到達于果位，斷破真妄和合的阿黎耶識中的生滅的妄相，此時又能斷滅無始以來相續的業、轉、現等染心的妄相，即破除阿黎耶識中的生滅相，因而顯現不生滅法身的本覺，滅卻業、轉、現等染心相續的妄相，因此報身始覺的智慧淳一不雜，獲得離垢清淨。要之，隨染本覺之體，終于還歸于一心的本源，成為淳淨的圓智，顯現報身始覺之義。說果位時雖有斷智二德，但主要是限于智德，名為智淨相。
此義雲何？以一切心識之相，皆是無明，無明之相，不離覺性，非可壞，非不可壞。如大海水因風波動，水相風相不相舍離，而水非動性，若風止滅，動相則滅，濕性不壞故。如是，眾生自性清淨心，因無明風動。心與無明俱無形相，不相舍離。而心非動性，若無明滅，相續則滅，智性不壞故。
【要義】對真妄的關系有疑問。解答中用法和喻，分三段說明。
前文陳述，不生滅真如全體起動而成為生滅心。然對于生滅心滅時不生滅的真如心亦滅之理，即真妄同體的一點，尚有懷疑，故解答之曰︰“一切心識之相，皆是無明。”一切心識之相，換言之，即業轉現等三細六粗的染心，盡皆是從不覺無明顯現的，雖可以滅，然不生滅真如的覺體是不可滅的。這是用非一門之義來解答。再問︰識相皆是無明，故可滅，然真如覺體不滅，則離真如覺體，另有無明存在麼？這是在真妄別體的點上懷疑。解答之曰︰“無明之相，不離性覺。”即此等諸識無明之相，不是離開隨染本覺的體性而另行存在的。這是依據非異門之體而作解答。其次，加以結束，就非異門之體而言，倘沒有無明別體，則非可壞；關于非一門之義，則用真妄差別來說明無明非不可壞。
用譬喻來說，好比水波的關系︰大海之水因風而動，而成為波(好比真如因無明而成為諸識)。此時水相(濕性)和風相(波)毫不舍離(好比真妄相依之體的非異)，而水的本性是靜的，決非動的(好比真如不變)，因此風的緣倘止滅了，波動之相即滅。然水的濕性隱然存在，毫不可壞(好比妄止真顯。)
前文中法和喻分別而言，今合說之。眾生本來具有的自性清淨心，即真如本覺的海水，遇到了不覺無明的風，變成一切諸識妄染的波。自性清淨心和無明的關系如何呢？自性清淨心活動起來，完全顯示無明之相，故自性清淨心之外沒有無明的形相，無明之外沒有自性清淨心的形相。二者完全不相舍離，是非異的。這宛如水和波的關系。然心體要求水的靜止狀態，非可動的性質，故雖然根本無明的風止息了，同時業轉現等的妄染相續之波消滅了，但自性清淨心即本覺的智性毫不破壞。這宛如怒濤狂瀾雖已靜止了，但水的濕性毫無何等變化。
不思議業相者，以依智淨，能作一切勝妙境界。所謂無量功德之相，常無斷絕，隨眾生根，自然相應，種種而現，得利益故。
【要義】隨染本覺中有二種相，其中的智淨相已經說畢，今續說不思議相。所謂不思議者，以前述的智淨相為體，給與眾生攝化的大益。即依于智．淨相而斷破無明，顯現法身，能為眾生變成六根所緣的境界。應眼根而示現三十二相、八十種好等微妙之色，對耳根而出現四辯八音的妙音聲，為鼻根而使嗅得清淨的妙香，為舌根而賦與甚妙的法味，為身根使感到三昧的妙觸，為意根而使知解微妙的深法等，變出一切勝妙的境界。換言之，即變出眾生信仰的對象。這信仰的對象，不外乎報化二身。這報化二身在橫的方面圓滿具足無量功德之相，在豎的方面貫穿三世，無始無終，永不斷絕。何以故？因為眾生無盡，故報化二身的化益也無斷絕，隨眾生的根機，而或成報身，或成化身，示現種種變化，賦與根機相應的利益。
【詳義】佛陀利他的化用，無有斷絕，無始無終——關于這點有疑問。即因智淨相而顯現法身，方始現示報化二身，發生眾生化益的大用，盡未來際無有斷絕，則可說無終，但不可說無始，此意雲何？關于這點，《義記》中有二釋︰初義與《海東疏》同一，其意是說，佛陀現在的一念，貫通過現未三世，具有化益過去無始以來的眾生的業用。後義是賢首大師的自義，其意是說，本覺是無始以來的實在，但同時發生真如內燻的業用，故可說始覺的智用實為無始。且始本完全不二，不外乎如來佛陀。故言報化二身的化用無始，有何不可？
復次，把以上說明的智淨相和不思議業相比較起來，可見種種的區別關系。賢首大師的《別記》中，最簡單地立五重區別而說明，一為體用別，二為二利別，三為二智別，四為本末別，五為因緣別是也。此種意義，讀者想必都能了解，故不另加說明，只有圖表如下。今在此五重之外，又附加三身別的一義。關于□報身佛，分為自受用和他受用二者，乃唯識法相宗之義。在《起信論》的終教，是不分的，但為便宜起見，暫且分之。
九、性淨本覺
說明本覺時，分隨染本覺和性淨本覺二者。隨染本覺已說明完畢，今續說性淨本覺。所謂性淨本覺，妄染不相對，直接表示真如本覺的體相。即其體相本來自性清淨，有無限業用。比方作虛空和淨鏡，從四種方面說明，一者空鏡，二者不空鏡，三者淨鏡，四者受用鏡是也。
復次，覺體相者，有四種大義，與虛空等，猶如淨鏡。
【要義】說性淨本覺時，須先述四種義相。
性淨本覺的性乃自性，淨乃清淨。即所謂性淨本覺，是本來自性清淨的。說此義時，有四種大義相。原來真如本覺的覺體是離言絕慮的，故不能說明。但虛空和淨鏡的兩比喻中，各有四義，故取此比喻，使知真如本覺中有四種義相。今在進入本文之前，當先說明其大要。
(一)如實空鏡(空鏡)。虛空之中，元來一物也不存在，淨鏡之中，元來形影也無。與此相等，真如本覺之中，一點妄染也沒有。
(二)因燻習鏡(不空鏡)。虛空之中一物也沒有，故能顯現萬象。淨鏡之中形影也沒有，故淨穢悉能映現。與此相等，真如本覺之中，一點妄染也沒有，故能受無明的妄燻，而顯現一切諸法的幻影，又給無明以淨燻，具有顯現無漏清淨功德的內燻力。
(三)法出離鏡(淨鏡)。掃除充塞在虛空中的事物，則虛空之為虛空愈益顯明。磨去淨鏡中存在的塵垢，則鏡之為鏡愈益顯明。與此相等，真如本覺掃除一切無明妄染，則八面玲瓏，發揮本來的大智慧光明。
(四)緣燻習鏡(受用鏡)，虛空中若無一點縴雲，則日月懸于天空，普照山河大地。淨鏡中不存秋毫塵垢，則可普遍映現萬象。與此相等，真如本覺也欲發揮大智慧光明等之德，遂起利他的大用，普照一切眾生，成為外緣，發起大菩提心，以救濟之。
比較虛空和淨鏡二喻，說明真如本覺的四義，然論文中何以專就淨鏡的一喻而論，則因淨鏡便于顯義故也。
雲何為四？一者如實空鏡，遠離一切心境界相，無法可現，非覺照義故。
【要義】第一，說如實空鏡。所謂如實，即真如也。在這真如本覺中，無明的妄法本來一點也沒有，全是空無。即真如本覺的自體中，喜怒哀樂等能緣的心相，青黃赤白長短方圓等所緣的鏡相，以及一切主觀客觀的相，盡皆遠離。如此遠離能所主客的妄法，故此等妄法一點也不顯現于真如本覺之上。因非覺照之義故也。怎麼叫做非覺照之義呢？《義記》中有二義︰一者，以妄念看望真如本覺，情執遠離真理，故妄念沒有覺照真如本覺的功能，因此真如本覺中無有顯現妄念的可能。二者，以真如本覺看望妄法，妄法本是無體之物，不是可覺照的物體。蓋真智可覺照真境，龜毛兔角那樣的妄法，非能覺照真智者。好比空華映于病眼之前，但不能映于健全的眼中。如此從消極的妄空的點上說明真如本覺，即為如實空鏡。
二者，因燻習鏡，謂如實不空，一切世間境界，悉于中現，不出不入，不失不壞，常住一心，以一切法即真實性故。
又一切染法所不能染，智體不動，具足無漏燻眾生故。
【要義】次說因燻習鏡。所謂因，乃顯現萬有的原因。所謂燻習，乃言真如本覺存在吾等眾生，從內燻發。所謂鏡，是比喻，一點妄染也沒有，故能映現一切萬有。真如本覺因無一點妄染，故為空。然其體覺儼然存在，具有本來無漏的性功德，故為不空。真如本覺中雖無妄染，但並非沒有體覺，故一切世間森羅萬象，悉顯現于真如本覺之中，宛如淨鏡之映現萬象。然萬象的顯現，有待于真如本覺自性的無明的燻習，沒有無明之緣，不能出現，故曰不出。又，無明在真如本覺之外沒有體，不是從外而入的，故曰不入。既不是從內出，又不是從外入，然而緣起的萬象顯現，並不是無，故曰不失。如此顯現的緣起的諸法，無異于真如，其體非別有存在。好比鏡中的影像，全無異于鏡，故刃不能傷。分毫不可破壞，故曰不壞。如此宛然顯現的萬象緣起的諸法，要之，不離真如本覺。從這點上觀察起來，本來常住，可說是絕對平等的一心。因為一切緣起的諸法，其體全然不外乎真如本覺，更無別體的存在也。
真如本覺中，有因之義和燻習之義。起初是萬象之因，後來是內燻的因。既已陳述真如本覺為萬象之因，其次再須陳述真如本覺有燻習之義。
真如本覺顯現萬象，既如上述，能現出一切世間妄染諸法，但真如本覺的自體，絕不因此等一切染法而受污染。宛如淨鏡能映現穢物，但不因穢物而污損鏡台。映現穢物越是清楚，反而顯示淨鏡之所以為淨鏡。何則？智體不動，即真如本覺的自體，古往今來，常住不變。加之無垢清淨而具足無漏的性功德，常能為內燻之因，從內面燻發眾生，厭生死，求涅��故也。要之，真如本覺，不但不為萬象染污法而受污，反而成為內燻之因，成為燻淨的源泉。
三者，法出離鏡，謂不空法，出煩惱礙、智礙，離和合相，淳淨明故。
【要義】第三，說法出離鏡。所謂法，乃言真如本覺的法體。所謂出離，乃言脫離煩惱、所知二障。所謂鏡，乃言為塵垢掩覆，磨治洗滌後依舊光彩陸離。這是說真如不空的法體，雖為從來的無明妄法所掩覆，但由于始覺的策勵修養，而脫出煩惱礙三細六粗的染心，即煩惱障，和智礙三細六粗的所依的無明，即所知障。離去和合相，即不生滅和生滅相和合的阿黎耶識的雜相，叫做法出離鏡。因為離去和合的雜相，故曰淳；因無染心，故曰淨；無無明，故曰明。
四者，緣燻習鏡，謂依法出離故，遍照眾生之心，令修善根，隨念示現故。
【要義】第四，說緣燻習鏡。所謂緣，乃言眾生發心修行的外緣。所謂燻習，乃外燻習，即成為信仰的對象，使從外面燻發。所謂鏡，比方淨鏡懸于高台，萬象無不盡照。由于前面的法出離，離去了三細六粗的染心及無明，故能遍照眾生的心，適應並憶念眾生萬差的根機，因而顯現種種的身和種種的法。使一切眾生修習善根功德。如此，眾生成為可以生起發心修行的始覺的智，即所謂緣燻習也。
【詳義】性淨本覺的義，要之，第一，真如本覺其自體是不可言、絕思慮的，是消極的說明，即能言乃妄法空無。第二，真如本覺假言說來說明，自體隱然實在，成為諸法緣起之因，是積極的說明，即使吾等眾生開悟的內因。第三，真如本覺若離無明妄法，到達悟界，是自利的說明，即八面玲瓏、光彩陸離，發放崇高清麗的光輝。第四，真如本覺達到玲瓏如玉的悟界，盡行映現萬差的根機。于是發起救濟的大悲，成為信仰的對象，成為使一切眾生發起善根功德的外因，是利他的說明。更概括地比較此四義︰第一是妄空，是消極的說明；第二是不空，是積極的說明；第三是體，是自利的說明；第四是用，是利他的說明。而第一與第三比較，第一是性德，是先天的；第三是修顯，是後天的。又，第二與第四比較，第二是內燻，是個人的；第四是外燻，是萬人的。又，第一、第二是體，是自性的；第三、第四是相，是離垢淨。賢首大師稱前二義為在纏的有垢真如，後二義為出纏的無垢真如。今圖表之如下︰
其次，前隨染本覺中所說智淨相與不思議業相，和現在所說法出離與緣燻習相似。即智淨相仿佛是法出離，不思義業相仿佛是緣燻習。其間有何等區別呢？《義記》中曾有詳細說明，即前二者限于隨染，乃就始覺而言；此二者限于自性，乃就法體而言。換言之，前二者限于能證的智，此二者限于所證的境。所以前者說智，說業；今者說法，說緣。雖有如此之差別，但其體只是始覺，即本覺，絕對平等的真如覺體。
一 、根本不覺
生滅心的阿黎耶識中，有覺和不覺兩義。覺之義已說畢，以下續說不覺之義。此處所謂不覺，即無明，即沒有把真如看作真如的明智，卻執著于妄法的不明的心。猶如覺有本覺和始覺，今不覺無明也分為根本不覺和枝末不覺。換言之，即根本無明與枝末無明是也。根本和枝末的分別如何？答曰︰所謂根本不覺，是迷真的無明，是對于真而言的。所謂枝末不覺，是執妄的無明，乃執著于妄。所謂迷真的無明，是不知真如為真如的迷，好比不知東方為東方。所謂執妄的無明，乃言不知真如為真如的根本無明之心起動之時，成為阿黎耶識的迷心，隨著漸漸惹起幾多的迷妄執著，因此發生種種煩惱，造成業障，招致生死的苦果。約言之，是執妄以為實，猶如執東以為西，執南以為北。根本與枝末雖有如此之差別，但猶如始覺與本覺暫時差別而本來不二，此二者並非其體別。故《義記》中末(九丁)中說︰“因無明而成妄心(根本無明)，因妄心而起無明(根本無明)。”同中末(十五丁)又說︰“因似生迷(枝末無明)，因迷起似(枝末無明)，二義一時，說有前後。”因此二者不但有別，乃一念同時起動，不前不後，只是說時有前後耳。蓋無明妄法雖然本來無體，但今欲暫且假借體相關系而論述，使其理可以判明。即根本無明為體，枝末無明為相，有體之處必有相，有相之處必有體，乃必然之理。體相須臾不可離，本上垂下末來，末歸結于本。此無異于說明迷界緣起之時區別之為粗細前後。
所言不覺義者，謂不如實知真如法一故，不覺心起而有其念。念無自相，不離本覺。
【要義】說根本不覺即根本無明時，先示其義，次說枝末之相，後述離覺無不覺。
