依照學術界的觀點，從密教思想的產生、發展到鼎盛，時間上大致分為早、中、晚三期。
早期密教一般稱為雜密，“雜”並非混雜不純粹，而是指雜部密教，也就是在密宗兩部根本經典《大日經》和《金剛頂經》未結集流傳前，由釋迦牟尼佛顯說于佛教經典各部中的密法和陀羅尼等。隨著中土譯經事業的開展，西晉時期已傳至中土，主要是菩提流支和阿地瞿多從印度傳來的密法。現在流行于中土的許多單行密法，多是早期雜密，它與顯教各部經典的譯傳和各宗派的開創相聯系，發展至今綿延不絕。
對于咒術，釋迦牟尼在創立佛教的初期是嚴加禁絕的。曾明確規定，凡是佛教僧人都不應學習和使用任何形式的咒語，如鬼咒、病咒、水火咒、安宅咒、火燒解咒、鼠咬解咒等等，也不能從事佔卜生死、解夢、相手、相面、佔星象等活動。
如《長阿含經》卷十四《梵動經》雲“如余沙門、婆羅門食他信施。行遮道法。邪命自活。召喚鬼神。或復驅遣。種種厭禱。無數方道。恐熱于人。能聚能散。能苦能樂。又能為人安胎出衣。亦能�餿聳棺髀柯懟Ｒ嗄蓯谷肆 く𦛚@。現諸技術。叉手向日月。作諸苦行以求利養。沙門瞿曇無如是事。如余沙門、婆羅門食他信施。行遮道法。邪命自活。或為人�獠 ；蛩卸 狻；蛩猩 狻；蛭 椒健 脛恕 ┤ Ａ浦沃誆 Ｉ趁踫年嘉奕鞜聳隆Ｈ纈嗌趁擰⑵怕廾攀乘 攀 Ｐ姓詰婪 Ｐ懊 曰睢； 饉 稹；蛭 狻；蛩 x利�狻；蛩邢 狻；蛑Ы 狻；虯艙 狻；蚧鶘鍘⑹ 苣 ﹦ 狻；蛩兄 郎 欏；蛩忻問欏；螄嗍置妗；蛩刑 氖欏；蛩幸磺幸羰欏Ｉ趁踫年嘉奕鞜聳隆Ｈ纈嗌趁擰⑵怕廾攀乘 攀 Ｐ姓詰婪 Ｐ懊 曰睢Ｕ跋 焓薄Ｑ雜瓴揮輟９裙蠊燃 ６嗖∩儼 ？植臘慘 ；蛩檔囟 縲恰 率礎⑷帳礎；蜓孕鞘礎；蜓圓皇礎７矯嫠 ＝閱薌侵 Ｉ趁踫年嘉奕鞜聳隆Ｈ纈嗌趁擰⑵怕廾攀乘 攀 Ｐ姓詰婪 Ｐ懊 曰睢；蜓源斯 筆ぁ１斯 蝗紜；蜓員斯 筆ぁ４斯 蝗紜Ｕ跋嗉 住Ｋ燈涫⑺ァＩ趁踫年嘉奕縭鞘隆Ｖ畋惹稹４聳淺紙湫︵∫蛟怠１斯鹽歐卜蛞源頌痙稹！ br />
但到了後來，隨著大量婆羅門教的信徒改宗佛教，僧團中出身于“外道”的人日益增多，考慮到這些人的哲學觀念，釋迦牟尼開始允許弟子們使用善咒來治療宿食不消、毒蛇咬傷、牙痛、腹痛等。
如《四分律》卷二十七雲“爾時婆伽婆。在舍衛國 樹給孤獨園。時有六群比丘尼。誦種種雜�饈酢；蛑Ы 狻； x利�狻９ 餳 狻；螄白 孤植貳；螄敖庵 羯 Ｊ敝畋惹鵡崳牌渲杏猩儆 閾型吠永盅Ы渲 牙 摺︰竊鵒 罕惹鵡嵫浴Ｈ暝坪蝸八腥縭侵種種Ы 餑酥兩庵鉅羯 狻︰竊鷚淹 字畋惹稹Ｖ畋惹鶩 追稹７鷚源艘蛟導 惹鶘 ︰竊鵒 罕惹鵡帷Ｈ晁 恰７峭 欠巧趁歐 ７薔恍蟹撬嫠承小Ｋ 揮ξ Ｔ坪嗡邢爸種 饈蹌酥兩庵 羯 ︰竊鷚迅嬤畋惹稹４吮惹鵡岫嘀鐘新┐ψ畛醴附洹Ｗ越褚訝ビ氡惹鵡嶠嶠洹＜ 湟 一)攝取于僧，(二)令僧歡喜，(三)令僧安樂，(四)未信者信，(五)已信增長，(六)難調者調，(七)慚愧者安，(八)斷現有漏，(九)斷當來有漏，(十)令正法久住。乃至正法久住。欲說戒者當如是說。若比丘尼誦習世俗�饈跽 ㄒ萏帷１惹鵡嵋迦縞稀Ｊ浪 饈跽摺ＶЫ諛酥兩庵 羯 病１惹鵡崴邢笆浪 饈蹌酥烈羯 Ｈ艨謔莧糝次乃小Ｋ刀 肆瞬ㄒ萏帷２渙肆送患 蕖１惹鶩患 蕖Ｊ講婺δ巧趁稚趁幟嵬患 蕖Ｊ俏轎 浮２環剛摺Ｈ羲兄胃鼓誄娌 狻Ｈ羲兄嗡奘巢幌 狻Ｈ粞 槿羲惺浪捉搗 獾 狻Ｈ羲兄味 庖曰ど砉飾薹浮Ｎ薹剛摺Ｗ畛蹺粗平洹３湛襉穆彝茨賬 薄 br />
又《十誦律》卷四十六雲“佛在舍衛國。爾時迦羅比丘尼。先是外道。棄舍經律阿妬S肌＝貪滓露 了兄種 饈酢Ｊ侵杏斜惹鵡帷Ｉ儆 閾型吠印Ｎ攀鞘灤牟幌病Ｖ種忠蛟島竊鷓浴Ｔ坪蚊 惹鵡帷Ｆ 峋 砂 酬肌＝貪滓露了兄種種涫踔種忠蛟怠︰竊鷚嚴蚍鴯闥怠７鷚允鞘錄 可 Ｖ 飾叔嚷薇惹鵡崛曄底魘鞘虜弧４鷓浴Ｊ底魘雷稹７鷚災種忠蛟島竊鷓浴Ｔ坪蚊 惹鵡帷Ｆ 峋 砂 酬肌＝貪滓露了兄種 饈酢Ｖ種忠蛟島且延鎦畋惹稹Ｒ允 省Ｓ氡惹鵡嶠嶠洹４詠袷牆漵θ縭撬怠Ｈ舯惹鵡帷＝貪滓露了兄種 饈酢２ㄒ固帷２ㄒ固 摺Ｉ罩蟾艙稀Ｈ舨換詮 習 饋Ｊ侵蟹剛摺Ｈ舯惹鵡嶠貪滓露了兄種 饈酢Ｈ羰琴仕怠Ｙ壽什ㄒ固帷Ｈ羰欽濾怠Ｕ掄虜ㄒ固帷Ｈ舯鵓淥怠＞渚洳ㄒ固帷２環剛摺＝潭了兄緯 飧雇 庵味 狻Ｈ粑 鞀ぐ慘 什環浮薄 br />
由此可見在早期佛教咒語被嚴格禁止，尤其是惡咒，也不允許以咒術謀生。逮至部派佛教時期，咒語的使用範圍擴大了。它不僅用于治病防身，而且用來降伏外道惡魔，策使鬼神。
如《雜阿含經》卷九所收的第二百五十二經雲︰
“佛即為舍利弗而說偈言︰
常慈念于彼堅固賴 羅
慈伊羅盤那尸婆弗多羅
欽婆羅上馬亦慈迦拘
及彼黑瞿曇難徒跋難陀
慈悲于無足及以二足者
四足與多足亦悉起慈悲
慈悲于諸龍依于水陸者
慈一切眾生有量及無量
安樂于一切亦離煩惱生
欲令一切賢一切莫生惡
常住蛇頭岩眾惡不來集
凶害惡毒蛇能害眾生命
如此真諦言無上大師說
我今誦習此大師真實語
一切諸惡毒無能害我身
貪欲 恚痴世間之三毒
如此三毒惡永除名佛寶
法寶滅眾毒僧寶亦無余
破壞凶惡毒攝受護善人
佛破一切毒汝蛇毒今破
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塢 婆隸 婆隸耽陸波婆 陸奈𣔙肅奈𣔙佋跋𣔙文那移三摩移檀諦尼羅枳施婆羅拘 塢隸塢娛隸悉波呵
