釋迦牟尼佛為佛教的創始人。一切佛法教化，始于釋迦牟尼佛，所以佛子稱釋迦牟尼佛為本師。真言密教教主大日如來，與釋迦牟尼佛之間又是何種關系呢？
弘法大師《真言宗付法傳》雲“是故甘露一味，逐器而殊色。摩尼一相，隨色而分影。能說之心，轉則平等，所潤之意，解則千殊。一、三、五乘，源一派別。法、報、應化，體同用異。”也就是說，大日與釋尊，只是“內證”與“外用”之相異而已。佛佛無異，二佛同體。如果嚴格區別，那麼大日如來為法身佛，釋迦如來為應化身佛，也就是為了應我們娑婆世界的因緣來度化眾生，而由大日如來顯現的應化身。
《華嚴經》中說“十方一切世界諸佛如來，畢竟無有般涅��者，唯除為欲調伏眾生而示現耳。”
《妙法蓮華經》雲︰“我成佛以來，復過于此百千萬億那由他阿僧 劫。從是以來，我常在此娑婆世界，說法教化；亦于余處，百千萬億那由他阿僧 國，導利眾生。”
《觀普賢行法經》中有“釋迦牟尼，名毗盧遮那，遍一切處，其佛住處名常寂光。”明白道破了法身佛、報身佛和化身佛之間的關系。
如依《華嚴經》釋迦牟尼如來成道後最初七天，當自受法樂時，為金剛諸大菩薩，說此真言，成為唐密的起源。金剛薩�適芊ㄖ 螅 繢此 搗ㄒ﹦峒 傘洞筧站 貳 督鷥斬ゾ 犯魘 蛩蹋 ４嬗諛咸焯 ︰罄戳 髕腥 ㄒ慘胛 停┘ 咸焯 準 鷥杖 剩 惺艽蠓 ⑹芰講看缶 Ｆ 罅 魘詵ㄓ諏 瞧腥 腔 杏諛咸祗眉笆ψ櫻ㄎ 跡┐裙 倨 儆嗨輳 ⑶掖 講看蠓ㄓ諫莆尬貳 鷥罩橇轎瘓 ㄈ 氐拿芙檀笫Γ 醬笫 嵬 豢杖 乩椿 笮緯商潑塴＝裰 擻 賈ぁ澳咸焯 筆芳︰未Γ 俗畔轡拗侵 佟Ｉ磽 籩の摶 讜的廄笥恪 討矍蠼！Ｈ ⑻褰猓 澳咸焯 北閌且磺杏星楸揪呷繢床亍 br />
關于顯密教主的問題，持松法師在《密教通關》中說︰
“唐密往往論說法教主，大日與釋迦各別。釋迦所說，定是顯教。齄砥@諛撬 擔 俏 芙獺Ｈ輝虼筧罩 誚鷥杖 剩 我躍褪灣仍謔藍 懇越鶉 芊 螅 稅倌曛校 謨肓 停 統鍪潰 嗍灣讓鴝齲 喟稅倌輟Ｄ 峭 薄Ｈ輝虼筧鍘⑹灣齲 ㄉ懟 恚 灰 懇煲 拷裎餃 硪惶澹 ㄊ欠ㄉ恚 淅砭齠 豢捎淘ァ９省妒ノ瘓 吩疲鶴孕約笆苡茫 浠 攘鰨 鸕氯 醞 孕隕懟９室磺杏 薹欠ㄉ懟！ br />
“釋迦如來受毗盧遮那如來教敕，將內證三密之法傳于人間，必須俟其機緣已熟，方可傳授。故最初以《華嚴經》示其本大，然後說三乘法，方不致令人疑為所證者小也。及乎調練既熟，始復盡其所有而宣之，方不致令人疑為有所吝也。”