所謂不覺之義，乃言不知如實真如的法一。蓋真如之理法，乃絕對平等的惟一相，而非差別相對之法。因此倘不了解真如平等惟一相，則為無明智，此即根本無明。好比不知東之為東，迷于方向。故不知真如之為真如，即不覺無明，此實為根本無明。還須知道，有不知真如者，卻非發起根本無明者。其次，所謂相，乃起妄，由于不了解真如的理法絕對平等惟一相，于是發生不覺無明的妄念，以至引起業相、見相等三細六粗的念相。好比不知東之為東，因而執著于西、南、北的邪方向。此實為枝末無明。但現在是要說明根本無明，何以又說枝末無明呢？答曰︰迷真起妄，乃一體的兩用。雖然同是妄念，但由于對真或對妄，暫時分別為根本與枝末耳。有了迷真，起妄必然隨從。故說明迷真的根本無明時，為欲指示其義的究竟，須述起妄的枝末無明。主要是欲使知道迷真的根本無明。然而妄念本來無體，故無有自己的體相。因此離本覺，無不覺的妄念。好比離正方無有邪方，離水無有波。
猶如迷人，依方故迷。若離于方，則無有迷。眾生亦爾依覺故迷。若離覺性，則無不覺。
【要義】就離覺無不覺之義，作法喻合說。前文言妄念無自相，不離本覺。因此今舉比喻。正因為有了東南西北的方向，于是使那些旅人誤解東方為西方，而迷失路途。若離東的方向，便決無誤解為西之理。又，因水而有波，若離水，便無波。今眾生亦然。正因為有真如本覺，于是發生不知真如為真如的不覺之迷。若離真如本覺的體性，不覺之迷便無發生之理。
以有不覺妄想心，故能知名義，為說真覺。若離不覺之心，則無真覺自相可說。
【要義】因有不覺，故知真覺的存在。真覺具有等待不覺之義。吾等眾生皆有情，故有不覺的妄想心。然因有此心，故能知道所謂真如的名目，又知道體相用三大的義理。此欲辨別真如本覺之為何物，欲用策勵修行來顯現它。但那些木石一般的非情物，因為本來沒有不覺的妄想心，故無論怎樣說述，也不知真如本覺的名義，沒有顯現它的由因。《義記》中說明這一點，言“妄中有起淨之功”。其次，真如本覺是絕對平等惟一相，若不借用相對差別的不覺妄想之心，無法說明真如本覺的自相。故《義記》中說︰“真有待妄之義”，實因真和妄的關系，猶美和丑的關系。有丑故顯美，美因有丑而更美。
一一、枝末不覺
前言根本不覺乃迷真的無明，是對真的迷心；枝末不覺乃執妄的無明，是對妄的迷心。然二者非有別體，並非一念同時具足而可分前後的，只是說述時有前後而已。雖然，欲說明迷界緣起的現象，決不能沒有粗細前後的區別。此粗細前後的區別，實乃說明緣起開發宇宙萬有的過程順序。蓋欲說述迷界流轉的開發的過程如何，必先發生不知真如為真如的根本無明，沖動真如本覺時，真如本覺微動，先成為三細，由此漸漸緣起開展，發生名為六粗的粗動，惹起幾多迷妄執著，終至于羅列現在的現象，此為枝末無明。此枝末無明的三細六粗的九相，說明迷界流轉的開發。此乃《起信論》特有的法相，叩盡真如緣起的玄底。以下當詳細地順次說明三細六粗(參照<序論>中所揭“法數配當圖”)。
復次，依不覺故生三種相，與彼不覺相應不離。雲何為三？一者，無明業相。以依不覺故，心動說名為業。覺則不動，動則有苦。果不離因故。二者，能見相。以依動故能見，不動則無見。三者，境界相。以依能見，故境界妄現。離見則無境界。
【要義】初示根本無明與三細之關系，次一一說明三細。
真如之理法，乃絕對平等惟一相。不知道真如之理法乃絕對平等惟一相，則為根本不覺。因有此根本不覺，故真如本覺感到動搖，以致惹起枝末不覺的三細六粗之相。故根本不覺是本，枝末不覺是末。根本不覺是體，枝末不覺是體上的相。因此根本不覺和枝末不覺常常相應，因根本不覺而發生枝末不覺，因枝末不覺而發生根本不覺。無明與妄心交互相應，有須臾不可相離的關系。那麼枝末不覺的微細的三細是什麼呢？即無明業相、能見相、境界相是也。
第一，無明業相，略稱業相。關于業，《義記》中提出“動作”和“業因”二義。所謂動作之義，乃事物活動、動搖之意。由于有根本不覺，故在靜止狀態中的真如本覺即一心，遂呈動的狀態。此初動之相名為業相，然尚無能所或主觀客觀的分別，完全是迷界中的原始狀態。因此前文說這是心的初起或初相。既如此迷，何故又動呢？因為必須獲得始覺而達到佛陀涅��的境界，方能成為涅��寂靜而秋毫不動故也。其次，所謂業因之義，乃因果的關系。同于此發生動搖之因，故必然依照因果的理法，有因必有果，果不離因，遂至感到迷界生死的苦果。如此，動必有苦，所以對于苦果，初動為業因，故稱初動為業相。
第二，能見相，略稱見相，又稱轉相。真如本覺既已動搖而有業相，遂一轉而發生能見照的能緣的主觀的作用。倘從開始時心不動搖，便無發生主觀的見照作用之理。
第三，境界相，略稱現相。倘有主觀的見照的作用，則能見照，于妄中顯現客觀的對象的境界相。倘離開了主觀的見相，則客觀的境界相隨之而無。若用鏡比喻業、轉、現的三細，則鏡面是業相；鏡面有照物的作用，是見相；因有能照的作用，故映現萬象，是現相。若把三細配合《唯識論》的四分，則業相為自體分，是能所不分、主客不對立的位置，見相是見分，現相是相分。
以有境界緣故，復生六種相。雲何為六？一者，智相依于境界，心起分別，愛與不愛故。二者，相續相，依于智故，生其苦樂，覺心起念，相應不斷故。三者，執取相，依于相續，緣念境界，住持苦樂，心起著故。四者，計名字相，依于妄執，分別假名言相故。五者，起業相，依于名字，尋名取著，造種種業故。六者，業系苦相，以依業受果，不自在故。當知無明能生一切染法，以一切染法，皆是不覺相故。
【要義】前已說畢三細，今續說六粗，最後結束三細六粗的枝末無明，歸于根本無明。
有根本無明，動搖真如本覺，于是發生三細之相，至于分別主觀客觀。既有了客觀對象的境界相，便惹起對此的妄念分別，以至呈現六種相，即智相、相續相、執取相、計名字相、起業相、業系苦相是也。
一者智相。所謂智，乃分別之意。即不覺察以前的境界相為心內所現之法，而執著為心外的實在。若和以前的境界相相比較，境界相是心內所現之法，屬于依他起的相分。雖說是境界相，不過是心內主觀之物。但現在的智相，執著心內所現的相分，而實際是實在于心外之物，名為遍計所執。好比境界相是映于鏡面的物象，智相則不知此物象之為虛影，反而執之以為實在，此乃細的俱生起的法執。
二者相續相。前面的智相中發生的受憎等妄分別，是一時的，雖執迷未深，但一度生起的愛憎等的妄情分別，一念一剎那也不中止，故終于對于自己所愛好的境，覺得樂感，而對于自己所憎惡的境，覺得苦感。對愛憎的苦樂的妄念分別，相應不絕，相續出現，故名曰相續相。此乃粗的分別起的法執。
三者執取相。由于前文的相續相，緣念苦樂的境界，經常住持固執執于苦樂之境，故執著益深，終至于發生我執，此名為執取相，乃細的俱生起的我執。
四者計名字相。前述的虛妄執著愈益加深時，便在其上建立種種名字言句，設置美丑、怨親等種種名稱。加之在這些假設的名稱之上，分別各種相。對美的假名發生愛念，對丑的假名發生憎念。此名為計名字相，是粗的分別起的我執。以上四種相皆為意業，在惑、業、苦的三道中，這是惑，乃我法二執的煩惱。
五者起業相。由于前文的計名相，建立美丑、怨親、受憎、苦樂等名稱。尋問名稱，听說是美，便起愛念；听說是怨，便起憎念。听說是梅子，便感到酸。取著愈烈，終于發動身口二業，至于造作善惡二業。此名為起業相，在惑業苦三道中相當于業。
六者業系苦相。這是被前文的業因所系，于是得到苦樂的相。即既已造業，則依照因果必然的理法，必然受到相當的果報而輪回于生死中，把吾人束縛，使處在不自在的境界中。可知這在惑業苦三道中相當于苦。前文中三細六粗的枝末無明，是總攝一切染法的。然一切根本無明，都是由于不了解真如為真如而起的。如結合多種不同的枝末，歸于惟一的根本，是何理由呢？因染法雖然多種不同，皆是無明中狀態，無異于不覺中的差別相，猶如在暗夜中，一切物件盡皆呈暗相。
【詳義】上文已將三細六組的九相說畢。今概括地陳述其要旨。所謂三細，是阿黎耶識；所謂六粗，是分別事識，相當于第六意識。把阿黎耶識的心的狀態解剖起來，實不外乎業轉現的三細。顯示現在吾人陷于迷的境界的心的狀態的過程、順序的，實為六粗。真如本覺絕對平等，乃宇宙的精神；阿黎耶識則為相對差別，乃個體的精神。宇宙精神怎樣會變成個體精神呢？乃由于不了解真如絕對為真如絕對的根本無明之故。由于這根本無明，絕對平等的真如生起，發生微動，成為三細。既已發生微動，即離絕對平等，變成相對差別。因此三細的阿黎耶識完全變成了相對差別的個體的精神，形成了現在生存的一有情的主體。這個體的精神即一有情既已成立，便認識自我，迷界差別的現象愈益開發，呈現六粗的粗動的狀態，變成分別事識的六識，以至生死流轉，輪回無窮。
把阿黎耶識和分別事識比較起來，前者雖然有三種相，但乃不可知的微細之物，非二乘凡夫所能窺知，故給與三細的名稱。反之，分別事識乃可知的粗顯之物，雖吾等凡人，亦得認識，故給與六粗的名稱。但倘欲把九相一一地比較，則依照順次，前面的是細，後面的是粗。此九相雖然都是迷界緣起的說明，但就大體而論，三細是空間的緣起，六粗是時間的緣起。
照此表看來，三細為第八識，六粗為第六識，缺少第七識。關于這點，《義記》中提出“相從”和“不便”兩義來說明。所謂相從，意思是說︰末那為能執，賴耶為所執，故使能執的末那從屬于所執的賴耶，並不別立。又，末那為能依，賴耶為所依，故使能依的末那從屬于所依的賴耶，並不別立。其次，所謂不便，意思是說︰黎耶限于真妄相合，然末那只與妄相應，而無和合之義，故在三細中不說。又，因外境而發生事識。然末那沒有緣外境之義，故在六粗中不說。又，計內，則成為我的，屬于三細；計外，則成為我所的，屬于六粗，因此略而不說。後面又引證《楞伽經》中不說末那。要之，這在真如緣起的說明上，無其必要，故不另說第七的末那識。三細六粗的說明臨終時，為了參考，關于八識的配當，將賢首《義記》、《淨影疏》、《海東疏》的異同列表如下︰
一二、覺不覺的同異
上文已就生滅之心，分別覺和不覺的兩義，更在覺中分別本覺和始覺，在不覺中分別根本和枝末。今再述覺和不覺的關系，以了結生滅之心的段。
復次，覺與不覺有二種相。雲何為二？一者同相，二者異相。
【要義】覺和不覺，性質完全相反。真和妄、悟和迷、光明和黑暗、佛陀和凡夫，雖有差別，但同是一個生滅心中的兩義，故其間當然有不可相離的密切的關系。對這關系之相，有二種看法︰一是同相，二是異相。所謂同相，乃從真如絕對的本體上的看法，說覺和不覺二者完全相同。所謂異相，乃從生滅相對的現象上的看法，說覺和不覺有種種相異。
言同相者，譬如種種瓦器，皆同微塵性相。如是無漏無明種種業幻，皆同真如性相。
【要義】所謂同相，是根據真如本體，達觀覺不覺即染淨諸法，認為盡皆同一相狀。譬如種種瓦器，土瓶、茶碗、磁盆、缽子等，其形狀與作用雖然各異，但皆同是由泥土的微塵粉制成。故從土字上說來各器皆同一。與此相同，無漏的種種業幻，無明的種種業幻，皆是從真如的體性上顯現出來的相狀，可說是同一平等相。所謂業幻，業是業用，幻是因緣所生之物，非實有，故曰幻。所謂無漏的幻業，無漏即本覺、始覺，為佛陀的業用，應眾生的機緣而顯現。即始覺本覺之相，即報化二身是也。換言之，就是說還滅悟界上顯現的相狀。所謂無明的幻業，無明即根本枝末，作為無明的業用，應因緣而顯現，即三細六粗之相是也。換言之，就是說流轉迷界上顯現的相狀。還滅與流轉，悟界與迷界，其相狀雖相異，但從真如本體觀看時，完全是同一的。質言之，站在真如絕界上觀看起來，善也沒有，惡也沒有，美也沒有，丑也沒有，幸不幸的區別也沒有，佛凡的區別也沒有，金殿玉樓和茅屋破窯，孝子慈孫和惡棍叛徒，皆無所異。其相狀之差異，只是真如海中的妙波瀾，即所謂“萬紫千紅總是春”也。對于微塵性相，對于真如性相，從緣起論看來，從實相論看來，其間有所差別。即從緣起論看來，性相乃性之相，器以土為性，土以器為相。器的相雖異，但還復到土性而看來，是同一相。從實相論看來，所謂性相，性即相，器中沒有相異的性相，盡皆是土，無有改換。平易地說，土瓶茶碗，其性當然是土，雖說有相，土的相是同一的。
是故修多羅中，依于此真如義故，說一切眾生本來常住，入于涅��。菩提之法，非可修相，非可作相，畢竟無得。
【要義】是故經中有依據同相之義而說的話，即言一切眾生是不覺的，不覺是無體，因為不覺無體，故其體常住，不出真如之外。真如即涅��也。猶如土瓶、茶碗，本來是土。《圓覺經》中說眾生本來成佛，即此義也。這是就流轉門無明的業幻而言的。其次，就還滅無漏的業幻而言，佛果菩提之法，本來性淨，非修行可得之相。又，無論怎樣悟，也不能新作出此相，畢竟是不可得的，非可新得的，完全是本來成就的。
此處所言修多羅，是指何經？《釋論》第四中說是指《文殊師利問經》。《元曉疏》中說是指《大品般若經》。《筆削記》中也說是《大品般若經》。又，《淨名經》下卷彌勒章中，有一切眾生本來常住入于涅��之文，但與菩提以下的文章不合。要之，這是取諸經之意，以證明同相之義。
亦無色相可見，而有見色相者，惟是隨染業幻所作，非是智色不空之性，以智相無可見故。
【要義】這是就上文而解除其疑難。上文言眾生本來成佛，則吾等眾生何以不放光明？答曰︰現在是從真如本體上論述的。在真如本體上，原來沒有長短方圓的形狀，也沒有紅黃藍白的色彩，無可見色相。又有疑問︰前言在真如本體上無色相可見，但既有釋尊的出世，有佛陀的接受光明，有感得報化二身的顯現，何以說無色相可見呢？答曰︰佛陀顯現報化二身，只是隨染業幻的所作，是隨著眾生的染心。而佛陀攝化的業用，只是對二乘示現變幻為化身，對菩薩示現變幻為報身而已。如此在眾生心中變異顯現佛陀的色相，是屬于後面的異相門之義。這同相門的真如本覺的智體中，如吾等眾生所見，三十二相、八十隨形好的色法，有形質的不空之體，都無有。何以故？真如的智相完全是無相，非吾等眾生的妄念所能見故也。