舍利弗。優波先那善男子爾時說此偈。說此章句者。蛇毒不能中其身。身亦不壞。如糠糟聚。舍利弗白佛言。世尊。優婆先那未曾聞此偈。未曾聞此�饈跽戮洹Ｊ雷鸞袢賬蕩恕Ｕ 崩詞藍 Ｗ鷲呱嶗 ノ歐鶿 怠；斷滄骼穸 ァ！ br />
大乘佛教興起以後，為了與外道相抗衡，佛教將陀羅尼（明咒）作為弘法護教的重要手段。
然而，相對于後來的密教，小乘佛教和大乘佛教時期出現的陀羅尼法門，仍然是一種專重事相的作法，尚無完整的教理體系，也沒有在大乘佛法中居于主導地位。那時，陀羅尼法門只是作為弘揚大乘佛法的輔助手段而存在，散見于諸經之中。
咒語的全息意義乃是宇宙精神信息能量流，持誦咒語可以產生強大的精神力量，《大佛頂首楞嚴經》雲︰“一切眾生。從無始來。迷己為物。失于本心。為物所轉。故于是中。觀大觀小。若能轉物。則同如來。身心圓明。不動道場。于一毛端。遍能含受十方國土。”又如《地藏菩薩本願經》雲︰“譬如工畫師，分布諸彩色，虛妄取異相，大種無差別，大種中無色，色中無大種，亦不離大種，而有色可得。心中無彩畫，彩畫中無心，然不離于心。有彩畫可得，彼心恆不住，無量難思議。示現一切色，各各不相知。譬如工畫師，不能知自心，而由心畫故，諸法性如是。心如工畫師，能畫諸世間。五蘊悉叢生，無法而不造，如心佛亦爾，如佛眾生然。應知佛與心，體性皆無盡。若人知心行，普造諸世間，是人則見佛，了佛真實性。心不住于身，身亦不住心，而能做佛事，自在未曾有。若人欲了知，三世一切佛，應觀法界性，一切唯心造。”
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印度中期密教——正純密教
中期密教，學術界稱為純密，即正純密教之義，指由法身佛大日如來所傳密宗胎藏界、金剛界兩部大法及密宗兩部根本經典《大日經》、《金剛頂經》結集傳出後形成的密教，所依據的論藏主要涉及《釋摩訶衍論》和《瑜伽師地論》等。具體地說，就是由開元三大士善無畏（716年到長安）、金剛智、不空所傳的印度密教，由中國僧人一行、惠果承傳發展而形成的唐密，以及唐密的發展延續——日本僧人空海繼承唐密後在日本開創的真言宗。
這一時期，密教的理論體系和修法的事相體系日臻完善。
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八宗共祖龍樹菩薩
毗盧遮那佛為金剛手菩薩（即金剛薩�剩 障推腥 幕 恚└嘍ィ ⑹謨櫛逯牆鷥砧疲 樂黿鷥帳制腥 械４ 忻芊 腦鶉巍＝鷥帳制腥 莧繢粗跡 こ執 忻芊 Σ兀 倘羰Υ 蘢櫻 械藎 嘌硬瘓 Ｔ凳煸蠔耄 登吃蛞 br />
《大乘理趣六波羅蜜多經》中，釋迦牟尼佛對彌勒菩薩說，我滅度後，阿難受持經藏，鄔波離受持律藏，迦多衍那受持論藏，文殊菩薩受持大乘般若波羅蜜多，而金剛手菩薩，受持甚深秘密法藏，微妙諸總持門。
相傳《金剛頂經》和《大日經》都被保存于南天鐵塔中，釋迦牟尼佛入滅後數百年間，無人能打開此塔。
龍猛菩薩（又譯龍樹）持大毗盧遮那真言，親見毗盧遮那佛，現無量身于虛空中，說此法門及文字章句次第，毗盧遮那佛命龍猛菩薩寫下後隨即消失，而這部經就是《毗盧遮那念誦法要》。
龍猛菩薩持誦成就，于是念誦加持七粒白芥子，經七日而打開南天鐵塔，進入塔中。見金剛薩ế鬊蔳撫�蛔 舷啵 資芄嘍ィ 玫焦惚盡督鷥斬ゾ 泛汀洞筧站 貳Ａ 髕腥 詠鷥帳制腥 資芙鷥戰紜⑻ゲ亟緦講看蠓 諧炙 忻孛芊 牛 喲巳繢疵懿亓鞔 思洹 br />
如《維摩經》說︰“住不思議解脫菩薩威神力者，一毛端納四大海，小芥子藏大須彌。”
又《華嚴經》說︰“一塵中有塵數剎，一一剎有難思佛，一一佛處眾會中，我見恆演菩提行。普盡十方諸剎海，一一毛端三世海。”
又雲︰“十方所有佛，盡入一毛孔，各各現神通，智眼能觀見。毗盧遮那佛，願力周法界，一切國土中，恆轉無上輪。”
如果我們明白佛法是全息哲學科學體系，這種看似不可思議的記述就很容易理解，若我們執著凡夫邊見、之乎者也見則永遠得不到答案。宇宙全息統一，必然有其規律可循。真如智慧就是宇宙規律，真言即窺視、探究宇宙規律之門的鑰匙。
進入鐵塔中後，龍樹菩薩見金剛薩ế鬌D幌啵 縴嗄隆Ｓ謔搶癜萁鷥杖 剩 越鷥杖 蝕Φ謾督鷥斬ゾ 返讓孛芙淌 Ｒ院螅 髕腥 諦廾芊ㄈ緗譚鐶校 瓷 燒 br />
龍樹菩薩在印度佛教史上被譽為“第二釋迦”，又譯稱龍猛，或龍勝，大約活躍于公元150年至250年之間，他闡發了“緣起性空”的中觀正見，使大乘佛法得以廣泛弘揚。
佛陀曾親口授記龍樹菩薩降臨于此娑婆世界，並廣弘佛法。
《楞伽經》說︰“我乘內證智，妄覺非境界。如來滅世後，誰持為我說？如來滅度後，未來當有人。大慧汝諦听，有人持吾法。于南大國中，有大德比丘，名龍樹菩薩，能破有無見，為人說我乘，大乘無上法。證得歡喜地，往生安樂國。”
佛說“我乘”，即如來最上秘密乘。“內證智”，即如來所證圓滿智慧，能起無邊妙用，利益無量眾生。應身佛不曾說此內證智，唯有此菩薩，由大日如來加持，流傳此教，如實宣揚法身如來恆沙萬德
《摩訶摩耶經》雲︰“佛滅後七百年，有一比丘名曰龍樹，善說法要，滅邪見幢，燃正法炬。”
《大雲經》中有︰“阿難，吾滅度後，滿四百年，此舉世見而生喜之離車子童子轉身為比丘，其名曰龍樹，廣弘我教法。後于極淨光世界成佛，號智源光。”
