根——大中觀（如來藏思想）
從整體來說，密乘各部都建立于同一的根道果意趣。根是修持所依的基礎，道是修持的方便，果是依修持所得的證量。
密乘修持以本覺為根。所謂本覺，即是既無解脫亦無束縛的原始覺性。他是六道有情的內在光明，離一切語言文字思維。
這種本覺，原與佛身、佛性、佛界和諧；亦為大樂的本體。他既不中斷，且為真實的自性。
然而我們卻不能把這種本覺，看成跟外道的“神我”、“梵我”一樣，是永恆自我的建立，因為本覺只建立于經驗界，他只是一種證悟的境界。這種境界可以用大樂、光明、無念來形容，然而亦只是形容而已，真實的境界須由修行的人自己去體驗。
輪回和涅��就是這麼的一回事，能夠證知此本覺的人，便可斷輪回而入涅��，若不能證知，則落生死流轉。
這種本覺稱為“如來藏”。由他的空性，可證如來法身的真實；由他的作用，可證如來色身的真實——如來的“色身”，即是報身與化身。
因此“如來藏”的建立，與中觀應成派的說法並不相違。輪回涅��都建立在如來藏的功能作用之上，而且是直接體驗輪涅，並不視之為“自證分”所生的外境。這種觀點，即同應成派的觀點。
所以，如來藏的二諦可以這樣建立——
涅��的境界真實，是勝義諦；輪回的現象真實，是世俗諦。
這里所說的只是境界與現象，若以本體而言，則輪回涅��都無自性，由是說無區別。
可以比較一下應成派的二諦——以究竟量尋求而有所得，即是勝義諦。涅��的境界，即符合此點；以名言量尋求而有所得，即是世俗諦。輪回的現象，亦符合此點。
這種如來藏思想，便即是“大中觀”，跟應成派不同之處，在于離一切邊見。例如建立尋求的量，便即是有區別，是故亦落邊見。
道——瑜伽行
密乘修持的道，從世俗來說，可以看成是對覆蓋于如來藏上的污染作清洗，怎樣清洗，那便是道次第的分別。由事續到無上瑜伽續，每一次第都有各別的方便。
然而任何清洗污染的方法，都無自性，因為只是人為的造作，一有作意便不真實。而且修持時所緣的客體（如本尊、壇城等；又如氣、脈、明點等），他們亦無自性，所以修道便是這麼一回事︰以無自性的心識，來清洗心識上無自性的污垢。
正因為這樣，所以才稱為修道上的“方便”——方便即是權宜的措施。一切密法，無非只是方便，包括灌頂、壇城觀、本尊觀、細身（脈氣點）觀、獻曼達、持咒、手印等等都是。
從勝義來說，所謂修道，只是對涅��境界的證驗，對如來藏根本無須清洗，只去證驗心識不受污染的狀態。真正的證驗，無能所，無生滅，無淨無垢，無整無治，亦離取舍。
當行方便道時，也須要知道勝義。任何境界的生起都無自性，因此對一切境界都不應執著，尤應離取舍而修。
果——成佛
密乘修持的果，即是修行道上的解脫狀態。解脫狀態的獲得，是基于修行道上“止觀”的力量。“止”是將心念集中于一境界（無念也是一個境界，因此當修無念時，也可以勉強這樣說︰將心念集中于無念）。“觀”則是對境界中所呈現的種種相作觀察，了知其空性。
但卻並不是先生起一個境界，然後才加以觀察，而是于生起的同時，即了知其不真實。這樣做，稱為“止觀雙運”，由是即得圓滿成就。至于止觀的實際修習，各師自有口訣。
外內密各部修持有各自的道果，那是由于修行道上的方便各有不同，是故解脫狀態即有不同。然而無論何部，其究竟果唯是解脫。但卻須了知，唯修“大圓滿”始能證極果，此即成佛。