言異相者，如種種瓦器，各各不同。如是無漏、無明，隨染幻差別、性染幻差別故。
【要義】所謂異相是甚麼意義？從真如本體看來，覺不覺和染淨諸法，盡皆是同相。但從形狀作用的現象的點上看來，是種種異相。譬如種種瓦器，土瓶是土瓶，茶碗是茶碗，隨著其形狀之差異，其作用亦不同，故無漏是隨染幻的差別。始覺本覺的無漏法，本來自性清淨，平等無差別，但隨著眾生的妄染，像幻化一般發生差別和變異。好比月亮本無差別，但其影映入千江萬水中便生差別。所謂無明是性染幻的差別，無明本來迷于真如平等之理，其性質本來像幻化一樣有差別。要之，無漏還滅之法，無明流轉之法，染淨二法，皆真如隨緣而顯現之物，是因緣所生之法，故實非別體，都是幻化之法。不過從顯現的當體上觀看起來，萬象差別，盡是異相。
如上所說，把覺不覺視為同相，是哲學上所謂同一原理；視為異相，是異別原理。而同相和異相不可須臾相離。同相的反面有異相，異相的反面有同相，無所乖戾，此即所謂調和的原理。
一三、生滅因緣的意義
上文已在生滅門中把第一生滅之心解釋完畢。即所謂生滅之心，是對于真如不生滅之心，說明生滅之心的阿黎耶識。而此生滅心，是不生滅的如來藏心發動起來而成為生滅之心。故此中含有覺不覺兩義，其覺中有始覺和本覺，不覺中有根本和枝末，明 地說明著悟界中的現象的狀態，和迷界中的現象的狀態。故在前段生滅之中，畢竟是阿黎耶識自體的說明。
但在今後要說明的第二生滅的因緣中，因前段對于生滅之心的阿黎耶識自說明已經完畢，故將陳述不生滅之心發動而成為生滅之心的阿黎耶識的因緣，以及從阿黎耶識開發萬有的因緣。蓋生滅現象之法，不能獨自發生，必有待于因和緣的和合。現在就要詳說，由于何種因緣而發生不生滅之心，成為阿黎耶識，更從此識發展而顯現萬有。說明此生滅的因緣時，分為二段，初段說生滅因緣之義，後段說生滅因緣的體相。現在先說初段。
復次，生滅因緣者，所謂眾生依心、意、意識轉故。
【要義】初釋生滅因緣之義，先僅述因。所謂生滅因緣，上文<立義分>中有是生滅因緣相之語，今就因緣而廣說。如前所說，不生滅之心發動，成為生滅之心的阿黎耶識的因緣，並且成為從阿黎耶識顯現萬象的因緣。蓋因緣有兩重，初為黎耶的心體，即真如，有不變之義；同時發動起來，有不守自性的隨緣之義。此隨緣真如即為生滅之因，燻染于真如中而動搖起來的根本無明，即為生滅之緣。由于這因緣湊合，發生三細的阿黎耶識，此為第一重的真妄因緣。後來，根本無明是諸染法的根本，此為生滅之因。外面的妄境界撼動識浪，此為生滅之緣。由于此因緣湊合，以至從阿黎耶識發展萬象，即產生六粗。此為第二重的妄因緣。此兩重因緣中只有三法，真如是惟因，妄境界局限于緣，無明傾向真如，則為緣；傾向境，則為因。
吾等眾生由此兩重因緣而生。因此稱為生滅的因緣。換言之，可說是眾生發生的因緣。今說明此義︰所謂迷界眾生究為何物？答曰︰無他，是依于阿黎耶識的心體即真如而轉起的、迷妄的五意和執著的意識，這便是眾生。蓋五意和意識，乃迷的心的狀態，在這上面讓識人格而名為眾生。名稱雖異，物體本來同一，所異者只是或約于法，或約于人而已。如此，就和受眾多的生死故名眾生的通常解釋相反，現在是把迷妄的諸識的集合命名為眾生。這是《起信論》特別的解釋法。
此義雲何？以依阿黎耶識，說有無明。
【要義】就生滅因緣之義，前文僅說因，今並舉因和緣。前文說，黎耶的心體起動而作成眾生。此義雲何？因阿黎耶識而有無明故也。詳言之，此處所謂阿黎耶識，乃是總名。真如和無明乃總中的別義。現在雖舉阿黎耶識的總名，其實是指前文所說的心，即黎耶中的真如，此為生滅之因。而黎耶識中的無明，乃生滅之緣。由此因緣轉成意和意識。然則此說相當于前文所說的第一重真妄因緣。
【詳義】上文說過，因真如而有無明，因覺故有迷，因如來藏故有生滅心。但今將說因阿黎耶識而有無明，換言之，前文說因真如而有無明，現在說因黎耶而有無明。但于此不能無疑。因《義記》中提出三義而說明，而以第三義為正意，明言根據真如緣起之義，故略去前二義，而略說第三義。這是分為未起和已起而說明。首先，照未起的即時間的緣起的論來，說由真如而有無明，此即由真如無明的因緣發生黎耶。宇宙萬有皆以真如為體，發揮真如緣起的特色。法相宗說由第八賴耶本體緣起萬有，蒙受真妄別體之難，對此大有差別。又，照已起即空間的實相的論來，真妄和合既已發生黎耶，故言因黎耶而有無明。蓋真如是無始無終的，故尚未發生黎耶，無明只有因真如之義。若夫真妄和合生黎耶，則黎耶為總，真如和無明為黎耶中的別義，故無明由于黎耶也。從此點看來，便不會蒙真前妄後之難，可說是真妄同時的。又，黎耶和無明有互為因果的關系，一旦斷絕無明，便不會再迷，此義亦可證明。這便可掃去悟後再迷之咎。故此未起、已起的二名相依，始盡真如緣起之義。故只有前後交互而言，始無差異。
如上所述，因真如而有無明，因黎耶而有無明。要之，所謂因真如而有無明，乃無明發動真如而生黎耶。是在別的黎耶上說明豎的緣。所謂因黎耶而有無明，乃總的黎耶，是橫的實相的說明。此時真如和無明是黎耶中的別義。如此說明，雖分豎的橫的和前後，但本來真如是無始無終的，是無始的存在。無明是無始有終的，斷絕時雖歸于全滅，但就其始而論，真如存處必有無明，決不是論其前後。然真如與無明存處必有黎耶，本來是自明之理。因此真如、無明、黎耶三法，是本是無始的存在，是同時因果關系。故三法是一念同時的存在，只是說的時候有次第前後之別而已。即或者在時間的緣起上說，或者在空間的實相上說。如此說明，已叩盡真如緣起的玄底。
不覺而起能見、能現、能取境界。起念相續，故說為意。此意復有五種名。雲何為五？一者，名為業識，謂無明力不覺心動故。二者，名為轉識，依于動心能見相故。三者，名為現識，所謂能現一切境界，猶如明鏡現于色像。現識亦爾，隨其五塵對至即現，無有前後，以一切時任運而起，常在前故。四者，名為智識，謂分別染淨法故。五者，名為相續識，以念相應不斷故。住持過去無量世等善惡之業，令不失故，復能成熟現在未來苦樂等報，無差違故，能令現在已經之事，忽然而念，未來之事，不覺妄慮。
【要義】意和意識轉起之中，先說五意轉起的次第，次廣釋五意。前文說眾生所生的因緣，又說所謂眾生便是意和意識的轉起。因此現在要說明五意轉起的次第。首先說“不覺而起”，這是真如的覺體由于無明之緣而起動，名為“業識”，乃前三細六粗中的業相。其次，所謂“能見”，乃與真心起動同時，發生見照的主觀作用，這是“轉識”，即前文的能見相。所謂“能現”，與發生主觀作用同時，出現客觀的境界，這是“現識”，即前文的境界相。所謂“能取境界”，乃認識境界，分別外界的實在，這叫做“智識”，乃前文的智相。所謂“起念相續”，乃言誤認前文的心內的虛影，以為是外界的實在，便執著之而起分別妄念，念念不斷，此名為“相續識”，即前文的相續相。此五者名為五意。所謂意，《義記》中引用《攝論》，說有能生和依止之義。就同此從業識發生轉識、從轉識發生現識一樣，前能生後，故有能生之義。又同轉識以業識為所依、現識以轉識為所依一樣，後以前為所依，因此有依止之義。以下一一廣釋五意。
第一，業識，乃言以根本無明之力為緣，不覺察真如之為真如，于是真心起動。
第二，轉識，乃言真心起動，發生業識，便有主觀的照見作用。
第三，現識，乃言有了主觀的照見作用，于是，出現客觀的一切境界。猶如鏡面映現萬有的色緣，即到達色聲香味觸的五塵之境，照樣映現在主觀上。但主觀和客觀毫無前後的區別，又一切時間皆不斷絕，任運自然，以五塵的虛境為始，常常顯現一切境界。這是在阿黎耶上的，和六七兩識的有時斷滅不同。
第四，智識，由于不知道境界映現于心內的虛影，遂至分別孰染孰淨，這是細的俱生起的法執。
第五，相續識，因法執的妄念長久相續不斷，故名為相續識。今舉示此識的勢力功能︰就業而言，住持過去無量等的善業惡業，不使失去；就果報而言，對于因業，在現在未來，使惡業中苦報成熟，使善業中樂報成熟，使無因果差等。最後，就境而言，對現在已經經過的事實，忽然不擇時而念及，對未來之事，在不覺中作妄想，發生煩悶。此等皆是此識的粗的分別起的法執。或者可作如此解釋︰住持業和果，是前三識的功能；妄想分別後來的境，是後二識的功能(參照<序論>中“法數配當圖”)。
是故三界虛偽，唯心所作。離心則無六塵境界。
【要義】結束上文所舉五意的諸現象，歸根于一心的本源。真如被無明所動而成為業識，展開能見能現的二相，一為主觀，一為客觀，于是成為阿黎耶識，于是認識映現于黎耶識上的虛影的客觀，分別其為心外的實在，以至此念相續，這便是我等現在正在認識的欲、色、無色的三界。是故此三界乃虛偽之物，只不外乎從真心造作出來的。因此若離一心，便無六塵的境界。詳言之，認識顯現于業識上的轉識之前的現識，即虛影的境界，其實就是妄執外界中的色聲香昧觸法的六塵的境界。故倘離去本來的一心，則無六塵的境界。此理自明。
【詳義】三界是虛偽的。《義記》中釋虛偽二字，說虛是似有，偽是實有。因此，將此論配合《唯識論》的三性，則虛的似有為依他起性，偽的實有為遍計所執性。在唯識法相宗中，圓成實性乃真如凝然不作諸法，以宇宙的本體的第八阿賴耶識為依他起性之物。因此，由此變現的萬象依他起之法，亦被認為真實，只將誤認萬象依他起之法為心外的實在的遍計所執之法指為虛偽。在那蛇繩麻的比喻中，說圓成實性的麻，本來是真實的；依他起的繩，也是真實的；只是誤認為遍計所執的蛇，是虛偽的。但在《起信論》中，遍計所執的蛇自不必說，連依他起的繩也認為是虛妄的。何以故？阿黎耶識既已因真如為無明所動而顯現，則本來是妄法，因此，從阿黎耶識開發的萬象，必然盡是虛偽，只有一心真如是唯真實故也。此實由于真如緣起論與賴耶緣起論立腳點相異之所致。
此義雲何？以一切法皆從心起，妄念而生。一切分別，即分別自心。心不見心，無相可得。
【要義】對于上文的三界唯心之義，有所疑問，今解釋之。雖說三界是唯心的，但客觀的萬象境界現今存在，開眼即見山川之形，開口即嘗甜酸苦辣之味，側耳便聞萬籟之音。此義如何？答曰︰一切諸法，皆由于真心起動，除此真心以外，一無所有，因此說三界唯心。然則此真心如何顯現山河大地呢？答曰︰從妄念發生。即從無明而起轉、業、現的妄念，再由此開展萬象。三界唯心，故吾人見心，而不能見心以外之物也。與此相反的如何？答曰︰一切分別，即分別自心，認識心以外的萬象，乃妄念妄想之所致，即認識顯現在現識上的虛影，其實只是誤認為心外的實法。離開了心，何處還有萬象？畢竟不過是自心分別自心而已。若能了解一切分別不過是自心分別自心之理，則心外的實法即便消滅，而成為三界唯一心。若能達得三界一心，則就同眼不見眼，刀不切刀，指不指指一樣，心亦不見心，因此心相無可得，即主客能所完全泯亡，即一心平等一相。
當知世間一切境界，皆依眾生無明妄心而得住持。是故一切法，如鏡中像，無體可得，唯心虛妄。以心生則種種法生，心滅則種種法滅故。
【要義】結束上文，指示唯心的顯現。吾人既認識心外之境，須知此不過是顯出在現識上的虛影。可知世間的山川草木日月星辰等一切境界，皆由眾生的根本無明和業識、轉識等妄心而住持。是故一切境界萬象之法，好比映在鏡中的不得捕捉的非實體。疑問說︰既雲非實體，則宛然顯現的諸法究為何物？答曰︰只是唯心的虛空。其實一切生滅之法，只是顯現在此真心上的虛妄的影像，何處可求其體？然則何以知道此等諸法為虛妄？皆由真心為無明所動而生起，則生種種法。若無明消滅而還歸于心源，則種種生滅諸法皆消失，不留一些殘影，只不過是虛妄而已。要之，一切境界乃唯心之法，並無別體。
復次，言意識者，即此相續識。依諸凡夫取著轉深，計我我所，種種妄執。隨事攀緣，分別六塵，名為意識，亦名分離識，又復說名分別事識。此識依見愛煩惱增長義故。
【要義】既已說明意，續說意識。所謂意識，就其體而言，與前五意並無分別，完全是同一的識。令為說明此義，舉示第五識，即相續識也。只是前者為細的法執，今者為粗的我執。此不過是五意愈益向下墮落而發展。若以此配合九相，則恰當于第六執取相和第七計名字相。延長起來，亦合于第八的起業相。諸凡夫起智識、相續識，不知掃除它的方法，取用執著，愈益轉深，因此計度我有身，我有。所有物，種種妄執，隨事事物物而攀緣，以此為實境，終至于妄執分別色聲香味觸法的六塵之境。此即名為意識。即因前五意而妄為分別之識，故名為“意識”。此識作用分離，由于眼耳鼻舌身意的六根，各各分別色聲香味觸法的六塵，故亦名“分離識”。又因分別去來內外等種種事相，故又說，亦名“分別事識”。此識因何而生？見愛的兩種煩惱由于受業轉現的阿黎耶識的燻陶，使此意識增上生長。此所謂見愛煩惱者，見煩惱是在見道上斷惑，乃言昧于真理；愛煩惱，又稱為修惑，亦稱為思惑，是修道，是在修道上斷惑，乃言昧于事法。要之，前者昧于理，後者昧于情。因此前者又稱為迷理之惑，後者又稱為迷事之惑。迷理之惑易斷，迷事之惑難斷，即所謂“見道頓斷如破石，修道漸斷如藕絲”也。
【詳義】在上文五意及意識的說明中， 解此等諸識之體全然一致，但是虛妄之法。而在唯識法相宗中，主張八識體別，然非虛妄之法，與此說相反。又，小乘家立一意識，然亦非如成為實法的“六窗一猿”。