釋迦牟尼佛示寂八百年後，龍樹菩薩出生于南印度梵志種姓的一戶人家。梵志是古印度專以修行為務的一個種性，梵志的修行目標是︰言行清白，義理明晰無有暇穢，截五欲濁流而渡彼岸，不二清淨，諸欲結解，遠離執著，舍離貪淫。
龍樹菩薩天資聰穎，凡有所聞，過耳不忘。幼兒時期，听到有梵志讀誦四吠陀典，每部有四萬偈，每偈有三十二字，一听即能背誦，並且能夠領悟文義。
少年時代已經馳名于南印度諸國，無人能及。天文、地理、圖緯、秘讖等無不通曉。他的三位好友也是一時之俊杰。
有一天，四人一起商議，天下的道理文義可以使人心神開朗，明悟幽深玄旨的，我們幾個都已經窮盡了。還有什麼可以用來自娛的呢？只有騁情極欲才是人生最快樂的事，然而那是王公貴族們的享受，我們梵志道士怎麼可以做得到呢？只有用隱身術才能實現。四個人相視而笑，莫逆于心，一起尋找術師學習隱身的方法。于是他們四處尋訪，終于找到一個術師並向其求教。
術師心想這四名梵志都是名聞一時的人物，根本不把一般人放在眼中。現在為了學習隱身術才低聲下氣來承順我，這幾個梵志全都才華蓋世，聰明絕頂，他們不知道的，也只有這個不起眼的法術了。如果我教了他們，一定會離開我不再回來。還是給他們可以隱身的藥物吧，等藥用完了，肯定還會回來，永遠尊奉我為老師。
于是給他們每人一粒藥丸，咐囑道︰“你們在清靜的地方用水磨開，涂在眼瞼上就可隱身了，沒有人能夠看到你們。”
龍樹在磨藥的時候，聞到藥的氣味，就一一辨別出是哪些藥配出來的，每一味藥的劑量多少分毫不差。他回去告訴術師，藥丸的配方共有七十種原料，所用劑量多少都和藥方相同。藥師問︰“你是怎麼知道的呢？”他回答︰“藥有天然的氣味，怎麼會不知道呢？”術師當即感嘆服膺，說︰“象這樣的人即使能夠听到他的名字也是很難得的，何況能夠與之相遇。我這點小法術又有什麼值得吝惜的呢。”于是傾囊相授。
四個人學會了隱身術，于是隨意自在，經常出入王宮，宮中美女全都被侵凌。一百多天後，宮中有人懷孕，恐怕國王降罪所以告訴了國王，期望這樣或者能夠免罪。
國王非常生氣，說︰“這是什麼不祥之物造成的？”
于是召集有智謀的人商議此事。有年老而見多識廣的大臣說︰“象這樣的事，應該有兩種情況。要麼是鬼魅，要麼有人使用了方術。可以用細土撒在各個出入的門中，讓有關部門嚴加守衛禁止人出入。如果是術士，那麼他的行跡自然就會顯現，可以讓士兵除去他們。如果是鬼魅，進來就不會留下痕跡，可以用法術消滅。”
國王命人依言準備。當細沙上顯現出腳印時，馬上有人報告了國王。國王下令數百名力士進入宮中，將出入的宮門全部關閉。命力士揮刀向空中砍殺，龍樹的三位好友立刻被殺死了。只有龍樹收斂身形，屏住呼吸，依傍在國王頭側，國王頭側七尺以內，是刀不會砍到的地方。
此時，他深深感受到欲望是痛苦的根本，也是眾多禍患的根源，敗壞道德、危害性命常常由此引發，于是在心中起誓︰“如果能脫離險境，我就出家作沙門。”
伺機逃離王宮後，龍樹進入一座山中，禮佛塔出家受戒。
僅僅九十多天，他就將當時世間流傳的佛法三藏讀誦完畢，還想看更多的佛經，可是無法得到。
于是他訪尋到北印度的一座雪山，山里有一座塔，他向塔中的老比丘懇求，得到了《摩訶衍論》。龍樹讀後，很喜歡摩訶衍論，可是還沒有完全理解經中的義理。于是周游各國，尋求其他佛經。在整個閻浮提周遍搜求始終沒有找到。
所到之處，無論外道論師還是學者，全都被龍樹摧伏。有外道弟子就對龍樹說︰“釋迦牟尼佛是一切智人，你現在做了佛弟子，卻沒有學會佛陀全部的智慧，你于弟子之道還有欠缺啊，只要還一件事不明白，就稱不上一切智人。”
龍樹理屈辭窮生起了邪慢心。心想︰“世界上萬事萬物層出不窮，佛經雖然精妙，然而按道理來推想，應該也還有沒有解釋到的，那麼佛經的未盡之處，我就可以加以推演，以此來啟迪後學。這樣做于理不違，于事無失，應該沒有過錯。”
龍樹制定新的教法和服裝，打算自立一派，和佛教相區別。並選擇吉日吉時，準備屆時公開宣揚。他獨自在水晶房中靜候。
大龍王菩薩看到龍樹這樣，深深地為他惋惜，不忍心他誤入歧途。
于是接龍樹入海，在龍王的宮殿里，開啟七寶藏，打開七寶華函，取出大乘方等深奧經典和無量微妙佛法交給龍樹閱讀。龍樹一連看了九十多天，對佛法有了更多的領悟，獲益匪淺。
龍王菩薩看他如饑似渴地探求佛法，于是問︰“佛經全都看完了嗎？”龍樹回答︰“您的寶函中佛經太多了，浩如煙海，我翻閱過的佛經數量已經十倍于閻浮提流傳的佛經。”龍王說︰“我龍宮中的經典，象這樣的還有很多處，不可勝數。”龍樹讀了龍宮中的經藏之後，對佛理的領悟更加深刻，悟入無生法忍。于是龍王菩薩送他回到南印度。
從此，龍樹廣弘佛法，摧伏外道。為了闡明大乘佛法，而作《優波提舍》十萬偈，又作《莊嚴佛道論》、《大慈方便論》、《十二門論》、《中論》、《大智度論》、《十住毗婆娑論》等，大乘佛法由此在印度盛行。
他還造《無畏論》十萬偈，著名的《中論》就出自其中。
龍樹菩薩還曾經以詩代書，寄與南印度親友國王書信一封，即《龍樹菩薩勸誡王頌》，也被稱為《親友書》。在這封信中，龍樹菩薩循循善誘，先以十善道導入，歷數無常輪回之苦，指出人身難得，應當進趣佛道，舍離貪 痴三毒，表達了對親友的關切和殷殷期望。