其次，前文不覺中說明的九相，對現在所說的意和意識比較起來，現在的意相當于九相中的前五相，意識相當于後三相。前文詳細分別為三細六粗，現在則分為意和意識二者。前文詳述真如起動的相狀，換言之，即按照秩序地舉示吾人流轉于迷界以來的狀態，現在則按照秩序地舉示吾人由于真如起動而發生的因和緣。然則前文中都是相，現在的都是識。這意義明白地表示出了。
現在是就生滅的因緣，說明真妄的關系。故唯心說最明晰地表示著前面的九相段和後面的六染段，用無明妄法說起，又用無明妄法結束，故可說是唯妄說。《起信論》是唯心說還是唯妄說？九相段在覺和不覺的兩義中，單就不覺的一法而說明流轉的次第，六染段則說明消滅不覺的還滅的次第，只限于說明不覺的一局部。但現在是就覺不覺即真妄的關系而論述其因緣，是綿亙于全局的說明。在全局的說明中鼓吹唯心說，當然是《起信論》的本意，並非用局部的說明來冒稱全局。然唯心說不僅是《起信論》的主張，實乃真如緣起論的根本的立腳地。如果欲說真如緣起論，則不外乎此意。並且還須知道︰如華嚴一乘家所主張的法界緣起論，其根源也是由此發生的。
一四、生滅因緣的體相
上文已說明緣起之義，以下須解釋所依的因緣的體相。作為生滅因緣的體相的要素，共有三種︰一者，自性清淨的真如，即緣起甚深之因；二者，無明即緣起甚深之緣；三者，染心即妄心，乃緣起甚深之相。由于此三要素，而開展染淨的緣起，形成宇宙萬有。前文說述生滅因緣之義時，是就流轉門而說明；現在要說明緣起甚深的要素，須就還滅門敘述。
依無明燻習所起識者，非凡夫能知，亦非二乘智慧所覺。謂依菩薩從初正信發心觀察。若證法身，得少分知，乃至菩薩究竟地，不能盡知，惟佛窮了。
【要義】緣起甚深的體相，非凡夫二乘所知，只有佛能知。無明燻習真如所起的業轉現的三細的阿黎耶識，非凡夫所能知，非二乘的智慧所能覺。蓋阿黎耶識是第八識，二乘只能知道到第六識為止，故第八識到底非其分，何況凡夫。若論菩薩，從十信的初位的正信修養起來，在十信的滿位即初住位上發大菩提心，在十住、十行、十回向的三賢位上觀察，依稀仿佛知道真如的妙相。倘達到了能證法身真如之理的初地，則能知少分的阿黎耶識，然後漸漸多知。即使到了菩薩究竟地的等覺金剛心，因尚有根本無明殘留，亦不能盡知。只有妙覺果滿的佛陀才能窮盡地了解。
何以故？是心從本已來，自性清淨而有無明。為無明所染，有其染心。雖有染心，而常恆不變。是故此義惟佛能知。
【要義】陳述緣起甚深的體相惟佛能知。黎耶的本體的真如心，本來自性清淨。緣起的因也清淨，但存在著無明即緣起之緣。被這無明所燻染，于是生起阿黎耶的染心。染心一起，自性清淨的真如的本性是否完全變更呢？答曰︰否，是常恆地清淨不變的。好比把清淨無垢的寶玉放置在暗中，雖然無由認識其清淨，但這寶玉決不變質。可知因緣和合而起染心，而不改變自性清淨的本性。乃緣起的妙相，惟有佛陀能證知。
所謂心性，常無念故，名為不變。
【要義】在緣起的三要素中，先舉真如，陳述其心性不變。承接心性和前文的是心，即真心的本性雖然常與有念相應，然而是無念的。換言之，雖常與妄念相應，但其自體本性常常清淨，毫無變更，故名為不變。
以不達一法界故，心不相應，忽然念起，名為無明。
【要義】次說無明發生的理由。這一段是說明無明的起因的要點。據前文，既已了解根本無明受燻染而起動真如本體，于是成為阿黎耶識，但不曾說及根本無明的起因，所以現在必須明示。即所謂根本無明的起因，在于不通曉一法界即真如之所以為真如之故。換言之，由于對絕對無限平等不變的真如一法界，發生相對差別之見。好比說，迷失方向是因何而來？乃因不知東之為東、西之為西而來。今此亦然，乃因不知真如之為真如而來。此根本無明直接迷惑于真如，故極為微細，尚無心王、心所相應之別，亦無能所主客相應之別，因名為“心不相應”。此根本無明極為細微，故乃一切妄染的根源，並非另有妄染之法而以此為本。因此這無前之義很顯明，叫做忽然起念。《瓔珞本業經》中稱之為無始的無明。故可知所謂“忽然”，乃表明無始無前之義。听到忽然二宇，好像是說突然而起，但決不是時間的意義，只是表示無始無前。要之，真如乃無始的存在，由真如而起的無明也是無始的存在。
染心者，有六種。雲何為六？一者，執相應染，依二乘解脫，及信相應地遠離故。二者，不斷相應染，依信相應地修學方便，漸漸能舍，得淨心地究竟離故。三者，分別智相應染，依具戒地漸離，乃至無相方便地究竟離故。四者，現色不相應染，依色自在地能離故。五者，能見心不相應染，依心自在地能離故。六者，根本業不相應染，依菩薩盡地，得入如來地能離故。
【要義】舉示染心，陳述緣起之相，分為六種。第一，執相應染。此乃前九相中的執取相和計名字相，相當于粗的我執。是怎樣的位呢？講到遠離而不現行，則是聲聞、緣覺二義既已解脫三界見思之惑的無學位，即羅漢，即信相應地，信根成就而不退失，乃十住以上的地位。
第二，不斷相應染。此乃九相中的相續相，相當于粗的分別的法執。其位如何？說它是究竟離，則在信相應地即十住以上的三賢位，修學斷絕它的手段方便，漸漸舍去，就名為淨心地，到達發起無漏清淨之心的初歡喜地，即初地之位的菩薩是也。
第三，分別智相應地。此乃九相中的智相，相當于細的俱生的法執。其位如何？說它是究竟離，則是具戒地，從具有攝律儀、攝善法、攝有情的三聚戒的第二地開始，漸漸離舍，乃至成為無方便地，于修習空無相觀還須應用方便的第七地的菩薩是也。
第四，現色不相應染。此相當于九相中的境界相。其位如何？說它能離，則是色自在地，乃在客觀的色法中得到自在的第八地的菩薩。在此位中，深達唯心之理，知道心外的境界盡是唯心所現，故能在一切色法中獲得自在。莫說能將瓦變作黃金，即變作真實的魚米，或顯現眾寶莊嚴的淨土，也屬可能。
第五，能見心相應染。此相當于九相中的見相。其位如何？若說其能離，是心自在地，在主觀的心上獲得自在。自心自不必說，是他心通也能得到的第九地菩薩。
第六，根本業不相應染。此相當于九相中的業相。其位如何？說到其能離，是菩薩地。由于因位已滿，得入果位的佛陀如來地，故能完全遠離。
【詳義】六染對于能斷的淨，是接近于所斷之惑，所以都名為染。初三染是第六識相應之惑，後三染是第八黎耶識相應之惑，從粗次第到細也。所以初三名為相應染，後三名為不相應染。即所謂相應，乃心王與心所相應，意思是粗雜的惑。所謂不相應，乃心王與心所不相應，是微細的惑。蓋斷惑的順序次第，是從粗者及于細者，猶如在始覺的四位之下斷四相之惑一樣。好比洗滌穢物時，粗的穢可能很快地除去，但細的污點不容易除盡。如今亦然，從粗者開始斷，漸漸及于細者。然斷惑的原理，粗惑用劣弱的智慧來斷，細惑用優勝的智慧來斷。因此開始用二乘及三賢位的智慧來斷，其後用地上的菩薩的智慧來斷，終而至于佛果。關于斷惑，都要修唯識觀，即開始在二乘、三賢位上，修習唯識觀中的人空觀，斷我執。但三賢位須修習唯識觀中的法空觀的方便，初地以上正確地修習法空觀，斷法執，但到第七地為止，出入于觀，故用有分別的方便加行而入觀，所以論文中稱第七地為無相方便。從初地以上到七地為止，都是方便，但只在終了時名為方便。第八地以上入出于觀，任運無功用地修習，故名為方便地。要之，六染是說明從粗到細斷惑的順序次第，是關于還滅門的。
其次，前文說明三細六粗的九相，以及五意並意識，現在要同六染比較對照。第一，三細六粗、五意六染，是《起信論》中的法數。都是不可忘卻的要點。第二，六染相當于九相中的前六相。即前三染可配合六粗中的前三粗，後三染可配合三細。又可知該當于五意及意識。第三，九相和五意是從細到粗的順序，六染則是從粗到細的順序。第四，九相說明吾人迷妄起來的順序，即心性起動的過程，五意和意識則陳述吾人在迷中的因緣，即心性起動的因緣。現在的六染，是把如此緣起的迷妄的染心用菩薩的窮行實踐來次第斷破。第五，九相五意如此從細到粗順流地向下墮落，故為流轉門，六染則從粗到細逆流地向上開悟，故為還滅門。第六，九相中的業系苦相，是三界的苦報，故其結果是非可斷的。但現在的六染，是招致苦報的原因，故非可配合的。又，九相中的起業相，應屬于招致的原因，但不是惑，故不可配合六染。第七，始覺的四位，雖然也是關于斷惑的，但這是始覺的分類，以說明位次為主眼；現在的六染則是專門關于斷惑論的。第八，要之，九相五意是詳述生滅流轉的相狀及因緣，六染是說明轉速開悟的順序次第。可說是叩盡解脫論了(參看<序論>中的“法數配當圖”)。
不了一法界義者，從信相應地觀察學斷，入淨心地隨分得離，乃至如來地能究竟離故。
【要義】自此以下，是就前文重新說明其要義，先說根本無明的治斷。關于六染，即枝末無明的斷滅，已有說明。但關于根本無明的斷滅，尚未說明其順序次第，故今續說︰不了解一法界真如之為真如的根本無明，從信相應地即十住位觀察修養，學習斷破之法，從淨心地即初地一分一分地離開無明，以到達佛果如來地，究竟脫離，完全斷惑。蓋其斷滅之法，與前六染相同。然根本治滅的原由，是六染無一不依據無明之故。
言相應義者，謂心、念法異，依淨染差別，而知相、緣相同故。不相應義者，謂即心不覺，常無別異，不同知相、緣相故。
【要義】次說相應與不相應之意義。六染之中，前三染稱為相應，後三染稱為不相應。所謂相應，乃言物有二個，故曰相應，是粗方；所謂不相應，則反之，是細方。相應之義是“心和念法”，即心是心王，念法是心所，兩者相異，然心王淨則心所亦淨，心王染則心所亦染。能緣的知相和所緣的緣相，兩者常一致，故名相應，又，“心念和法，”即言心念乃能緣之心，法乃所緣之境。此時能緣的心念和所緣的境，雖兩者相異，但隨著能緣主觀的染淨，所緣客觀也顯出染淨。主觀的知相和客觀的緣相類同，故名相應。即第一王數釋，第二心境釋也。
其次，說不相應之義，“心即不覺”，即不離真如之體的不覺。六染中前三染，是業轉現三細的阿黎耶識之上再加妄心。故王數雖相應，但後三染是業轉現的阿黎耶識，無明接近真如，極為細微，故無心王、心所之別。無心王、心所之別者，焉有主觀的知相和客觀的緣相別呢？無別則不論染淨類同，故名之為不相應。又，“心即不覺”，即不離真如的不覺無明，其體非與妄心別異，然極為細微，故不與外境相應，心與境不相對，則焉有主觀的心的知相和客觀的境的緣相二別呢？無別則不論染淨類同，故名之為不相應。即第一王數釋，第二心境釋也。
又，染心義者，名為煩惱礙，能障真如根本智故。無明義者，名為智礙，能障世間自然業智故。
【要義】次陳述染心名煩惱礙，無明名智礙之理。所謂染心的意義，即上述的六染心也。今名之曰煩惱礙。所謂煩惱，乃煩擾惱亂之義。它妨礙證
實湛然寂靜的真如平等之理的根本智(或稱為真智、證體智、如理智、實智)，勿使生起，即障礙智淨相也。煩惱，即礙的持業釋，又名煩惱障。其次，所謂無明之義，即根本無明也，今名之曰智礙。無明之體無智而昏迷，故能障礙世間的自然業智。所謂自然業智，乃對自然發生業用的智慧，即于證實真如之後，佛應世間的差別界而濟度眾生的智。無明妨礙此智(對于根本智，稱為後得智，又名俗智、起用智、如量智、權智)，勿使生起，即障礙不思議業相者也。這是智之礙的依主釋，又名所知障。
此義雲何？以依染心，能見能現，妄取境界，違平等性故。以一切法常靜，無有起相，無明不覺，妄與法違，故不能得隨順世間一切境界種種智故。
【要義】對前文說明有疑難，今解釋之。前文說染心礙根本智，無明礙後得的自然業智。此乃染心礙向著粗的自然業智，無明礙向著細的根本智之理。現在與此相反，則甚可懷疑。此義雲何？先就染心而言，染心即六染，故後三染是何黎耶識。此黎耶識有主觀的能見和客觀的能現，迷妄地在此客觀的能見上采取前三染的境界。因有此主客能所的差別，故障礙了湛然靜寂的平等的根本智。次就無明而言，一切世間的生滅差別法，其本體的真如也常常寂靜，無起動之相。然根本無明不知覺它，迷妄地采取境界，遂有主客能所的差別，違背湛然寂靜的真如法性。若能隨順法性，則能知世間一切的境界。只因不隨順法性，故不得知道世間一切的境界，所以說障礙自然業智。
一五、生滅的相狀
在說生滅門時，既已說明生滅之心、生滅的因緣，故以下陳述生滅的相。所謂生滅的相，即生滅因緣的相狀，乃在前述的九相六染中分別粗細。
復次，分別生滅相者，有二種。雲何為二？一者，粗與心相應故。二者，細與心不相應故。
【要義】先就生滅的相狀分別為粗和細二者。所謂分別生滅之相，乃承接前<立義分>中是心分別因緣相的一個“相”字，而廣泛地加以說明。即分別生滅相狀有二種，一為粗，乃六染中的第三染，是六識位，故心王、心所相應，是凡夫也能認識的粗顯。二為細，乃六染中的後三染，是阿黎耶識，故心王、心所不相應，是只有佛菩薩能知的細微之相。
又，粗中之粗，凡夫境界。粗中之細，及細中之粗，菩薩境界。細中之細，是佛境界。
【要義】更就人而分別前文的粗細。即前文是單的粗細，今更細分之為復的粗細。粗中之粗是第一染，乃凡夫的境界。此所謂凡夫，也是二乘、三賢位。粗中之細是第二染、第三染，細中之粗是第四染、第五染。此二者是到達十地菩薩方能知道的境界。細中之細是第一染，是惟佛能知的境界。圖示如下︰
此二種生滅，依于無明燻習而有。所謂依因、依緣。依因者，不覺義故。依緣者，妄作境界義故。
【要義】前文就人而分粗細，今說明粗細之所依。欲說明其所依，須先說流轉門。此粗細二種生滅，是以何物為所依之因生起的？是根本無明燻習真如本體而生。即因有根本無明，故發生三細；因有三細，發生粗心。然則無明燻習可說是粗細的通因。若更欲詳究因和緣，則無明為因，境界為緣。即由于無明之因而發生三細的不相應心，由于境界的緣而發生三粗的相應心。
若因滅，則緣滅。因滅故，不相應心滅。緣滅故，相應心滅。
【要義】前文順就流轉門說，今逆就還滅門說。根本無明之因滅，則依無明而起的境界亦滅。這是通滅之義。更詳言之，三細是依無明之因而起的，故欲滅無明之因，三細不相應之心亦應滅。又，三粗的染心是依境界之緣而起的，故欲滅境界之緣，三粗相應之心亦應滅。通常，還滅是從粗到細的順序，現在則是從細到粗的順序，此點必須注意。
問曰︰若心滅者，雲何相續？若相續者，雲何說究竟滅？答曰︰所言滅者，唯心相滅，非心體滅。如風依水而有動相。若水滅者，則風相斷絕，無所依止。以水不滅，風相相續。唯風滅故，動相隨滅，非是水滅。無明亦爾，依心體而動。若心體滅，則眾生斷絕，無所依止。以體不滅，心得相續。惟痴滅故，心相隨滅，非心智滅。
【要義】對于前文滅之義有所疑問，今解釋之。問的是關于心體、心相同一門有疑。即言無明滅則不相應心與相應心皆滅，則何得眾生相續？倘說無明不滅、眾生相續，則何得言究竟滅。答語之意，是由于認為心體、心相同一，故生此疑。若知道心體、心相非一門，此疑即可消釋。即所言滅者，只是心相滅，非心體滅。好比風動水而生波，若水滅，則波無所依止，即當斷絕。只因水體不滅，故波相續。只因風滅，波即隨之而滅。但此非水體之滅。無明亦與此相同，心體動而生眾生，若心體滅，則眾生無所依止，亦應斷絕。但因心體不滅，故得心相相續。只因痴無明滅，故心相亦隨之而滅。但此非本覺真心的智體滅。
一六、燻習的四法
上文已說明生滅之心、生滅之因緣、生滅之相，指出真如、無明、黎耶三法互相關聯而開發宇宙之義。《義記》中總稱之為染淨生滅。對于這染淨生滅，染淨互燻；所謂染淨互燻，是闡明淨的真如如何利用染的無明而發生淨法，染的無明如何利用淨的真如而發生妄法。分為三段︰第一，燻習的四法；第二，染淨燻習；第三，淨法燻習。今先說燻習的四法。
復次，有四種法燻習義故，染法淨法起不斷絕。雲何為四？一者，淨法，名為真如。二者，一切染因，名為無明。三者，妄心名為業識。四者，妄境界，所謂六塵。
【要義】燻習的要素雖為染淨二法，但今將染法分為三種，故共有四要素。
復次，迷界中的染法的流轉，和悟界中的淨法的還滅，如何能開發生起而不斷絕？此乃由于染法淨法互相燻習。所謂四種法，第一為真如，此名為淨法燻習或真如燻習。就是說，真如淨法之力強，能打消無明染法，開展悟界諸現象。第二為無明，此名為無明燻習，乃一切染法之因。第三為業識，此名為業識燻習，廣義地說，這是妄心，通于業識並事識。今就其妄心的根本而舉示業識。第四為六塵，此名為妄境界燻習，乃迷心的對象的六塵之境。此四者，總稱為染法。染法之力強，則燻習真如淨法，于是成為真如的起動，能惹起迷界諸現象。然此四要素，概括地說，開頭的一者是覺，以後的三者是不覺。不覺如何分開而為三？因為，真如淨法雖然本來一味平等，非可分開，但染法不覺本來自性差別；為一切染法之因的無明亦然，故今暫且大別為三種。又，染淨二法共述不斷之義，乃僅就此一期而言，實則淨法是無終的，故不斷；染法是有終的，故有斷。
燻習義者，如世間衣服，實無于香。若人以香而燻習故，則有香氣。此亦如是︰真如淨法，實無于染，但以無明而燻習故，則有染相。無明染法，實無淨業，但以真如而燻習故，則有淨用。
【要義】所謂燻習，燻字有劇發和與力二義，習字有數習和近習二義。要之是說，某物起一種作用，屢屢刺激他物，或惹起結果。更平易地說，乃“燻透”之意，與同化、感化之意大略相同。此時勢力強大的一方稱為能燻，勢力弱而受燻的一方稱為所燻。古人說︰“與善人居，如入芝蘭之室，久而不聞其香”，即與之同化矣。“與不善人居，如入鮑魚之肆，久而不聞其臭”，亦與之俱化矣。此言正可說明善惡燻習之義。然泛論燻習，有習燻和資燻二種。所謂習燻，乃從內生起，燻及心體而惹起染淨。所謂資燻，乃從外生起，與妄心、六塵及見思的煩惱相資。
【要義】上文說燻習的四要素，今續陳燻習之義。所謂燻習，好比世間的衣服，本來並無香氣或臭氣，只因用香或臭來燻習，于是發生香或臭。猶如僧衣有抹香，醫師之衣有藥香，廚師之衣有魚臭是也。今亦如是︰真如本來是清淨的，但因由燻習，故有染相。無明本來只是流轉的業用，但因由真如燻習，故生清淨的業用。
【詳義】上文已說明染淨二燻的起點的要素中有四法，今將此四法圖示如下︰
一真如……………………淨法……覺
二無明……染因………┐
三業識……妄心………┼……染法……不覺
四六塵……妄境界……┘
又，在染淨二燻中，染法燻習以無明為起點。無明之力強，給真如以染燻，取向下的流轉形式，遂至顯現迷界的現象。又，淨法燻習以真如為起點，真如力強，給無明以淨燻，取向上的形式，遂至顯現悟界的現象。其關系如下︰
染法燻習……(無明→真如)……向下的流轉……迷界的顯現
淨法燻習……(真如→無明)……向上的還滅……悟界的顯現
又，就燻習之義而論性相二宗的異點，則在性宗《起信論》中，主張真如緣起論，說真如燻習之義。但在相宗《唯識論》中，主張賴耶緣起論，建立真如凝然不作諸法，不容許真如燻習之義。即在《唯識論》中，建立能燻的四義(有生滅、有勝用、有增滅、和合性)。真如自不必說，第八識亦無能燻之義。只有七轉識及相應的心所有能燻之義︰又建立所燻的四義(堅住性、無記性、可燻性、和合性)，僅以第八識為所燻之法。故今再就此所燻和能燻而詳述其異點如下︰
首先，關于能燻，第一，《唯識論》建立有生滅之義，認為在不生滅無為法的真如中，無能燻之義，然《起信論》貫通有為、無為，容許能燻之義，認為不生滅無為的真如中有能燻。第二，《唯識論》建立有勝用之義，像第八識的無覆無記性而無善二性的勝用者，無能燻之力，認為有能燻之力的是前面的七轉識，然《起信論》容許八識皆有能燻之義。第三，《唯識論》建立有增減之義，認為能燻局限于因位，不通果位，果位是佛佛平等，圓滿具足，無增無減，故無燻習之義，然《起信論》貫通因位、果位，建立能燻之義。其次，關于“所燻”，第一，《唯識論》建立堅住性之義，認為像前七轉識那樣有間斷者，無所燻之義，然《起信論》容許之。第二，《唯識論》建立無記性之義，認為善染法無所燻主義，然《起信論》容許之。第三，《唯識論》建立可燻性之義，認為自性堅實的真如無所燻之義，然《起信論》建立真如隨緣之義，容許所燻之義。第四，《唯識論》把所燻之義局限于有為，局限于有體，《起信論》則主張貫通于無為，貫通于無體的無明。
一七、染法燻習
雲何燻習起染法不斷？所謂以依真如法故，有于無明。以有無明染法因故，即燻習真如。以燻習故，則有妄心。以有妄心，即燻習無明。不了真如法故，不覺念起，現妄境界。以有妄境界染法緣故，即燻習妄心，令其念著，造種種業，受于一切身心等苦。
【要義】先略說染法燻習。所謂染法燻習，以染法為能燻，淨法為所燻。因此惹起染法流轉的諸現象，相續不絕，即先行無明燻習。無明的存在如何？因依真如之法，故一切染法的第一原因的無明存在。既有無明，則此無明直接燻習于真如。清淨的真如受無明的燻習而起動，即成為業識的妄心。妄心一起，則妄心燻習實行。一有妄心，即還歸而直接燻習無明。于是無明益益增長，以至于不了解真如之法，轉識、現識等更加黑暗，不覺無明之念起，終于顯現妄境界。妄境界一顯現，于是妄境界燻習實行。此妄境界成為染法之緣，更從外燻習于業識的妄心，于是妄心益益增長，生起智相、相續相的法執的妄念和執取相記名相的我執的取著。由于此惑，造出起業相的種種業，由業發生業系苦相的心身的苦報。
無明→妄心→妄境→法執→我執→造業→受苦
↓／↓／↓／（注︰／應為向右上的箭頭符號。）
真如無明妄心
此妄境界燻習義，則有二種。雲何為二？一者，增長念燻習，二者，增長取燻習。妄心燻習義有二種。雲何為二？一者，業識根本燻習，能受阿羅漢、闢支佛、一切菩薩生滅苦故。二者，增長分別事識燻習，能受凡夫業系苦故。無明燻習義有二種。雲何為二？一者，根本燻習，以能成就業識義故。二者，所起見愛燻習，以能成就分別事識義故。
【要義】前略說染法燻習，今廣說之。即在妄境界、妄心、無明的三燻習中，各分為二種，詳說燻習之相。
略說染燻習時，限于無明、妄心、妄境界而說明。今則限于逆轉而陳述，即最後的妄境界燻習有二種，第一，所謂增長念燻習，乃依靠境界之力，使法執之念增長。第二，所謂增長取燻習，乃依靠境界之力，使我執的取著增長。其次的妄心燻習有二種，第一，所謂業識根本燻習，乃業識的妄心受根本無明的燻習，使三乘的聖者受變易的細苦，就是使阿羅漢(聲聞)、闢支佛(緣覺)、一切菩薩雖已脫離分段生死而還受變易生死。第二，所謂增長分別事識燻習，乃粗的妄心受枝末無明的燻習，能使凡夫受分段生死之苦。初頭的無明燻習有二種，第一，所謂根本燻習，乃根本無明受真如燻習，成為業、轉、現的三細阿黎耶識。今單舉初頭之一，稱為業識。第二的所謂所起見愛燻習，乃枝末無明的見愛受黎耶的心體的燻習，成為分別事識，即第六意識。
一八、淨法燻習
雲何燻習起淨法不斷？所謂以有真如法故，能燻習無明。以燻習因緣力故，則令妄心厭生死苦，樂求涅��。以此妄心有厭求因緣故，即燻習真如。自信己性，知心妄動，無前境界，修遠離法，以如實知無前境界故。種種方便，起隨順行，不取不念，乃至久遠燻習力故，無明則滅。以無明滅故，心無有起。以無起故，境界隨滅。以因緣俱滅故，心相皆盡，名得涅��，成自然業。
【要義】淨法燻習，以淨法為能燻，染法為所燻，所以陳述惹起淨法還滅的諸現象，相繼不絕之理。即先行真如燻習，真如法作為本覺而存在于煩惱妄念中，故能燻習無明。真如因有燻習于無明的因緣力，故在煩惱妄念的心中厭生死之苦，求涅��之樂。《義記》中稱此為本燻。此妄心中若起厭求的因緣，則妄心燻習實行，此厭求之心立刻反燻于真如。《義記》中稱此為新燻。
如此，知道自己的本性是唯心無境的，具有如來藏無量功德(十信)。知道真心為無明所妄動，成為業、轉、現的三細，心外別無境界(十住)。知道作為遠離之的方法而修習唯識觀等(十行)。更進一步，知道如實的心外的實境(初地)。以種種方便，起真如隨順行。此行乃真如無相之行，故無所取，無能念，無念無相(二地以上)。遂成為地前一大阿僧祗劫、地上二大阿僧祗劫的久遠劫的燻習力。
因此根本無明即滅。由于根本無明滅，業、轉、現的妄心不會生起。由于此妄心不起，故妄境隨之而滅，不會認識心外的實境。如此，則無明之迷與緣的境界相俱滅，于是迷的心相皆盡。此即佛陀涅��的妙果，故能作為自然的業用，顯現報化二身，而攝化眾生。
真如→厭求心→知己性→修遠離法→如實修行→得涅��→成業用
↓／↓／（注︰／應為向右上的箭頭符號。）
無明真如
妄心燻習義有二種。雲何為二？一者，分別事識燻習，依諸凡夫二乘人等，厭生死苦，隨力所能，以漸趣向無上道故。二者，意燻習，謂諸菩薩發心勇猛，速趣涅��故。真如燻習義有二種。雲何為二？一者，自體相燻習。二者，用燻習。
【要義】前略說淨法燻習，今廣說之。即分為妄心燻習和真如燻習二種，更各分為二種，詳說燻習之相。
與染法燻習的廣說一樣，現在的淨法燻習，也在廣說中倒逆地從妄心燻習說起。前文的染燻中，有妄心燻習之名，但前者是流轉門，今者是還滅門，其義相異。還滅門中之所以有妄心燻習之名者，由于即使是向上策修，在因位修行期間，盡皆為不覺妄心中的所作。首先，妄心燻習有二種。第一，所謂分別事識燻習者，是意識燻習，十信的凡夫、二乘等不知唯心之理，認為生死之外有涅��，涅��之外有生死，因此成為生死可厭，涅��可欣，隨自己之力而漸漸趣向無上菩提之道。第二，所謂意燻習者，本為業識，通稱五意。此乃三賢、十地的菩薩之所為，和以前的在事識的心外認識實境者不同，知道一切諸法唯識之理，了解黎耶的本識，幾乎達到能所未分的絕對的境地。因此其發心和修行都勇猛，迅速地趣向涅��。其次，真如燻習有二種。第一，所謂自體相燻習者，乃真如內燻，自體的本性的真如的體大、相大，從內燻發。第二，所謂用燻習者，乃真如別外燻，從真如的用大顯現報化二身而教化之。
自體相燻習者，從無始世來，具無漏法，備有不思議業，作境界之性。依此二義，恆常燻習。以有力故，能令眾生厭生死苦，樂求涅��，自信己身有真如法，發心修行。
【要義】真如燻習中，有自體相燻習和用燻習二種，今先陳述自體相燻習，即真如內燻。
所謂自體相燻習者，乃言雖吾等凡夫，亦從無始以來先天地具有無漏清淨的本覺，備有不思議冥燻的業用和境界的性。此所謂不思議冥燻的業用，乃言此無漏本覺之法燻用于眾生的妄心，使發生厭求心，以成能觀之智。所謂境界之性，乃言無漏本覺之法不僅有冥燻的作用，卻由于能觀之智而又成為所觀的境界。始本相對，則前者為始覺，後者為本覺。又，心境相對，則前者為心，後者為境。又，以體相而論，則前者為相，後者為體。實因此心境即體相的二義，故恆常地燻習妄心。由于燻習，故能使眾生發生厭離欲求之心，確信生死流轉的己身中有真如的大寶，而從事修行。此即真如內燻作用。
問曰︰若如是義者，一切眾生悉有真如，等皆燻習，雲何有信、無信、無量、前後差別？皆應一時自知有真如法，勤修方便，等入涅��。