龍樹菩薩除了對中觀大乘佛教的貢獻外，還善治眼病，其眼科著作《龍樹眼論》在唐代（618－907）傳入我國，對我國眼科學的發展有一定的影響。《龍樹眼論》眼科專著，又名《龍樹菩薩眼論》，簡稱《眼論》一卷（又有三卷本）。也有人說是隋唐間人托名“龍樹菩薩”撰寫的。書中記述了眼病的起因，及各種眼病的治法。特別是較為詳細地說明了針撥白內障的方法。原書已佚，佚文可見于《醫方類聚》、《醫心方》等書中。
龍樹摧伏外道，樹立法幢，影響很大。當時有一位婆羅門，擅長咒術，企圖憑借咒術的力量和龍樹一爭高下。
他前去對天竺國王說︰“我能摧伏這個比丘，您可以一試。”國王回答︰“你真是太愚痴了，這位菩薩的智慧光明可與日月爭輝，能和聖人心光互照。你怎麼敢如此輕慢不遜。”
婆羅門說︰“陛下是個有智慧的人，為什麼不依據事實道理來檢驗呢，這樣自然能分出高下。”
國王就派人請來龍樹，清晨的時候，和龍樹一起坐在听政殿上。
婆羅門隨後才到，看到龍樹坐在殿上，心中不忿。于是他在殿前念咒，變化出一個清淨的大水池，其中有千葉蓮華。他自已坐在蓮華上，對著龍樹夸耀︰“你在地上坐著，和畜生沒有什麼區別，還想和我清淨蓮華寶座上的大德智人辯論。”
這時，龍樹也用咒術變化出六牙白象，走向水池中的蓮華座，用鼻子卷起，高高地舉向空中，猛然摔向地面。婆羅門腰部受傷，狼狽地匍匐在地，向龍樹懺悔︰“我不自量力，毀辱大師。請您慈悲接納我，願隨您學習，以去除我的愚痴蒙昧。”
南天竺王轄治諸國，然而相信邪道，沙門釋子都不許進見。國人受他的影響，也都信奉邪法。
龍樹想︰“大樹如果不從根砍倒，那麼枝條也不會倒下。一國之主不信佛法，佛法就難以弘揚。”
該國的制度由王室出錢，雇人擔任守衛，龍樹就前往應募成為守衛將官。他騎馬提戟向前，隊伍整齊有序；雖然沒有刻意樹立威嚴，就能號令通達；沒有宣布嚴密的管理制度，一切都自然妥當。
國王非常欣賞，予以褒獎。問是誰在領隊。侍者回答︰“這個人前來應募，既不吃國家的糧食，也不領取俸祿。做事恭謹從容，周到熟練。不知道他在這里，想要達到什麼目的？”
國王于是召問龍樹︰“你是什麼人？”
龍樹回答︰“我是一切智人。”
國王大驚失色︰“一切智人曠代不世之才。你說自己是，怎麼能證明呢？”
龍樹回答︰“想了解我的智慧，陛下可以提問啊。”
國王心想︰“如果對方是位非常有智慧的大論師，我提問他答不上來，對他也不是什麼光彩的事。如果不是這樣的話，那麼事情挺麻煩。如果不問，我本身就輸了。”
猶豫了很長時間，不得已才問︰“天人現在在做什麼？”
龍樹回答︰“天人正和阿修羅戰斗。”
國王听到這個回答，就好象人吃東西，噎在喉嚨里一樣，既不能吐出，也無法咽下。想否認他的話，又無從證明；要肯定他的話，也不知道是不是真的。
正當國王默然不語的時候，龍樹又說︰“這並不是為了辯論取勝而說的虛妄不實的話。請陛下稍等片刻，自然可以驗證。”說完，就看到空中干戈兵器不斷落下。
國王說︰“干戈矛戟雖然是兵器，但是你怎麼知道一定是天人和阿修羅在戰斗呢？”
龍樹說︰“說空話不如用眼前的事實來說明。”話音剛落，只見阿修羅的手、足、指頭、耳朵、鼻子等等，紛紛從空中墜落。
又讓國王和臣民、婆羅門等看到空中天人和阿修羅兩軍對陣。
國王因此信服，稽首禮拜，接受龍樹菩薩的教化。當時殿上有一萬名婆羅門，全都削發受戒。
龍樹菩薩可以看作是大日如來的等流身，然而宇宙萬物無不是清淨法身即宇宙精神信息體之物化表現。雖然聖者與凡夫同一法身，然而覺者身口意三業與法身性德相契，而凡夫則隨顛倒妄想流轉生死，是以諸佛菩薩以同體大悲，倒駕慈航，為眾生“開示”佛之知見，以期眾生背塵合覺，“悟入”佛之知見。因為龍樹的母親在樹下生下他，又他由于龍王的幫助而得以深入佛道，所以人們稱他為“龍樹”。龍樹菩薩壽命很長，住世200余年。
當時有一位小乘的法師，經常忿恨嫉妒，龍樹辭世之前，曾經問他︰“你希望我長久住世嗎？”那名法師回答︰“實在不願意。”于是龍樹就退居到一間閑置的房舍，好幾天閉門不出。後來弟子破門查看，發現龍樹已經恬然圓寂。南天竺各國為他修建廟宇，敬奉如佛。
龍樹菩薩在大乘佛教中地位尊崇，中國佛教的主要宗派，幾乎都以龍樹為祖師。
三論宗以龍樹的《中論》、《十二門論》、《大智度論》和龍樹弟子提婆的《百論》為依據建立自己的體系，三論宗初祖鳩摩羅什所傳就是龍樹正統的中觀思想，三論宗自然以龍樹為開山祖師。
智者大師于天台山建立天台宗，上承南岳慧思、慧文，受《中論》、《大智度論》影響頗深。《摩訶止觀》中記載慧文時說︰“文師用心，一依《釋論》。”而智者大師在《觀心論》中說自己“歸命龍樹師”。因而天台宗也尊龍樹為祖師。
相傳《華嚴經》為龍樹菩薩從龍宮中誦出，龍樹《十住毗婆沙論》對《華嚴經》的《十住品》又加以注釋，因此華嚴宗也尊龍樹為祖師。
龍樹作《十住毗婆沙論》中有《易行品》一章，演說淨土法門，道理明晰，易于實行，因此淨土宗人也視龍樹為祖師。龍樹菩薩（別譯禪那�𠣕h三藏）還曾著《十二禮贊阿彌陀佛文》，贊嘆彌陀功德，發願往生極樂淨土。
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禪宗也將龍樹列為西天二十八祖之一，可見龍樹在中國佛教中的地位和影響之廣。