答曰︰真如本一，而有無量無邊無明。從本已來，自性差別，厚薄不同故。過恆沙等上煩惱，依無明起差別。我見愛染煩惱，依無明起差別。如是一切煩惱，依于無明所起前後無量差別，惟如來能知故。
又，諸佛法有因有緣。因緣具足，乃得成辦。如木中火性，是火正因。若無人知，不假方便，能自燒木，無有是處。眾生亦爾，雖有正因燻習之力，若不遇諸佛菩薩善知識等，以之為緣，能自斷煩惱入涅��者，則無是處。若雖有外緣之力，而內淨法未有燻習力者，亦不能厭生死苦，樂求涅��。若因緣具足者，所謂自有燻習之力，又為諸佛菩薩等慈悲願護故，能起厭苦之心，信有涅��，修習善根。以修善根成熟故，則值諸佛菩薩示教利喜，乃能進趣向涅��道。
【要義】問曰，若有真如內燻，則一切眾生悉具有真如，但因此真如平等無差別，故同樣可以燻習，然則何以就現在看來，有有信心者，有無信心者？又就發起未來信心看來，亦有前後不同。此無量差別，則何故皆應一時自知有真如法，而勤修方便，同樣地進入如來涅��的境界？
答語中設二義︰第一義說，真如內燻雖然是同一的，但系無明煩惱人人厚薄不同，所以如此。第二義說，內因的真如燻習力和外緣的佛菩薩誘導力，內外因緣必須和合，此內外因緣和合千差萬別，所以如此。第一義，真如本來同一平等，非因人而差別的，但有無量無邊的根本無明，先天地自性差別，厚薄不同。因此從根本無明生起的過恆河沙數等的上煩惱(即所知障)，和我見(見惑)愛染(修惑)的煩惱(即煩惱障)，都發生種種差別。因此發起信心時有前後無量的差別。此惑性差別和無量前後，非吾等凡夫所能知，惟佛陀如來能知。(關于根本無明是否有厚薄，古來有異論，故在第十一章余論中說明)
第二義，是按佛教的通則說因緣和合之義。即認為內因外緣具足，一切承辦。譬如木會燃燒，乃木中存在著火性之故。這火性雖然完全是火的正因，但倘沒有人點火，給與外緣的方便，則木豈能自己燃燒？今眾生亦然，內面雖有打破無明的真如正因的燻習力，但倘外面不遇到諸佛菩薩善知識的緣，便無自己斷絕煩惱而入涅��之理。反之，雖有外緣，而無內燻淨法之力，亦不能徹底地厭惡生死之苦而樂求涅��。內因外緣和合具足，內有真如燻習之力，外有諸佛菩薩等的慈悲願力的護持，故能起厭苦之心，相信有涅��，修習善根。因有善根成熟之力，故能得諸佛菩薩的指示教授，獲得利益歡喜，益益進取，得入涅��大道。所以，眾生有信與不信，又信心發起有前後無量的差別，毫無疑義。
用燻習者，即是眾生外緣之力。如是外緣有無量義，略說二種。雲何為二？一者，差別緣，二者，平等緣。
【要義】二種真如燻習中，既說自體相燻習，次述用燻習之義。所謂用燻習，乃言從真如的用大中顯現報化二身，成為外緣，教化眾生。此外燻中雖有無量之義，但可略說二種，一是差別緣，二是平等緣。所謂差別緣，乃言應眾生的機緣而顯示種種相。所謂平等緣，乃言惟顯現佛身而行教化。
差別緣者，此人依于諸佛菩薩等，從初發意始求道時，乃至得佛，于中若見若念，或為眷屬父母諸親，或為給使，或為知友，或為怨家，或起四攝，乃至一切所作無量行緣，以起大悲燻習之力，能令眾生增長善根，若見若聞，得利益故。此緣有二種，雲何為二？一者，近緣，速得度故。二者，遠緣，久遠得度故。是近遠二緣，分別復有二種。雲何為二？一者，增長行緣。二者，受道緣。
【要義】所謂差別緣者，乃菩薩佛陀適應一切眾生各自的地位境遇而使之顯現身形，或使之懷念功德。然則菩薩佛陀的眾生教化的相狀如何呢？或者變作眷屬父母而對他施行慈愛，或者變作卑賤的給使而幫助他，或者變作知友而勸導他，或者變作怨家而恐嚇他，或者發生作為菩薩眾生教化的方法的布施、愛語、利行、同事的四攝法，以至現示一切所作，具有無量的行緣。由于如此發生深重的大慈，成為外緣即燻習，所以能使眾生增長善根，獲得見聞利益。此差別緣有二種，其一，所謂近緣，乃言根機成熟者可得迅速化度；其二，所謂遠緣，乃言根機未成熟者須久遠方得化度。此近遠二緣，又各分為二，即第一，增長行緣，乃發生真如無漏智以前的方便行；第二，受道緣，乃發生真如無漏智的正觀。
平等緣者，一切諸佛菩薩，皆願度脫一切眾生，自然燻習恆常不舍。以同體智力故，隨應見聞而現作業。所謂眾生依于三昧，乃得平等，見諸佛故。
【要義】所謂平等緣者，乃言諸佛菩薩用偉大的力量，平等地度脫一切眾生。即從無緣的慈悲自然地給眾生以燻習，恆常地攝取不舍。由于具有同體的智力，即凡聖染淨同一體的力用，故隨著眾生之可見聞者，而在其心中施行不思議的作業妙業。于是眾生由于真如平等的三昧，滅卻諸佛的身相德量，成為諸佛的身量平等，出現彼此無有分齊之相。
【詳義】關于差別緣和平等緣，《義記》中將差別緣配合于事識燻習，將平等緣配合于意燻習。關于受差別緣的機和受平等緣的機，都有說明。但多少含有艱澀之點，故在末注中試行種種解說。特別是《教理鈔》中，作詳細的問答；《要訣》亦試作注解。其文曰︰“此二緣所被之機，若就大體判別時，則差別緣，二乘及十信與三賢的菩薩感得之；平等緣，登地已上的菩薩感得之。若仔細判別時，則差別緣通于地上，平等緣亦通于地前。”《要訣》在仔細判別時說二緣皆可通地前、地上。但在大體判別時的說明，有與《義記》不一致之處。因此現在前後照應《義記》之說而理解時，可說差別緣之機是凡夫、二乘、十信，平等緣之機是三賢以上的菩薩。而關于可作為外緣的化主，則以差別緣為三賢乃至諸佛，平等緣為初地乃至諸佛。列表如下︰
此體用燻習，分別復有二種。雲何為二？一者，未相應，謂凡夫二乘初發意菩薩等，以意、意識燻習。依信力故而能修行。未得無分別心，與體相應故，未得自在業修行，與用相應故。二者，已相應，謂法身菩薩，得無分別心，與諸佛智用相應。惟依法力，自然修行，燻習真如滅無明故。
【要義】把上述的自體相燻習和用燻習，更就所化的人而合說。分別之為未相應和已相應。所謂未相應，乃地前；所謂已相應，乃地上是也。
所謂未相應者，乃言凡夫(不斷煩惱障)二乘(不斷所知障)初發意的菩薩(與二乘同)等，尚未斷無明，故不能悟得真如一法界之理；但受五意和六識的燻習，故又能以信賴真如之力而修行。何以名之為未相應呢？只因此位是有分別智，尚未和無分別心及真如法身之體相應，因而和後得智的自在業及報化二身之用也不相應故也。所謂已相應者，初地以上的法身的菩薩，已一分一分地斷絕無明，因此獲得無分別心，和真如法身之體相應，因而又和後得智的自在業及報化二身的智用相應，所以名之為已相應。實因此位的菩薩，依真如法之力而修行，特別是八地以上，自然地燻習于真如而滅無明，宛如順流而下的船，不勞鼓棹也。
復次，染法從無始以來，燻習不斷，乃至得佛，後則有斷。淨法燻習，則無有斷，盡于未來。此義雲何？以真如法常燻習故，妄心則滅，法身顯現，起用燻習，故無有斷。
【要義】上文已說明染法燻習和淨法燻習。今陳述此淨染二燻的有盡有否，即染淨二燻的終局論。
染法燻習從無始以來燻習不斷，漸次策勵修養，終于成佛，故為滅盡。即可說是無始有終。淨法燻習則盡未來際無有盡。因為真如之法本來隱然地存在，經常燻習，無有斷絕，故妄心即滅，則真如法身顯現，益益生起眾生起眾生外緣的用燻習，毫不斷絕，可說是無始無終的。
一九、體相用的三大
釋生滅門時，既已將“法”說畢。今更說體相用三大之“義”。在<立義分>中，曾分別為法和義。則以前的說明相當于法，現在的說明相當于義。又，在生滅門中，以上的說明，相當于<立義分>中所說法中開出生滅，而將此生滅解釋為“是心生滅因緣相”七字。現在的說明呢，則相當于“能示摩訶衍自體相用故”的十字。體相用三大不在真如門中說明，而此處獨在生滅門中說明，是因為真如門乃絕對的說明，故單言體；生滅門是相對的說明，故詳細地說明體相用三大。
復次，真如自體相者，一切凡夫、聲聞、緣覺、菩薩、諸佛，無有增減，非前際生，非後際滅，畢竟常恆。
【要義】說明體相用三大時，初說體相二大，次說用大。先說體相二大中的體大。所謂體大者，是在一切凡夫、聲聞、緣覺、菩薩、諸佛，都共通地平等無差別的。故從空間上說來，悟的佛也不增，迷的眾生也不減。又，從時間上說來，非生于前際的過去，亦非滅于後際的未來，畢竟常恆不變。
從本以來，性自滿足一切功德。所謂自體有大智慧光明義故，遍照法界義故，真實識知義故，自性清淨心義故，常樂我淨義故，清涼不變自在義故。具足如是過于恆沙、不離不斷、不異、不思議佛法，乃至滿足無有所少義故，名為如來藏，亦名如來法身。
【要義】說明相大時，先陳述真如的德相。所謂相大者，真如自性中本來圓滿具足無限的功德。因為真如的自體中，(一)有破滅無明的迷暗的大智慧光明之義。(二)有光明遍照法界之義。(三)有真實地識知諸法之義。(四)有脫離感染的自性清淨心之義。(五)有常(三世不改的)、樂(無苦的)、我(自在的)、淨(無煩惱的)四德具備之義，有清涼(無熱惱的)、不變(無報生滅的)、自在(無業的系縛的)之義。如此，便有超過恆河沙數的無量功德，不離真如之體，從無始以來相續不斷。此功德與真如同體一味，毫無差異。此實為不可思議的佛陀所證的功德法。具足如此無量邊的一切功德，無所缺少，故在因位名之為如來業藏，在果位名之為如來法身。
問曰︰上說真如，其體平等，離一切相。雲何復說體有如是種種功德？答曰︰雖實有此諸功德義，而無差別之相，等同一味，惟一真如，此義雲何？以無分別，離分別相，是故無二。
【要義】說真如有無量功德，則違反真如離相的主張，因此設問答以解釋之。問的是；前文說離言真如時，言真如之體絕對平等，離一切差別相。為何現在又說真如之體有大智慧光明等無量差別？答的是︰真如中雖實有大智慧光明等無量差別的功德，但無差別之相，與差別同時是無差別，只有完全等同一味，惟一絕對的真如。差別而又無差別，其理雲何？因為真如元來無分別，脫離吾等凡夫妄想分別之相故也。是故差別即無差別，有相即無相，現象即實在，無二致也。
復以何義得說差別？以依業識生滅相示。此雲何示？以一切法本來唯心，實無于念，而有妄心，不覺起念，見諸境界，故說無明。心性不起，即是大智慧光明義故。若心起見，則有不見之相。心性離見，即是遍照法界義故。若心有動，非真識知，無有自性，非常非樂，非我非淨，熱惱衰變，則不自在，乃至具有過恆河沙等妄染之義。對此義故，心性無動，則有過恆沙等諸淨功德相義示現。若心有起，更見前法可念者，則有所少。如是淨法無量功德，即是一心，更無所念，是故滿足，名為法身如來之藏。
【要義】前述差別而又不二，故今說不二而又差別之義。何以說無差別而又有差別？答曰︰真如起動，成為業識的生滅心，于是惹起種種相，反映而為顯現在妄心上的差別相，真如上也表示具有恆河沙數的功德差別相。然則如何對妄染反映真如功德相呢？一切萬法的本體本來是唯心的，即絕對平等，毫無差別的妄心的。然而沒有知道絕對之為絕對之明，沒有知道真如之為真如之明，則對絕對真如起差別的妄念，在心外看見諸境界。因此說無明，反映為此無明的迷暗。故心性中不起無明之時，即知是大智慧光明之義(是一)。倘妄心中起見，則同時便有能所主客，一方面有不見之相，反映于其上。故離心性的妄見，即知有遍照法界之義(是二)。若心性因妄念而起動，則非真識知反映于其上，因此有真實識知之義(是三)。也無自性，也無常樂我淨的四德，熱惱衰頹而不自在，乃至對過恆河沙等的妄染起動心性，則即是自性清淨，即是常樂我淨，而顯示過恆沙等諸清淨功德之相(是四)。若妄心起動，欲在心外認識一物，即有所缺。此清淨真如法中的無量功德，本來具有于一心中，非可更在心外求之。如此功德圓滿具足，故名之為法身如來藏。
復次，真如用者，所謂諸佛如來，本在因地發大慈悲，修諸波羅蜜，攝化眾生，立大誓願，盡欲度脫等眾生界，亦不限劫數，盡于未來，以取一切眾生如己身故，而亦不取眾生相。此以何義？謂如實知一切眾生及與己身，真如平等無別異故。以有如是大方便智，除滅無明，見本法身，自然而有不思議業種種之用，即與真如等遍一切處。又亦無有用相可得。何以故？謂諸佛如來，惟是法身智相之身，第一義諦，無有世諦境界，離于施作，但隨眾生見聞得益，故說為用。
【要義】所謂用大，是從真如顯現，乃產生報化二身世間出世間的善因果的力用。這已在<立義分>中陳述過了。今說明用大，提出報化二身的化他的妙用。並不勉強詳說產生世間出世間的善因果的力用。先總說用大，就佛陀的自利和利他而陳述用大之相。
所謂真如的用大，乃言諸佛如來在因地時，發大慈悲心，修諸波羅蜜行，立攝化眾生的大誓願，在橫的方面欲盡行同等地度脫一切眾生，又在豎的方面不限劫數，盡未來際，而對于一切眾生，就象思念自己一身一樣，但亦不取那人此人的眾生差別相。何以像自身一樣思念一切眾生而又不取眾生之相呢？因為一切眾生和自己乃真如平等，無有別異故也。此實為同體的大悲。由于有此因位修行，故能除滅無明煩惱而證見本有的法身。如此成就因位的自利而達到果位，故同時自然地發生種種不可思議的業用，此實為利他的大用。而此業用是等于真如之體的用，故與真如一樣地遍滿于一切處。雖遍滿于一切處，但並非具有可認為佛陀的化用的用相。然則何以佛具足三身呢？答曰︰佛的報化二身，是應眾生的機感而顯現的，故若無機感，則佛只是法身(理)智相(智)之身，即理智不二的真如法身。在第一義諦的真如之上，沒有第二義世諦上的差別境界，完全脫離設施造作。故真如法身雖湛然寂靜，但寂中常有照的作用，故能應眾生之機感而使之見聞，給與利益。因此說這是用大，此即報化二身的化用。