法相宗源于印度瑜珈行派，推崇龍樹的中觀思想。法相宗認為該宗重要理論遍計所執性、依他起性、圓成實性，是由龍樹的二諦思想發展而來的，因此法相宗也尊龍樹為祖師。
俱舍宗以世親的《俱舍論》為理論依據，所說五位七十法與法相宗五位百法相近，在大乘佛教興起後，附屬于法相宗，法相宗與龍樹菩薩的思想頗有淵源，所以俱舍宗也以龍樹為祖師。
成實宗在鳩摩羅什翻譯《成實論》後逐漸形成，成實宗後來依附于三論宗傳播；三論宗思想直接稟承龍樹，因此成實宗也以龍樹為祖師。
龍樹《大智度論》對六度中的戒波羅蜜也作了闡揚，因此他也被中國律宗尊為祖師。
龍樹菩薩闡揚大乘佛法，使大乘佛法得到廣泛流傳，後來大乘佛法傳播到中國，龍樹因而被尊為漢傳佛教“八宗共祖”。
附︰
龍樹《龍猛》菩薩傳
姚秦三藏鳩摩羅什譯
龍樹菩薩者。出南天竺梵志種也。天聰奇悟事不再告。在乳 之中。聞諸梵志誦四圍陀典各四萬偈。偈有三十二字。皆諷其文而領其義。弱冠馳名獨步諸國。天文地理圖緯秘讖。及諸道術無不悉綜。契友三人亦是一時之杰。相與議曰。天下理義可以開神明悟幽旨者。吾等盡之矣。復欲何以自娛。騁情極欲最是一生之樂。然諸梵志道士。勢非王公何由得之。唯有隱身之術斯樂可辦。四人相視莫逆於心。俱至術家求隱身法。術師念曰。此四梵志擅名一世草芥群生。今以術故屈辱就我。此諸梵志才明絕世。所不知者唯此賤法。我若授之。得必棄我不可復屈。且與其藥使用。而不知藥盡必來永當師我。各與青藥一丸告之曰。汝在靜處以水磨之。用涂眼瞼汝形當隱。無人見者。龍樹磨此藥時聞其氣即皆識之。分數多少錙銖無失。還告藥師向所得藥有七十種分數。多少皆如其方。藥師問曰汝何由知之。答曰。藥自有氣何以不知。師即嘆伏。若斯人者聞之猶難。而況相遇。我之賤術何足惜耶。即具授之。四人得術縱意自在。常入王宮。宮中美人皆被侵晉。百余日後宮中人有懷妊者。齢V園淄跏 庾錁獺Ｍ醮蟛輝謾４撕尾幌槲 幟碩 Ｕ僦鈧淺家閱貝聳隆Ｓ芯衫險 浴７踩鞜聳掠τ卸 幀；蚴槍眵然蚴欠絞酢？梢韻竿林彌蠲胖小Ａ鈑興臼刂 現鐶姓摺Ｈ羰鞘躒似浼Ｗ韻幀？梢員 Ｈ羰槍眵熱⺶ 藜！？梢允趺稹＜措訪耪弒阜ㄊ災 ＜ 娜思Ｖ枰暈磐酢Ｍ踅 κ渴 偃巳牘 Ｏけ罩蠲擰Ａ鈧盍κ炕擁犢照度 思此饋Ｎㄓ辛 髁采砥療 勞跬凡唷Ｍ跬凡嗥叱叩端 恢痢Ｊ鞘筆嘉蠐 啾局諢鮒 ０艿攣Ｉ斫雜紗似稹＜醋允腦弧Ｎ胰艫猛訓幣梟趁攀⺪黽曳 ＜瘸鋈 揭枰環鶿 黽沂芙洹＞攀 罩興腥 鼐 ８ 笠煬 嘉薜麼ΑＫ烊胙┤繳街杏興 Ｋ 杏幸煥媳惹稹Ｒ閱 芫 漵脛 Ｋ惺馨 炙渲 狄邐吹猛 Ｖ苡沃罟 笥嗑 ｌ堆指ˇ嶂斜榍蟛壞謾Ｍ獾纜窞ι趁乓遄諳探源莘 Ｍ獾賴蘢影字 浴Ｊξ 磺兄僑恕＝裎 鸕蘢印５蘢又 磊殉脅蛔憬 醋鬩 Ｎ醋鬩皇路且磺兄且病４喬釙榍 雌鸚奧 摹Ｗ閱鈦浴Ｊ瀾綬ㄖ薪蟯可醵唷７鵓 涿鉅岳磽浦 視形淳 Ｎ淳 鋅賞貧 Ｒ暈蜥嵫ъ獨聿晃ァｌ妒攣奘 褂瀉尉獺Ｋ即聳亂鴨從 兄 Ａ⑹ 探涓 煲路 Ａ罡椒鴟 行∫ Ｓ 猿 諶飼欏Ｊ靜皇苧АＴ袢昭 鋇庇搿Ｎ降蘢郵芐陸渲 亂隆６澇誥泊λ 恐小４罅 腥 淙縭竅Ф ＜唇又 牒！ｌ豆 鈧鋅 弒Σ亍７⑵弒 Ｒ災罘降壬畎戮 湮蘗棵罘ㄊ謚 Ａ 魘芏輛攀 罩型 饃醵唷Ｆ湫納釗 宓帽 Ａ 湫畝 手 弧？淳 槲礎４鷓浴Ｈ曛詈 芯 轡蘗坎豢刪∫病Ｎ銥啥琳咭咽 堆指ˇ帷Ａ 浴Ｈ縹夜 興 芯 洹Ｖ畬Υ吮雀床豢墑 Ａ 骷鵲彌罹 幌嗌釗胛奚 嘆咦恪Ａ 顧統鯪賭咸祗謾４蠛敕鴟 莘 獾饋９忝髂 蘢饔挪ㄌ嶸 蛸省Ｓ腫髯 戲鸕纜畚邇з省４蟠確獎懵畚邇з省Ｖ新畚灝儋省Ａ金 芙檀笮徐短祗謾Ｓ衷 尬仿窞 蛸省Ｖ新鄢銎渲小Ｊ庇釁怕廾擰Ｉ浦 涫跤 運 苡肓 髭渮ぁ８嫣祗霉 酢Ｎ夷芊 吮惹稹Ｍ醯毖櫓 Ｍ躚浴Ｈ甏笥蕹鍘４似腥 摺Ｃ饔肴趙掄 庵怯朧バ牟 鍘Ｈ旰尾謊犯也蛔誥礎Ｆ怕廾叛浴Ｍ蹺 僑撕尾灰岳硌櫓 ６ 執 Ｍ跫 溲災廖 肓 鰲Ｇ宓└滄 釕稀Ｆ怕廾裴嶂痢１沆兜釙爸渥鞔蟪毓慍で寰弧Ｖ杏星б讀 Ｗ宰 瀋隙 淞 鰲Ｈ暝詰刈 冑笊 摶 ６ 胛儀寰換 洗蟺輪僑絲寡月 欏６ 繃 饕嚶彌涫躉 髁 臘紫蟆Ｐ諧廝 先て浠 Ｒ員牆拾胃呔僦賴亍Ｆ怕廾派搜 Ｎ 俟槊 鰲Ｎ也蛔粵炕偃璐笫ΑＴ赴 移羝漵廾傘Ｓ幟咸祗猛踝苡 罟 龐眯暗饋Ｉ趁攀妥右徊壞眉 ９ 嗽督 曰 淶饋Ａ 髂鈐弧Ｊ韃環ケ駒蛺醪磺恪Ｈ酥韃換 虻啦恍小Ｆ涔 ㄍ跫頁鑾 腿慫尬饋Ａ 髂擻δ嘉 浣 ︰申 扒 形槔詹殼 謊隙 鐶小７ 徽枚 鎪妗Ｍ跎跫沃 Ｎ適嗆穩恕Ｊ陶嘰鷓浴４巳擻δ技炔皇斥抻植蝗Π ６ 謔鹿Ы饗邢叭鞜恕２恢 湟夊吻蠛斡 Ｍ跽儻手 Ｈ曄嗆穩恕４鷓浴Ｎ沂且磺兄僑恕Ｍ醮缶 刀 恃浴Ｒ磺兄僑絲醮 揮小Ｈ曜匝允嗆我匝櫓 ４鷓浴Ｓ 竊謁低醯奔 省Ｍ跫醋閱睢Ｎ椅 侵鞔舐 槭ξ手 芮 Ｓ灘皇敲 壞┌蝗鞜朔切 隆Ｈ羝洳晃時閌且磺 ３僖閃季貌壞靡訊 手 Ｌ旖窈撾 Ａ 餮浴Ｌ旖裼氚 蘼拚健Ｍ蹺糯搜浴Ｆ┤縟艘 炔壞猛隆Ｓ植壞醚省Ｓ 瞧溲願次摶災ぶ Ｓ 瞧涫攣奘驢擅鰲Ｎ囪災 洹Ａ 韝囪浴４朔切槁矍笫ぶ 浮Ｍ跣〈 Ｐ媵в醒檠雲 ？罩斜閿懈篩甌 饗 刀 洹Ｍ躚浴８篩昝 涫欽狡鰲Ｈ旰偽刂 翹 氚 蘼拚健Ａ 餮浴９怪 檠圓蝗縲Ｒ允凳隆Ｑ砸尋 蘼奘腫闃浮＜捌潿 譴涌斬 隆Ｓ至鍆跫俺濟衿怕廾胖詡 罩星宄 秸笙嘍浴Ｍ蹌嘶 追 浞 ５釕嫌型蚱怕廾擰＝雲 ⑹⺪刪徒洹Ｊ鞘庇幸恍﹞朔ㄊΑ３；撤藜病Ａ 鶻 ゴ聳饋６ 手 弧Ｈ昀治揖米〈聳啦弧４鷓浴Ｊ鄧 輝敢病Ｍ巳胂惺揖 詹懷觥５蘢悠隻Э粗 Ｋ觳跬啥 ァＨゴ聳酪牙粗兩瘛Ｊ脊 偎輟Ｄ咸祗彌罟 淞 砭捶釗綬稹Ｆ淠甘饗律 Ｒ蜃職 芡幽恰０ 芡幽鞘髏 病Ｒ粵 善淶饋９室粵 渥幀︰旁渙 饕 依付法藏傳。即第十三祖師也。假餌仙藥現住長壽二百余年。住持佛法。其所度人不可稱數。如法藏說)
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神力難思的龍智菩薩
龍智菩薩，梵文Nagarbodhi，又稱普賢阿奢黎、龍菩提等，南印度人，為龍猛菩薩嫡傳付法弟子，密教付法第四祖。依據空海大師《秘密漫荼羅教付法傳》所述，龍智菩薩為龍猛菩薩的付法高足，位登聖地，神力難思，德被五天，名薰十方，是一位上天入地、無礙自在的傳奇人物。
他有時住在南天竺國，弘法利生；有時到師子國，勸化接引有緣。
龍智菩薩年青時家中貧寒，一向受到龍樹菩薩的接濟救恤，後來跟從龍樹菩薩出家，通達佛法三藏。龍樹菩薩圓寂後，龍智住在吉祥山。住世時間長達數百年。
龍智菩薩傳密教數百年，親授一印一明者，應當為數不少，然而皆秘密自修，所以不為時人所注意，寂寂無聞。龍智壽七百余歲時，始有善無畏、金剛智、不空三大士出世，先後傳承兩部大法，受阿奢黎位。（待考證問題︰三大士入唐後古印度能傳授兩部大法者還有何人？）
《貞元新定釋教目錄》記載，金剛智三十一歲時，前往南天竺，承事供養龍智菩薩七年，受學《金剛頂瑜伽經》、毗盧遮那總持陀羅尼法門及眾多大乘經典和五明論，又受五部灌頂諸佛密藏。書中記載當時龍智菩薩已有七百歲。《金剛智三藏塔銘序》中也記載了金剛智到南天竺師事龍智之事。
《不空三藏表制集》和《付法傳》記載，金剛智圓寂後，唐代開元二十九年（741年），不空為請廣本《金剛頂經》及廣本《毗盧遮那經》等最上乘教，前往師子國，遇龍智菩薩，受其法教。當時龍智菩薩已數百歲高齡，看上去卻只有30多歲。
《玄奘三藏行狀》說︰“南天竺磔迦國庵羅林中，有一長命婆羅門，年七百余歲。觀其面貌，可稱三十許。明中、百論等（雲雲）。是龍猛菩薩弟子。法師就停，學中、百論等，及受諸經等。”從上述記載中，可以得知，玄奘大師西行印度求法，也曾遇龍智菩薩，並從龍智學習中論、百論和諸多經典。
龍智菩薩傳法三大士後，離開人間入阿修羅宮化度，至今尚未入滅。龍智菩薩得龍猛菩薩真傳，顯密賅通，不僅深得密教法髓，並且通達大乘中觀之學，以無所住之心隨緣度生，使法脈得以順利延續，誠為超然物外，曠世難遇的一代祖師。
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什麼是陀羅尼
陀羅尼是如來福德智慧的凝聚，有總持、能持、能遮等含義，它具有總攝憶持無量佛法而不忘失的功能。能于一法之中，持一切法；于一文之中，持一切文；于一義之中，持一切義。攝持各種善法，遮除各種惡法。
如果全息體解，陀羅尼就是精神宇宙信息能量流，掌握陀羅尼便能引致物質宇宙的相應變化。
龍樹在《大智度論》卷五——二十八還將陀羅尼分為四類︰
（1）聞持陀羅尼，能使耳聞之事不忘。
（2）分別知陀羅尼，能區別一切邪正、好惡。
（3）入音聲陀羅尼，能聞一切言語音聲，歡喜不 。听到輕毀譏諷也不會生氣。心中沒有執著，對好話不生貪戀希求之心，對惡言惡語也不覺拂逆，平和自在，無所動搖。
（4）入字門陀羅尼，它能通過听聞悉曇四十二字門(即梵語四十二個字母)，體達諸法實相。
彌勒的《瑜伽師地論》卷四十五舉出“四陀羅尼”︰
（1）法陀羅尼，能記憶經句不忘。
（2）義陀羅尼，能理解經義不忘。
（3）咒陀羅尼，依禪定力起咒術，能消除眾生災厄。
（4）忍陀羅尼，能通達諸法實相而不失真諦。
因此，凡是大乘菩薩眾都必須掌握陀羅尼，這與早期佛教中禁止使用陀羅尼形成了鮮明對照。
在這種思想的指導下，一些初期的大乘經典，如《心經》、《法華經》等起初並無咒語，後來都加入了咒語。中期大乘經典中使用陀羅尼的情況更為普遍。《大集經》、《寶積經》、《金光明經》、《楞伽經》等顯教要典中均有載錄咒語的專章——陀羅尼品。其他典籍中敘及的陀羅尼就更多了。
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正純密教的特點
中期正純密教是具有立體思想體系的密教，它從理上闡明宇宙的本然秩序和規律，又從智上闡釋對于本然規律和秩序的體認。與先前的小乘佛教和大乘佛教(統稱為顯教)相比，存在諸多不同。
就教主和傳教方式而言，顯教教主是釋迦牟尼(應身佛)，而密教教主是大日如來(法身佛)；顯教是釋迦牟尼針對不同根器的眾生說的，因而它是公開的、淺顯的、隨他意的。密教是大日如來自說內心證悟的真理，因而是秘密的、深奧的、隨自意的；顯教的教法，可以通過皈依後學習經典而獲得，不一定要師資傳授，也不必有特定的儀式。而密教的教法，則必須通過師資傳授才能受學，從皈依到成為阿奢黎(導師)都要經歷一系列的灌頂(用象征如來智慧的甘露水灌澆頭頂)儀式︰皈依佛門有結緣灌頂，欲學密法有學法灌頂(又稱受明灌頂、弟子灌頂)，受戒有受戒灌頂，受阿奢黎位有傳法灌頂(又稱付法灌頂、阿奢黎灌頂)。傳法灌頂中，又分為印法灌頂(又稱秘印灌頂、手印灌頂)、事業灌頂(又稱作業灌頂、具支灌頂)、以心灌頂(又稱心授灌頂、瑜祗灌頂)。其修法又有種種嚴格的方式。所有的灌頂和修法儀式，都必須在相應嚴格布置的壇場內進行。