此用有二種。雲何為二？一者，依分別事識。凡夫、二乘心所見者，名為應身。以不知轉識現故，見從外來，取色分齊，不能盡知故。二者，依于業識。謂諸菩薩從初發意乃至菩薩究竟地，心所見者，名為報身。身有無量色，色有無量相，相有無量好。所住依果，亦有無量種種莊嚴，隨所示現，即無有邊，不可窮盡，離分齊相，隨其所應，常能住持，不毀不失。如是功德，皆因諸波羅蜜等無漏行燻及不思議燻之所成就，具足無量樂相，故說為報身。
【要義】在說明用大之時，先說隨機的感見而分為應身和報身之理。如前所述，諸佛在因位發無限慈悲誓願，成就永劫的修行，為欲顯現法身，阿時出現不思議的業用。此業用有二種。一者，依分別事識，以凡夫二乘之所見為應身。蓋凡夫二乘，執著內有六識、外有六境，不知唯心之理。詳言之，即從業識變成轉識，顯現于此轉識上的現識，正是一切的境，應身也畢竟是顯示在現識上的影像。但他們不知此理，卻以為是從外來的，就立丈六身、三十二相、八十隨形好色的分齊，分齊即無分齊，應身即遍滿于十方法界的報身，但此理他們不能盡知。二者，依于業識，以菩薩所見者為報身。蓋三賢十地的菩薩，知道由于業識，諸法乃唯心的所現，故不于佛身認分齊相。即佛身有無量之色，一一色有無量之相，一一相有無量之好。佛陀所住的依報的國土，亦有無量種種莊嚴。阿彌陀如來存在于西方極樂世界，而同時廣大無有邊際。如是所雲，皆是示現佛身，同時又遍滿于法界，是無邊的，是無盡的，完全脫離分齊相，惟應眾生的感見，經常佛力住持，顯現依正二報，非三災等所毀失者。如是功德，都是由于因位上的十波羅蜜的行燻即後天的始覺的修力，及不思議的燻習即先天的本覺的性德而成就者，具足無量的樂相，因此說是報身。要之，與佛陀本身並無何等區別，乃隨感見而示現報應二身。
又，為凡夫所見者，是其粗色。隨于六道，各見不同。種種異類，非受樂相，故說為應身。復次，初發意菩薩等所見者，以深信真如法故，少分而見，知彼色相莊嚴等事，無來無去，離于分齊，惟依心現，不離真如。然此菩薩猶自分別，以未入法身位故。若得淨心，所見微妙，其用轉勝。乃至菩薩地盡，見之究竟。若離業識，則無見相。以諸佛法身，無有彼此色相迭相見故。
【要義】更就應身與報身，陳述隨機的感見而有勝劣之理。首先，在應身之中，凡夫和二乘所見不同。凡夫所見的，乃粗色、劣相，隨六道而各各所見不同。然此等異類所見，非出世相，故非受樂相。論文中提出二乘之所見，因為二乘所見若是出世之相，是樂相，故說六道眾生並二乘的感見為應身。其次，就報身而言，所發意等地前的所見，深信真如之法，故得少分見。即關于那依正二報的色相、莊嚴等事，二乘如見釋尊，生于王宮，滅于雙林，有去來之相。反之，知道全離分齊，只是顯現于識上者，其實不離真如。然地前的菩薩，尚未悟解真如之法，故非無分別。但若得初地淨心，則幾分悟解真如，故其所見之相是微妙的，其用勝于地前。如此到達第十地，其所見就得到究竟了。既達妙覺位，離業識，則因無轉現二識的主客，故無有見相的可見之相。何則？因法身無彼此分別之相故也。初發意的菩薩，好比在朦朧月夜看花；初地的菩薩，好比在初三的月夜看花；地盡的菩薩，好比在十三四之夜看花；佛則是在三五之夜看花。
問曰︰若諸佛法身離于色相者，雲何能現色相？答曰︰即此法身是色體故，能現于色。所謂從本已來，色心不二，以色性即智故，色體無形，說名智身。以智性即色故，說名法身，遍一切處。所現之色無有分齊，隨心能示十方世界，無量菩薩、無量報身、無量莊嚴。各各差別，皆無分齊，而不相妨。此非心識分別能知，以真如自在用義故。
【要義】法身離色相，但現色相，設問答以釋之。問曰︰若諸佛的法身離色相，則何以現示報應等色相？答曰︰法身乃報應二身色相的本體，因此能顯現報應二身的色相。何則？本來色心不二也。色的本性，即本覺的智，故報應的色相的本性是無形的，名之為智身。又，智性本身就是色相；故有色相處即為法身；故言法身遍滿一切處。如此，色心不二，色性即智，智性即色，故所現色相也沒有若干丈、若干由旬等一定的分齊，乃應眾生的機感，一想到便能示現十方世界的無量的菩薩報身莊嚴，各有差別，但皆無分齊。雖一一遍滿十方世界，但無沖突，不相妨礙。此實非用凡夫妄想分別所能測知者，乃真如圓融無礙的大用之所致。
二 、真生不二
以上已在<解釋分>中說畢真如門和生滅門。其說明乃從真如起生滅，但有二義，現在依照攝生滅之相而歸入真如之體的次第，指示真生不二之義。
復次，顯示從生滅門即入真如門，所謂推求五陰，色之與心，六塵境界，畢竟無念。以心無形相，十方求之，終不可得。如人迷故，謂東為西，方實不轉。眾生亦爾。無明迷故，謂心為念，心實不動。若能觀察知心無念，即得隨順入真如門故。
【字義】所謂“五陰”，新譯名為五蘊。陰乃陰覆之義，即煩惱覆隱真如之義。此即色受相行識五者。色為物，余四者為心，即物質與精神是也。所謂“即得隨順”，乃言方便觀；“入真如門”，乃言正觀。
【要義】二門相對，會相入實，以顯不二之義，使從生滅門入真如門。換言之，即從生滅之動入真如之寂，從差別入無差別。
從生滅門的迷界證入真如的悟界，其方法如何？答曰︰先推求色受想行識的五陰，即一切有為的萬有，則色不出物與心二者。而其中就叫做物的、六塵的對象想來，畢竟是無念的，非存在于心以外之物。然則叫做心的東西如何？答曰︰心是無形的，無可捕捉。故不但心以外無六塵，即在心內亦不可求得。要之，所謂所緣客觀之物，是不可得的，是無相的。其次，就心而論，譬如人誤認東方(心性)為西方(能念)，但東方常是東方，心性到無論何處都不轉不動。眾生的迷，也是如此。由于無明妄想之力而起動心性，分別能念和所念。然而心性始終一貫，絕不動搖。故若能觀察，知道心性是無念的，去動入靜，則隨順接近于真如，終得證入真如，可知色心生滅差別的萬象，本身就是心性無差別平等絕對的真如。妄即真也，現象即實在也，生滅即真如也。故真生不二，此之謂入真如門。
二一、對治邪執
<解釋分>三段之中，已將顯示正義的一段說畢，現在要陳述對治邪執的一段。這是關于上文所說大乘的正義，深恐學者陷于邪解妄執，故作辯駁。
對治邪執者，一切邪執，皆依我見。若離于我，則無邪執。是我見有二種。雲何為二？一者人我見。二者，法我見。
【要義】先標明一切邪執皆由我見而起。此我見有人我見、法我見二種。此二種並非通常所言外
道凡夫的人我或法我，乃言執真如之法者。其中所謂人我見者，乃言我執不斷的初學大乘之徒所起的妄執。所謂法我見者，乃言不斷法執的二乘之徒的妄執一切法中有體性。
人我見者，依諸凡夫，說有五種，雲何為五？?一者，聞修多羅說，如來法身，畢竟寂寞，猶如虛空。以不知為破著故，即謂虛空是如來性。雲何對治？明虛空相是其妄法，體無不實。以對色，故有。是可見相，令心生滅。以一切色法，本來是心，實無外色。若無外色者，則無虛空相。所謂一切境界，惟心妄起，故有。若心離于妄動，則一切境界滅，惟一真心，無所不遍。此謂如來廣大性智究竟之義，非如虛空相故。
【要義】人我見有五種。此所謂凡夫，乃指前述的初學大乘的法徒。第一人我見，破斥邪執法身為人我見。經文中說如來的法譬如虛空。這是為了要破斥眾生以色身為實有的執著。但因眾生不知此義，以致認為虛空本身就是如來法身的體性。今破斥之。虛空者，乃是妄法，非是實體。只是對有形的色法物質假定為有而已。此時乃凡夫可見之相，和色法同樣地能在妄心上生滅顯現。但是一切色法，原來盡是真心的顯現，故心外無色法存在之理。色法既無，則對它亦無考慮虛空的存在之理。蓋一切虛界，乃惟一絕對的真心。由于真心妄動，因而出現境界。若離妄動，則無一切境界，只有一個真心。法界實乃惟一真心，故無所不周遍。此即如來本覺的性覺究竟之義，決非世間所謂太虛的虛妄法。
二者，聞修多羅說，世間諸法畢竟體空，乃至涅��真如之法，亦畢竟空；從本已來自空，離一切相。以不知為破著故，即謂真如涅��之性，惟是其空。雲何對治？明真如法身自體不空，具足無量性功德故。
【要義】第二，破人我見。即執著真如為空的，應當破斥。般若經等中，談一切皆空。謂世間諸法自不必說，涅��真如也畢竟是空之說。听信了此說，而不知這是為了破除從妄情執著的實有，于是發生把真如涅��的體性亦認為空無的邪執。今破除此邪執，以真如不空之理，指示大智慧光明等無量的功德具足。
三者，聞修多羅說，如來之藏無有增減，體備一切功德之法。以不解故，即謂如來之藏有色心法自相差別。雲何對治？以惟依真如義說故，因生滅染義示現說差別故。
【要義】第三破人我見，即破斥執著真如中有色心等差別之法。听見經文中有如來藏即真如中有大智慧光明等無量功德之說，便發生謬解，以為如來藏中有如吾人所思的差別。今破斥之。依據真如門無差別絕對之義，差別本身表示無差別之義；依據生滅門差別相對之義，反顯于生滅的染法中，說無量差別的功德，因此顯示無差別中的差別，應掃除妄情差別的見解。
四者，聞修多羅說，一切世間生死染法，皆依如來藏而有；一切諸法不離真如。以不解故，謂如來藏自體具有一切世間生死等法。雲何對治？以如來藏從本已來，惟有過恆河沙等諸淨功德，不離不斷，不異真如義故。以過恆沙等煩惱染法，惟是妄有，性自本無。從無始世來，未曾與如來藏相應故。若如來藏體有妄法，而使證會永息妄者，則無是處故。
【要義】第四破人我見，即破斥執著真如之體中有惡法。听見經文中說世間生死的妄染諸法皆因如來藏而有，一切諸法不離真如。便誤解真如隨緣之義，執著為如來藏自體中真接具有一切世間妄染惡法。今破斥之。如來藏真如的本體，雖是本來染淨不二的絕對界，但在其相大中，有過恆沙等的淨功德，乃不離(用即)不斷(用常)不異(體一)之物。煩惱惡法，只在妄情之前顯現，本來無有其體性。因為從無始已來，未曾隨順相應于如來藏真如故也。若如來藏真如中有妄法，則積修養之功，妄法即當愈益顯現。而修顯證會真如的結果，可永遠斷滅妄法。由此觀之，妄法無可有之理。如此斥破此人我見。(關于此義，華嚴緣起論和天台實相論有異見。參看<立義分>中說義之下的詳義之條。又參照《教理鈔》十七(二十丁)、《四明教行》四(十六丁)等)。
五者，聞修多羅說，依如來藏，故有生死；依如來藏，故得涅��。以不解故，謂眾生有始。以見始故，復謂如來所得涅��，有其終盡，還作眾生。雲何對治？以如來藏無前際故，無明之相亦無有始。若說三界外更有眾生始起者，即是外道經說。又如來藏無有後際，諸佛所得涅��，與之相應，則無後際故。
【要義】破斥第五種人我見，即破斥眾生有始及還作從生的執著。經文(《勝 經》等)中有依如來藏而有生死之迷，依如來藏而有涅��之悟之說。听到了此說，由于不了解無明無始之義，遂發生真前妄後之執，認為有眾生出生之始。因已起真前妄後之執，故隨之而起悟後卻迷之執。一旦獲得如來涅��之悟者，又還執著于作迷的眾生。今破斥之︰如采藏真如乃無始的存在，故無明亦是無始的存在。因無明無始，故眾生之生亦復無始。倘說三界內眾生之外更有眾生始生，則是外道經的說法(《仁王經》中說三界之外別有一眾生界藏，乃外道大有經中的說法，非七佛說)。又，如來藏真如是無始的，同時又是無終的。因此與如來藏真如相應契當的佛陀涅��的悟，也是無終的。豈有還迷而作眾生之理？如此加以辯駁。
以上人我五執中，前二者是關于空的執著，後三者是關于有的執著。又，最初一者限于果，後四者是貫通因果的迷執。
法我見者，依二乘鈍根故，如來但為說人無我。以說不究竟，見有五陰生滅之法，怖畏生死，妄取涅��。雲何對治？以五陰法自性不生，則無有滅，本來涅��故。
【要義】以上破斥了五種人我見，今說法我見。所謂法我見，由于二乘鈍根，故如來只說人空法有之理，未說法空之理，但二乘的劣機，執著了法的實有，畏怖生死，妄取灰身滅智的小果。今斥破之。須知五蘊身心之法，其本身是不生不滅的真如，故無有滅，本來是常住涅��。用此大乘法義加以辯駁。
復次，究竟離妄執者，當知染法淨法皆悉相待，無有自相可說。是故一切法從本已來，非色非心，非智非識，非有非無，畢竟不可說相。而有言說者，當知如來善巧方便，假以言說，引導眾生。其旨趣者，皆為離念，歸于真如。以念一切法令心生滅，不入實智故。
【要義】以上的人法二見，是說明“對治離”，今陳述“究竟離”。上述的對治離，乃為了破除各種邪執，而用與之相應的法義，使能治與所治相對而掃除邪執。猶如對于各種疾病，使用一一相對的藥。今此究竟離，則為欲掃除一切邪執，一切言語泯亡，達于無念之境，悟入真如，即所謂“言語道斷，心行處滅”者也。好比欲使藥石奏效，病患根除，而藥也沒有，病也沒有。然則其究竟脫離妄執者如何？原來所謂染法，所謂淨法，全都是相對的假名，其真如不可得也。蓋一切諸法的真如覺體，非色非心，非果位的智，亦非因位的識，又非有，又非無，畢竟是離言不可說的。所以用言語來說明者，乃佛陀如來的善巧方便，于無言說中起言說，以引導眾生，使達于真如離言之境。但倘思念染淨一切之法，則滯于相對生滅，不能進入悟通真如的實智。因此泯亡相對言說的差別，悟入絕對離言的妙境界，是必要的。
二二、分別發趣道相
<解釋分>三段之中，已將顯示正義及對治邪執的二段說畢，今說分別道相發趣。上兩段相當于大乘的“大”，乃理論的、哲學的說明。今此段相當于大乘的“乘”，乃實踐的、宗教的說明。