就教義和修法而言，顯教中的小乘有四諦、十二因緣、十八界、三十七道品等義，大乘有六度、十地等義，而密教則從體、相、用三方面，建立了由六大(此為體大，指周遍一切法界的本體)、四曼陀羅(此為相大)、三密(此為用大)組成的“三大”學說，因此，密教並不偏重紙上談兵的空論而是重視身心實踐的大乘佛法。
六大，又稱六大緣起，指構成宇宙萬有本體的六種基本元素，即地、水、火、風、空、識。前五者屬于“色法”(物質)，後一者屬于“心法”(精神)。而六大中的每一大又互具其他五大，此為異類無礙；構成甲物的六大和構成乙物的六大也互具互遍，此為同類無礙。因此，構成眾生的六大和構成佛菩薩諸尊的六大在本質上是相同的，眾生和佛的地位也是平等的。為此，密教主張“生(眾生)佛平等”。
四曼陀羅，又稱四種曼陀羅。曼陀羅意為壇場、聚集，指修密法時在地上劃定的某一區域或建立的供養佛菩薩用的土壇、木壇、金石壇城，也指依密教經典繪制供養用的佛菩薩集體圖像。四曼陀羅指表現佛菩薩諸尊相狀的四種圖像，全息意義則表法界︰大曼陀羅、三昧耶(意為本誓)曼陀羅、法曼陀羅、羯摩曼陀羅。
大曼陀羅，又稱尊形曼陀羅，指表現諸尊具足相好的身形圖像；
三昧耶曼陀羅，指表現諸尊所持刀劍、輪寶、金剛、蓮花等物的圖像，以及用手指結成印契的圖像；
法曼陀羅，又稱種子曼陀羅，指表現諸尊自證法門的種子(象征法理意義的梵文字母)和真言(陀羅尼，即咒語)及經文；
羯摩曼陀羅，指表現諸尊的威儀、事業的圖像。
三密，指身密、口密(又稱語密)、意密。佛的三密體現在四種曼陀羅中，真如智慧也通過具象表達出來。大曼陀羅為佛的身密，三昧耶曼陀羅為佛的意密，法曼陀羅為佛的語密，羯摩曼陀羅則為“三密”的業用，它包括繪、捏、鑄造佛像等事業。對于修習密教的人來說，身密，指的是手結本尊的印契；口密，指的是口誦本尊的真言；意密，指的是內心觀想本尊，心住三摩地(即進入禪定的境界)。三密相應乃達到自身法界與無邊虛空法界的兼容同步。
密教認為，既然眾生和佛菩薩法性相同、六大本體相同，通過三密加持，而能與諸佛菩薩之性德、法身相應，轉貪嗔痴三毒煩惱為般若妙諦，就能即身成佛，以父母所生身，現生迅速成就佛果，無須像顯教那樣經歷“三大阿僧祗劫”的久遠時間。
正純密教由胎藏部和金剛頂部兩大系統有機構成。胎藏部以《大日經》為根本經典，因修習胎藏界理法而得名，實質為揭示一切有情及物質宇宙、精神宇宙的本然規律；金剛頂部以《金剛頂經》為根本經典，因修習金剛界智法而得名，實質則是情識生命對于物質宇宙和精神宇宙規律的體認。
胎藏界和金剛界，教理基礎是以“六大”為法界體性的五輪（地水火風空）六大（前五大結合識）成身理論以及大日如來三昧耶身(進入禪定境界後的行相)即五相成身理論，此兩大教門互攝無間不一不異而于教理上密切配合，其全息意義完全涵括道家和儒家的“天人合一”哲學觀。
胎藏界，又稱理性平等門、他受法樂門、理門、因門。系講“色“法為主，闡“空”法為輔，說明物質世界的本體與現象，它以蓮花為標志，象征一切眾生都平等地含有大日如來的理性清淨法身種子，只要修持大悲萬行，顯現淨菩提心，自利利他，就能成就佛身。為此，依據大日如來的“三德”——大定、大智、大悲，而立佛、金剛、蓮花三部，並依據《大日經》而繪制修法時代表法身法界海會無盡加持的胎藏界曼陀羅，即具象化的物質、精神宇宙。
金剛界，又稱智慧差別門、自受法樂門、智門、果門。金剛界，闡明心法，說明精神世界的本體與現象，以金剛杵、金剛劍、金剛鈴等三昧耶法器為標志，象征法身大日如來內證之智德堅固無比，不為一切煩惱所動搖。“即身成佛”，即將有漏的“九識”轉變為大日如來的“五智”，即轉第九識阿摩羅識為法界體性智，轉第八識為大圓鏡智，轉第七識為平等性智，轉第六識為妙觀察智，轉前五識為成所作智，以除障成身，自受法樂。為此，金剛界據“五智”而立佛部、金剛部、寶部、蓮花部、羯摩部五部，並依據《金剛頂經》繪制象征行果的金剛界曼陀羅，即具象化的物質、精神宇宙認知過程。
由于兩部大法都以行者身口意與諸佛菩薩本尊三密相應為實修事相，所以即身成佛也有三層含義——身成佛、語成佛和觀想成佛。身成佛為成就金剛不壞肉身，語成佛為掌握宇宙精神信息能量並與清淨法身相契相和，觀想成佛則是三十二相八十種好之意觀成就。
胎藏界教法被看作是從果向因下轉的化他門，而金剛界法則是從因向果上轉的自證門。胎藏界與金剛界兩部大法一為從果到因，一為從因到果，本為不二。下轉乃如來為教化眾生而從佛位逐階宣說教理以至于凡夫，上轉則是行者依事修證漸至佛果。
在印度本土，雖然胎藏部《大日經》先行問世，奠定了正純密教的理論基礎，但不久繼出的金剛部《金剛頂經》則成為後來密乘主流，流傳于後世的純密經典多與《金剛頂經》有關。故胎藏界法教的傳承漸漸隱沒，唯獨金剛界傳承日益光大。開元三大士則完美傳承了金胎兩部，這也是唐密的主要特征之一。