分別發趣道相者，謂一切諸佛所證之道，一切菩薩發心修行趣向義故。略說發心有三種。雲何為三？一者，信成就發心。二者，解行發心。三者，證發心。
【要義】所謂分別發趣道相，意思是說，分別發趣于道的相。即在諸佛所證的佛果菩提的道上，一切菩薩發菩提心而修行，說明趣向的義相。換言之，乃論述立志進趣于無上道的路徑過程。此路徑過程大別為三種，一者，信成就發心，乃言在十信位上修習信心，其信成就，進入十住不退位。二者，解行發心，乃言在十行、十回向位上了解法空之．理，隨順于真如，修養六度的妙行。三者，證發心，乃言在十地位上證真如。即前二者為地前的相似比觀，後一者為地上的真實正觀。
信成就發心者，依何等人，修何等行，得信成就，堪能發心？所謂依不定聚眾生，有燻習善根力故，信業果報，能起十善，厭生死苦，欲求無上菩提，得值諸佛，親承供養，修行信心。經一萬劫，信心成就故，諸佛菩薩，教令發心。或以大悲故，能自發心。或因正法欲滅，以護法因緣，能自發心。如是信心成就得發心者，入正定聚，畢竟不退，名住如來種中，正因相應。若有眾生善根微少，久遠已來，煩惱深厚。雖值于佛，亦得供養，然起人天種子，或起二乘種子。設有求大乘者，根則不定，若進若退，或有供養諸佛，未經一萬劫，于中遇緣，亦有發心。所謂見佛色相而發其心，或因供養眾僧而發其心，或因二乘之人教令發心，或學他發心。如是等發心，悉皆不定，遇惡因緣，或便退失墮二乘地。
【要義】第一信成就發心中，先述信心成就之相。所謂信成就發心，是何等樣人所作的呢？作何等的修行呢？如何信心成就而得發心呢？答曰︰先舉能修的人，乃不定聚(十信位)的人。其次，表示其修行，則是由于具有宿世以來內外兩燻的善根，故能信善惡二業的果報，起十善，厭生死苦，願求無上菩提，值諸佛，親為供養，以此修信心，經一萬劫，獲得信心成就。講到其發心的成就，則因如此信心成就，佛菩薩教使發心，或以眾生救濟的大悲而自己發心，或慨嘆正法的衰滅，從護法的精神上自己發心。能如是信心成就而發心的人，進于正定聚不退位(十住位)，得到當來必可成佛的金剛種子，與本覺內燻的正因相應，不再墮入二乘地。
以上乃不定聚的勝根，但若是不定聚中的劣機，則如何？答曰︰此乃善根微少，而久遠劫以來煩惱深厚之人，故雖值佛供養，只修行五戒十善，起人天的種子；修行四諦十二因緣，而起二乘的種子而止。設有求大乘佛果之人，但其根機不定，一進一退無常，或供養諸佛未經一萬劫，則或見佛的色相，或供養眾僧，或因下劣的二乘的教令，或學習其他的教，遇此種緣而發心。此等發心悉皆不定，遇到像舍利弗那樣的惡因緣時，便墮入二乘地。
復次，信成就發心者，發何等心？略說有三種。雲何為三？一者，直心，正念真如法故。二者，深心，樂集一切諸善行故。三者，大悲心，欲拔一切眾生苦故。
【要義】第一信成就發心中，今指示發心中的三心。發心有三種，一為直心，即別無歧途，正直地念及真如，乃二行之根本。二為深心，為欲歸向心源，樂集一切善行，乃自利行。三為大悲心，即眾生救濟的大悲心，乃利他行。此三種心，在橫的方面說，從初悉皆具足，但若在豎的方面說，則順次相當于十住、十行、十回向。《義記》中淨此三心配合于三聚戒、三德、三回向，即如下︰
直心——攝律儀戒——斷——實際回向——止惡——根本
深心——攝善法戒——智——菩提回向——修善——自利
大悲心一攝眾生戒——恩——眾生回向——救濟——利他
問曰︰上說法界一相，佛體無二，何故不惟念真如，復假求學諸善之行？答曰︰譬如大摩尼寶，體性明淨，而有礦穢之垢。若人雖念寶性，不以方便種種磨治，終無得淨。如是眾生真如之法體性空淨，而有無量煩惱染垢。若人雖念真如，不以方便種種燻修，亦無得淨。以垢無量，遍一切法故，修一切善行，以為對治。若人修行一切善法，自然歸順真如法故。略說方便有四種。雲何為四？
【要義】發心中除直心之外，更有深心和大悲心，以問答說明其理。問曰︰上文說同相之下，法界一相，佛凡同體，乃惟一真如。然則只要注念真如，便已足夠，何必更發深心與大悲心而修善行？答曰︰譬如大摩尼(如意)寶珠的性體雖然明淨，但因有礦穢的垢。倘使人不念其為寶，不用方法來磨治它，則終不能發散明淨的光輝。今此亦然︰眾生所有的真如，其體性也本來是空淨的，只因有無量無邊的煩惱，便不念真如，或不修善行，故畢竟不能明淨。修善行有如此的必要。蓋善行違背煩惱妄法，隨順于真如本覺。故倘能發深心大悲心而修習善行，則自然可以歸順真如。隨順于真如，雖方便無量，略說之亦有四種，即如下。
一者，行根本方便。謂觀一切法自性無生，離于妄見，不住生死。觀一切法，因緣和合，業果不失，起于大悲，修諸福德，攝化眾生，不住涅��。以隨順法性無住故。二者，能止方便。謂慚愧悔過，能止一切惡法不令增長。以隨順法性離諸過故。三者，發起善根增長方便。謂勤供養禮拜三寶，贊嘆隨喜，勸請諸佛。以敬愛三寶淳厚心故，信得增長，乃能志求無上之道。又因佛法僧力所護故，能銷業障，善根不退。以隨順法性離痴障故。四者，大願平等方便。所謂發願盡于未來，化度一切眾生，使無有余。皆令究竟無余涅��。以隨順法性無斷絕故。法性廣大，遍一切眾生，平等無二，不念彼此，究竟寂滅故。
【要義】第一，行根本方便者，乃言兩種二利行的根本，即因有智慧而不住生死，因有慈悲而不住涅��。即法性真如的不變隨緣有此二義，不住著于一方。第二，能止方便者，乃消極的自利，即止惡，所謂止持門是也。即符合于脫離法性真如的諸過。第三，發起善根增長方便者，乃積極的自利，即修善，所謂作持門是也。即符合于脫離法性真如的痴障。第四，大願平等方便者，乃攝化眾生的利他。在時間上盡未來際，在空間上不漏一切眾生，使悉皆平等，悟入究竟涅��。
菩薩發是心故，則得少分見于法身。以見法身故，隨其願力，能現八種利益眾生。所謂從兜率天退，入胎，住胎，出胎，出家，成道，轉法輪，入于涅��。然是菩薩未名法身。以其過去無量世來有漏之業，未能決斷，隨其所生與微苦相應。亦非業系，以有大願自在力故。如修多羅中，或說有退墮惡趣者，非其實退，但為初學菩薩未入正位而懈怠者恐怖，令彼勇猛故。又，是菩薩一發心後，遠離怯弱，畢竟不畏墮二乘地。若聞無量無邊阿僧祗劫，勤苦難行，乃得涅��，亦不怯弱。以信知一切法從本已采自涅��故。
【要義】說明發心的利益，有四段。第一，顯勝德；第二，明微過；第三，通權教；第四，嘆實行。
第一，所謂勝德者，乃言初住位的菩薩，由于發以上三種心，故能以相似比觀的智慧去理解少分真如的法身。因見真如，故能隨自己的願力，自由地示現八相成道。第二，所謂微過者，初住位的菩薩由于未曾全斷有漏之業，故有變易生死的微苦。又，在故留潤生的情況之下，有分段生死之苦，但不似吾人凡夫的業系，乃從度生的大願發起，故其壽命也有伸縮自在之力。第三，所謂通權教者，經文中曾說十住的菩薩有退墮到三惡趣者，並非真實的退墮，乃欲激勵未入正定的十信位者。第四，所謂嘆實行者，乃言十住位的菩薩一度發心，信知一切法本來涅��之理，故不怕退墮到二乘地，听到欲得涅��必須永劫修行的話，也不畏懼，畢竟勇猛精進。
解行發心者，當知轉勝。以是菩薩從初正信已來，于第一阿僧祗劫將欲滿故，于真如法中，深解現前，所修離相。以知法性體無慳貪故，隨順修行檀波羅蜜。以知法性無染，離五欲過故，隨順修行戶羅波羅蜜。以知法性無苦，離嗔惱故，隨順修行羼提波羅蜜。以知法性無身心相，離懈怠故，隨順修行毗黎耶波羅蜜。以知法性常定，體無亂故，隨順修行禪波羅蜜。以知法性體明，離無明故，隨順修行般若波羅蜜。
【要義】今述第二解行發心。所謂解行發心者，從前文的正信(初住)進展，今已入十行，又將行滿十回向，將結束三大阿僧祗劫的中初阿僧祗，故對真如發生深解。所謂深，乃對前位的淺而言；所謂解，乃言不及後位的證。因如此深解現前，故其修相能符合真如的兄相。雖終日能行，而不認識其相，全離修相，即隨順真如，修六波羅蜜。波羅蜜，譯語是到彼岸，略稱度。真如之中，沒有從差別而來的慳貪，故隨順之而修檀(布施)波羅蜜。又，真如之中，無有染污，脫離色聲香味觸的五欲之過，宇宙自然的規律無所過失，故隨順之而修尸羅(持戒)波羅蜜。又，真如之中，無有塵垢，因而脫離嗔惱，隨順之而修羼提(忍辱)波羅蜜。又，因真如遠離身心之相，故無懈怠，隨順之而修毗黎取(精進)波羅蜜。又，真如常住，無有散亂，隨順之而修禪(禪那，即言靜慮)。又，真如之體明淨，無有無明，隨順之而修般若(智慧)。此即解行發心的真如隨順
┌檀那——布施——慈悲——無貪
├尸羅——持戒——規律——無過
六波羅蜜┼羼提——忍辱——忍耐——無
├毗黎耶—精進——勉強——無怠
├禪那——禪定——靜思——無亂
└般若——智慧——智識——無痴
證發心者，從淨心地，乃至菩薩究竟地，證何境界？所謂真如，以依轉識，說為境界。而此證者，無有境界，惟真如智，名為法身。是菩薩于一念頃，能至十方無餘世界，供養諸佛，請轉法輪。惟為開導利益眾生，不依文字，或示超地速成正覺，以為怯弱眾生故；或說我于無量阿僧祗劫當成佛道，以為懈怠眾生故，能示如是無數方便、不可思議。而實菩薩種性根等，發心則等，所證亦等，無有超過之法。以一切菩薩皆經三阿僧祗劫故，但隨眾生世界不同，所見所聞根欲性異，故示所行亦有差別。
【要義】述第三證發心，初說發心之體。所謂證發心者，其地位如何？答曰︰乃在從初地的淨心位至第十地究竟位而證。證如何境界？真如是也。所謂證，乃言用根本無分別智去照見真如無差別的理體，故離去能所，超越主觀客觀，乃絕對一相一枚(疑“味”宇之誤——編者識)，故別無所謂境界。而現在特地提出境界，乃因十地菩薩未達果位，故後得有分別智之中業識不盡，隨之而轉現的二識猶存。因此指由于轉識而來的現識中映現的真如為境界。須知根本智中，本來無有境界，因此直指此真如根本智為法身。
其次，此菩薩根本無分別智之上所顯現的後得有分別智的勝用如何？由于用此智照見差別界，故一切差別無不照見，苦惱的眾生一一出現，于是發起救濟的大悲。即無有用微妙的文字言語來稱贊的私意，而一意專心攝化眾生，因此能在一念之頃到達十方無邊的世界，而供養諸佛，請其說法。又，為了對長時的修行心懷怯弱的眾生，經歷劫數，超越地帶，成就正覺。又，為了認為佛道易修而懈慢的眾生，說需要無量劫。度生攝化的方便是無量不可思議的。
但在實際上，此菩薩之種性，根與發心、與所證皆相等，決無超過之法。地前一阿僧祗，地上二阿僧祗，合起來，都需要三阿僧祗劫的修行。只是隨眾生之感見，而其示現有種種之差別耳。
又，是菩薩發心相者，有三種心微細之相。雲何為三？一者，真心，無分別故。二者，方便心，自然遍行利益眾生故。三者，業識心，微細起滅故。
【要義】次陳述發心之相。十地菩薩發心之相有三種。第一，所謂真心，乃證真如的理體的根本智。第二，所謂方便心，乃眾生攝化的後得智。第三，所謂業識，異于佛果圓滿之德，表示有微細起滅之累。可知在實理上，此菩薩尚有業、轉、現的阿黎耶識。
又，是菩薩功德成滿，于色究竟處示一切世間最高大身。謂以一念相應慧，無明頓盡，名一切種智。自然而有不思議業，能現十方，利益眾生。問曰︰虛空無邊故，世界無邊；世界無邊故，眾生無邊；眾生無邊故，心行差別亦復無邊；如是境界，不可分齊，難知難解。若無明斷，無有心想，雲何能了，名一切種智？答曰︰一切境界，本來一心，離于想念。以眾生妄見境界，故心有分齊。以妄起想念，不稱法性，故不能決了。諸佛如來，離于見想，無所不遍，心真實故，即見諸法之性，自體顯照一切妄法，有大智用無量方便，隨諸眾生所應得解，皆能開示種種法義。是故得名一切種智。
【要義】最後說明功德成滿，更就一切種智，設問答以解疑。菩薩十地位正確地究竟之時，功德成滿，達于佛果位。此時在色界的頂上的摩醯首羅天，示現一切世間色身中最高大的身體，只用一念契合全分真如的始覺的智慧，頓斷根本無明。因頓斷無明，故顯現一切種智。所謂一切種智，名為根本後得無礙之智，或稱為真俗無礙之智，乃一切無不遍照之智也。此智上自然有不可思議的業用，能現于十方，攝化眾生，給與利益。《義記》中以一切種智配合智淨相，以不思議業配合不思議業相，因皆是本覺隨染之所成故也。
關于一切種智的疑問是︰宇宙廣大無邊，人生無量無邊，其間差別亦復無邊，難知難解，雖是一切種智，亦不能一一 解。如此，不但在客觀對象上疑問，在主觀上，若說無明頓斷無有心想，則與一切種智一一 解也相矛盾。于此甚是懷疑。答曰︰客觀對象的境界，本來不出一心之外。此一心絕對平等，脫離心想。是以一切無所不照。眾生因有妄分別的心想，故在心外認境，甚不自由，又有不能照之處。然諸佛如來，離主客的見相，全無心想，故無所不遍，無所不照。因此而起攝化眾生的大悲，開示種種法義，尚有何疑？
又問曰︰若諸佛有自然業，能現一切處，利益眾生者，一切眾生，若見其身，若睹神變，若聞其說，無不得利。雲何世間多不能見？答曰︰諸佛如來法身平等，遍一切處，無有作意故，而說自然。但依眾生心現。眾生心者，猶如于鏡。鏡若有垢，色像不現。如是眾生心若有垢，法身不現故。
【要義】前文解答關于一切種智的疑問，今解釋關于自然業智的疑問。前文言諸佛如來自然有不思議之業，能示現一切處，利益眾生。然則眾生何以不見聞佛身？答曰︰諸佛如來的法身，乃真如平等無差別者，遍滿于宇宙中，但斷絕作意分別之想，是自然的，只是適應著眾生的感見。故眾生有塵垢，猶如鏡面有垢，不能映現萬像，法身上無由顯現報化二身。