《金剛頂經》以大日如來自受用法身，宣傳“五佛顯五智說”，所謂“五佛顯五智”是中央大日如來法界體性智，東方阿 如來大圓鏡智，南方寶生如來平等性智，西方無量壽如來妙觀察智，北方不空成就如來的成所作智。就行者而言此五智相輔相成，漸修漸成，最終成就法界體性薩般若智。然四智成就即具足五智，除法界體性智外，前四智皆由識轉化，實為行者于修行過程中逐漸轉化“知”為“智”而成，或者依照瑜伽行派的觀點即“轉識成智”。
密教經典以高度組織化的真言、手印和嚴密的壇城儀軌為特征。儀軌極其復雜，對設壇、供養、誦咒、灌頂都有嚴格規定，核心為“三密相應”，即手結印契（身密）、口誦真言（語密）和心作觀想（意密）。誠如《理趣經》雲“持一切如來身印，即為一切如來身；持一切如來語印，即得一切如來法；持一切如來心印，即證一切如來三摩地；持一切如來金剛印，即成就一切如來身口意業最勝悉地。”三密相應，即身成佛。
密教尊奉的法身大日如來，實際上是釋迦牟尼佛的清淨法身，法身佛大日如來傳授的深奧秘密教旨，是真實（此真實言教乃指清淨法界）言教，行者依理事觀行，修習三密瑜伽(相應)而獲得悉地(成就)。
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印度後期密教
後期密教，依學術界觀點，《金剛頂經》出現以後，密教被稱為金剛乘，其後從金剛乘中又分出一支稱俱生乘或易行乘，在實踐上更加重視上師的作用和秘密的儀式。在十一世紀西亞突厥系的伊斯蘭軍隊侵入南亞次大陸後，在密教中又出現了時輪乘。在時輪教出現後不久，中印的佛教寺院受到入侵軍隊的徹底摧毀，佛教在印度也就消失了。然而佛教在印度的滅亡除了外因也不可忽略內因。
總體上看，後期密教的基礎也為純密，只是在十一世紀前後發生了歐美和日本學術界認為的“左道”化改變。在善無畏來到長安58年後，即唐密六祖不空三藏示寂之年，由蓮花生等（774年入藏）傳至中國西藏，成為藏密。
無上密就是無上瑜伽，意為無上相應，也就是行者與法身相應。真如智慧豈有上下之別，所別者僅文字相淺見而已。
其實在整個密法的發展史上，就文字相而言所謂“無上密”只是在修法上予以純化。需要說明的是，所謂“上下三部”僅僅是文字相的劃分，並非真如理趣有上下之別。無上密絕不等于雙修，雙修也並不等于男女合體，否則執著文字相，錯解經義、心外求法，與外道無異。
後期密教被學術界稱為後期怛特羅教(Tantrayana)，包括金剛乘和時輪乘。金剛乘是由郁地延那的因陀羅菩提王(687—717在位)所創立。他著有二十三部密典，其中最重要的是《智慧成就法》。這部書的內容，在他妹妹拉克修米迦羅所著的《無二成就法》中得到了進一步的發展。據日本佐佐木教授等《印度佛教史概說》，拉克修米迦羅的教義也稱“俱生乘”，其徒被稱為“薩哈 ”，至今在孟加拉仍能找到這種信仰的痕跡。因陀羅菩提王後來讓國與子，專修密法。他的另一個兒子蓮花生應藏王赤松德贊的邀請入藏傳教，成為西藏密教的實際開創者。金剛乘以散見于《金剛頂經》中的“大樂”說為立論的依據。它認為，密法的修證是通過智慧和方便兩者的結合來實現的。智慧具有靜的特性，猶如女性；方便具有動的特性，猶如男性。因而主張通過男女雙身修法(又稱男女雙修)和諧陰陽，體悟空性，進入智慧與方便不二的“大樂”境界。
時輪乘是由金剛乘進一步發展而來的，它是金剛乘的支派。相傳，十一世紀初，香巴拉國第一代君主耶舍王為了抗御西亞突厥系伊斯蘭教徒的入侵，將佛教徒和印度教徒組織起來，授與時輪大密法灌頂，並宣講時輪教法。由此而形成時輪乘。關于香巴拉國的地址，有些學者認為，它出于密教的虛構，並非實有其地。也有的學者認為，它可能是注入阿拉爾海的雅庫沙爾德斯北面的一個地方或印度境外的某一個地方。最早的《時輪經》三千頌便是由耶舍撰作的，他的兒子芬陀利王為之作注(一說《時輪經》及其注釋，是1040年以後活躍于摩揭陀國的大時足、小時足兩人合撰的)。時輪乘認為，現實的存在像時間的車輪(時輪)一樣，倏忽即逝，只有信仰宇宙本原的“本初佛”，才能從由現在、過去、未來三世所限定的迷妄中解脫出來。
怛特羅佛教在波羅王朝的護持下，一直很興盛。十二世紀中葉，由于取代波羅王朝的斯那王朝改信印度教，怛特羅佛教日趨衰頹。至十二世紀末，穆斯林襲滅了斯那王朝，並蕩滌了一切佛寺，作為怛特羅佛教的最大的據點超戒寺也被平毀，僧眾四處逃散，密教因之而在印度本土消失。
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佛教在印度消亡
密教興起于西元6——7世紀，當時印度教在社會和文化生活中逐漸取得優勢地位。從玄奘法師的記述中可知當時對濕婆、毗濕奴、梵天的崇拜極為盛行。公元8——9世紀間商羯羅創新吠檀多派，使印度教在理論上得到重大發展而空前盛行，商羯羅對于印度教的發展很大地排擠了佛教的發展。佛教在這種社會潮流影響下開始吸收印度教和民間信仰而逐步密教化，隨之而來在南印度及東印度出現了金剛乘和易行乘等，相應密典也逐一誕生。斯時可謂印度佛教密宗的鼎盛時期。
西元9世紀以後，外因由于印度教的興盛、伊斯蘭教的入侵，內因由于大小乘戒律的破壞、名相空論成風，佛教僧團日益衰敗，且內部派系紛爭不已，從而日趨式微。後來又由于伊斯蘭教的大規模傳播和對佛教的迫害，重要寺院被毀，僧徒星散，迄13世紀初，終于一蹶不振趨于消亡。佛法畢竟在印度滅亡了，今日有情學佛若不清楚印度佛法滅亡因緣，他日佛法在中土也有滅亡危險。
